Но Пугачев не просто лихой казак-рубака, герой Семилетней и Русско-турецкой войн, получивший за храбрость первый казачий офицерский чин хорунжего. Он — предводитель крестьянской войны. В организации Государственной военной коллегии восставших, на которую были возложены все функции правительства и главного штаба поднявшегося на борьбу народа, в создании Главной армии с ее довольно сложной и стройной структурой, со знаменами и наградными знаками, с жалованьем и различными формами набора в войско, в создании власти на местах и, наконец, в пропаганде самих идей восстания, изложенных в многочисленных манифестах и именных указах самого «Третьего императора», в указах, письмах и обращениях его полковников и атаманов, поднявших к восстанию народные массы от Гурьева до Екатеринбурга, — во всем этом немалая заслуга принадлежит самому Пугачеву.
В своей ставке в Берде Пугачев завел порядки, напоминающие регулярную армию, все время заставляя войска «делать учения, особенно артиллерийские». Подъем и отбой производились в одно и то же время выстрелом из «вестовой» пушки. Тревогу объявляли звоном набатного колокола. Из Берды направлялись многочисленные казацкие разъезды, имевшие свои «заставы» и «станции». Лагерь пугачевцев в Берде был окружен караулами, пикетами и дозорами. Правда, не было ни пароля, ни лозунга, и, если окликнутые произносили магическое слово «казаки», их пропускали беспрепятственно. Пугачев, его Государственная военная коллегия и полковники стремились укрепить дисциплину, пресечь дезертирство, наладить раздачу жалованья, набор «охочих людей» в войско. При Пугачеве находился «дежурный» — яицкий казак Яким Давилин. Караул состоял только из яицких казаков. «Непременный караул», т. е. личную охрану Пугачева, составляли 25 яицких казаков, именовавшихся гвардией. Позже «гвардионцев» насчитывалось около 50 человек. Пугачев обещал дать гвардии особую форму — пошить кафтаны из зеленого сукна.
Пугачев был военным человеком до мозга костей — сказывались его казацкое происхождение и яркая, хотя и короткая боевая жизнь.
Предводитель крестьянской войны, подлинный вождь мятежного крестьянства, он был и оставался казаком. Он бился не на жизнь, а на смерть за народ, за «всю чернь бедную», но в бою ценил не столько плохо вооруженное и не умеющее сражаться крестьянство, сколько казачество. Вот почему на следствии Пугачев говорил, что он имел людей «сколько для меня потребно, только люд нерегулярный». Когда он потерпел поражение под Татищевой крепостью, то оставил при себе казаков, а «оставшейся же толпе… большей частью из мужиков» сказал, «чтоб они убирались кто куда хочет». В этом сказалось отношение казаков к крестьянству. Казаки были плотью от плоти крестьянства, но они прошли суровую школу полной опасностей жизни и создали свою военную организацию. Это и дало им основание смотреть свысока на вооруженного топором, копьем, дубиной крестьянина. В устном творчестве яицких казаков это нашло отражение в рассказе о том, что под конец восстания у Пугачева была большая рать «да все из крестьян — что толку-то? С такой ратью ничего не поделаешь, хотя бы и совсем ее не было», ибо «российский народ не воин».
Пугачев на следствии подчеркнул, что к тому времени «надежных в его полке», т. е. яицких казаков, оставалось мало, а остальные «оробеют и разбегутся». Пугачев ошибся — выдали его именно яицкие казаки, а не «мужики», — последних в его войске уже не было.
Пугачев обладал живым и веселым характером. Любил шутку, крепкое словцо, песню. Предание говорит, что Устинья Кузнецова тем и остановила на себе выбор Пугачева, что сложила о нем песню, которую и исполнила на смотринах. «Песня была такая жалостная, все насчет него, как он страдал за правду и как бог незримо за добро его навел на добрых людей, которые рады жизни свои за него положить». Народное предание говорит о том, что Пугачев будто бы очень любил песню:
Среди пугачевцев была популярна песня-поговорка:
«Яицкие казаки певали песню», составленную ими в честь Пугачева, величая его «государем». Любил Пугачев и музыку и часто слушал игру на скрипке.
Пугачев умел говорить хорошо, живо и убедительно, пересыпая речь поговорками. Говорил он на наречии донских казаков: «робята», «здеся», «сюды», «откель ты?», «погоди трохи» и т. д. Пугачев легко и быстро возбуждался, был вспыльчив и отходчив, обладал живым умом, склонным к фантазиям, которым он сам начинал верить.