Во время боевых действий в Казани на одной из улиц города среди выпущенных из тюрьмы колодников Пугачев встретил свою семью: жену Софью и детей — Трофима, Аграфену и Христину. Трофим крикнул: «Матушка! Смотри, батюшка ездит!» Пугачев приказал посадить их в телегу, сказав, что эта семья казака Пугачева, замученного в тюрьме.
Предстояло еще взять Казанский кремль, где укрылись войска, чиновники, помещики, духовенство, купцы. Пугачев и Минеев били из пушек по крепости перекрестным огнем. Положение осажденных было безнадежным. Казалось, вот-вот пугачевцы возьмут и этот последний опорный пункт правительства в Казанском крае, но в разгар боя за овладение крепостью Пугачев получил сообщение о приближении к городу отряда правительственных войск под командованием подполковника Михельсона, 12 июля подошедшего к Казани.
Штурм крепости был отложен. По приказу Пугачева восставшие вышли из города через Арское поле, остановились в 7 верстах от Казани, у села Царицына, где и встретили правительственные войска. Разыгралось кровопролитное сражение. Упорство и отвага восставших вначале поколебали ряды карателей, но в конечном итоге хорошо вооруженные царские войска, имеющие большой военный опыт, взяли верх. Бои под Казанью продолжались 13 и 15 июля. Но силы были неравны. Правительственные войска были хорошо вооружены и имели опытных военачальников. В армии Пугачева только часть заводских крестьян, казаков ~ и башкир имели ружья, а большинство были вооружены пиками, саблями и дубинами. Кроме того, у восставших не было воинской дисциплины, так как их армия росла так быстро, что Пугачев не имел времени заняться обучением крестьян, тем более, что его преследовали отряды правительственных войск.
Потери восставших были очень велики. Пугачевцы потеряли убитыми и пленными свыше 7000 человек. В плен попали Иван Белобородов и Федор Минеев.
После поражения под Казанью Пугачев двинулся по Волге.
Последний этап крестьянской войны
Начался третий, последний этап крестьянской войны.
«Пугачев бежал, но бегство его казалось нашествием» (А. С. Пушкин). 18 июля остатки Главной армии переправились через Волгу. Теперь в войске «Третьего императора» оставалось мало горнозаводских и прочих «работных людей» и «заводских мужиков», еще меньше башкир и калмыков. Только яицкие, илецкие и прочие казаки составляли по-прежнему ядро Главной армии и занимали в ней командные должности. Идя через крестьянский край на правобережной Волге, войско Пугачева пополнялось за счет крестьян: русских, татар, чувашей, мордвы, кое-как вооруженных и совсем не знавших военного дела. На смену полкам Главной армии первого периода крестьянской войны приходили крестьянские отряды бесчисленных «пугачей». Кроме того, преследуемый по пятам регулярными войсками, Пугачев шел так стремительно, что вскоре он вынужден был отказать в приеме в войска всем пешим, а об организации войска нечего было и думать.
После поражения под Казанью казаки говорили Пугачеву, что «время вам идти в Москву принять престол!». Пугачев отвечал: «Нет, детушки, нельзя! Потерпите! А когда будет, так и я сам без вашего зову пойду. Но я-де теперь намерен идти на Дон, — меня там некоторые знают и примут с радостью». И Пугачев двинулся на юг, на Дон, к казакам, оставляя за собой горящие дворянские усадьбы, мятежные села и деревни.
19 июля Пугачев обратился к народу с манифестом, в котором жаловал всех крестьян вольностью и свободой и «вечно казаками», землями и угодьями, освобождал от рекрутской повинности и каких-либо налогов и податей, призывал расправляться с дворянами и обещал «тишину и спокойную жизнь». В этом манифесте наиболее ярко отразился крестьянский идеал — земля и воля.
Все Поволжье полыхало пожарищем крестьянской войны. Всюду действовали отряды восставших крестьян: русских, чувашей, татар, мордвы. Они создавались и развивали свои боевые действия вне связи с Главным войском Пугачева, по инициативе самих крестьян и поводом к их выступлению часто являлась лишь весть о том, что идет «государь Петр Федорович», несущий крестьянам волю.
В ряде мест восстание поднимали полковники и атаманы Пугачева. Среди предводителей многочисленных отрядов «пугачей» отличались своими энергичными действиями беглый солдат Илья Аристов, донской казак Александр Суходольский, украинские казаки Гузенко и Каменский, русские Петр Евсевьев (Евстигнеев), Фирс Иванов, Марк Петров, Иван Иванов, Федор Чумаков, Иван Родионов и другие. 20 июля колокольным звоном встретил Пугачева Курмыш, через три дня Алатырь, 27 июля Саранск, 1 августа Пенза, 5 августа Петровск. Пугачеву оказывали всяческие почести, а он раздавал соль и деньги, освобождал заключенных, конфисковывал имущество дворян и, сидя в кресле, под охраной казаков с топорами и булавами творил суд и расправу над помещиками и чиновниками. Уходя, Пугачев забирал с собой «охочих» и «набранных», пушки, порох, ядра.