Человек, которому дворянство приписывало все смертные грехи, именуя его «тигром», «извергом», «ехидной», «бунтовщиком», «разбойником», «кровопийцей» и т. п., на самом деле был не только не жесток, но, наоборот, добр и отзывчив и своим заступничеством спас жизнь многим людям из враждебного лагеря. Он избегал ненужного кровопролития, рассылая повсюду свои манифесты и указы, «увещевая» губернаторов и комендантов крепостей, генералов и офицеров, чиновные власти и духовенство «добровольно приклониться» ему. Если так и происходило, он не только не трогал ни офицеров, ни чиновников, но «жаловал» их и зачислял себе «в службу». Герой «Капитанской дочки» А. С. Пушкина Гринев явился литературным двойником многих дворян-офицеров. Только под конец крестьянской войны, видя террор и жестокость царских властей, он ожесточился сам.
Власти подсылали к нему людей, которые должны были захватить или убить его. Пугачев не только простил Хлопушу и Перфильева, чистосердечно все рассказавших, но и сделал их полковниками в своем войске.
Пугачев обладал завидной физической силой, здоровьем и выносливостью. Он мог по двое суток не сходить с седла, стойко переносить холод и жару, голод и жажду. Ходил он легко и быстро. Любил лошадей и хорошую конскую сбрую. Одевая на себя дорогое платье, делал это отнюдь не из щегольства, но прежде всего потому, что «императору» не пригоже было ходить в простом, обычном казачьем одеянии.
До нас дошло много портретов Пугачева, написанных с натуры современниками, и много описаний его наружности. Паспорт, выданный Емельяну Пугачеву в августе 1772 г. на Добринском форпосте, так характеризует внешний облик Пугачева: «Росту два аршина четыре вершка с половиной… волосы на голове темно-русые и борода черная с сединой, от золотухи на левом виску шрам…» Первая жена Пугачева Софья Дмитриевна Недюжева о наружности своего мужа на следствии говорила следующее: «Росту среднего, долголиц и сухощав, волосы на голове русые, а борода черная, с проседью, клином, глаза карие…» По показанию одного из соратников Пугачева Максима Шигаева, Пугачев был «среднего росту, лицом продолговат, смугл, глаза карие, волосы темно-русые, пострижены по-казацки. Борода черная, с сединою, плечист, но в животе тонок». Стройную фигуру Пугачева подметил и корнет Пустовалов: «В плечах хотя и широк, но в пояснице очень тонок, лицо имеет смуглое, но чистое, глаза острые…» По рассказам пугачевца Верхоланцева, Пугачев был «среднего росту, корпусной, в плечах широк, смугловат, борода окладистая, глаза черные, большие». Уральская казачка, видавшая Пугачева, рассказывала: «Как теперь на него гляжу: мужик был плотный, здоровенный, плечистый, борода русая, окладистая, ростом не больно высок и не мал». Некоторые люди, знавшие Пугачева, к этому согласному описанию его наружности добавляют, что у него «лицо… смуглое и сухощавое, нос горбом… левый глаз щурит и часто им мигает».
А. С. Пушкин, ездивший на Урал собирать пугачевский фольклор, много общавшийся с казаками и казачками, знавшими и видевшими Пугачева, в «Капитанской дочке» со слов очевидцев грозных событий крестьянской войны дал такое описание Пугачева: «Он был лет сорока, росту среднего, худощав и широкоплеч. В черной бороде его показывалась проседь; живые большие глаза так и бегали. Лицо его имело выражение довольно приятное, но плутовское. Волосы были острижены в кружок…» Когда П. И. Чайковский хотел написать музыку к задуманной им опере «Капитанская дочка», он опасался вмешательства цензуры, ибо писать по Пушкину, давшему объективную и благожелательную характеристику Пугачеву, это означало вывести Пугачева «удивительно симпатичным…»
В 17 верстах от Черного Яра с двумя сотнями яицких казаков, с первой женой и сыном (дочери попали в плен) Пугачев вплавь переправился на степной левый берег Волги. Он не пал духом и предлагал казакам уйти к терским или запорожским казакам, к калмыкам, в Сибирь или за море «подымать орды» и продолжать борьбу. Казаки наотрез отказывались, заявляя, что в чужие земли не пойдут и звали на Яик, где оставались их семьи и дома. Среди казаков зрел заговор. Душой заговора являлись Творогов, Чумаков, Железное, Федульев, Бурнов. Они совсем не думали о простом народе и «чернь содержали в презрении». Их мечты стать «первым сословием в государстве» развеялись, как дым. Надо было думать о собственном спасении, а сделать это было можно путем выдачи Пугачева.