В лагерь крестоносцев прибыл будущий святой Франциск Ассизский, основатель нищенствующего монашеского ордена францисканцев. Он надеялся при помощи миссии мира установить мир с неверными и обратить султана в христианство. Пелагий после некоторых колебаний разрешил ему отправиться в лагерь султана. Аль-Камил, приняв, вероятно, Франциска за не вполне нормального, тем не менее терпеливо его выслушал, однако запретил ему доказывать силу своей веры испытанием огнем, а также проведение публичного ученого диспута. Аль-Камил предложил Франциску богатые подарки, которые тот отверг, и с почетом препроводил обратно. Францисканцы посвятили себя обращению неверных и язычников, это был записано в уставе ордена как его задача. Рим вверил францисканцам попечение христианских Святых мест на Ближнем Востоке, а также выполнение на Востоке дипломатических миссий совместно с нищенствующим орденом доминиканцев.
4 ноября 1219 г. франки обнаружили, что несколько участков городской стены Дамьетты не охраняются. На следующий день крестоносцы почти без борьбы завоевали город. Город представлял страшное зрелище: «Мертвые убили живых… Трупы жертв чумы покрывали площади. Мертвых находили в домах, в спальнях, в постелях… сына видели рядом с отцом, раба возле своего господина, убитых заразой трупов, с которыми они соприкасались» (Оливер Схоласт). В городе нашли богатую добычу на 400 тысяч золотых динаров. Добыча была поделена между победителями. Несмотря на угрозы легата об отлучении, не обошлось без воровства. Дети были переданы Жаку, епископу Акры, для крещения, три сотни офицеров и видных горожан были оставлены заложниками, остальные проданы в рабство.
Разгорелись споры о том, кому должна принадлежать Дамьетта. Иоанн де Бриенн, поддержанный светскими баронами и рыцарскими орденами, требовал, чтобы Дамьетту присоединили к королевству, и уже велел чеканить монету со своим именем как правителя города. Пелагий же утверждал, что Дамьетта должна принадлежать всему христианству, то есть церкви. Когда Иоанн пригрозил вернуться в Акру, Пелагий вынужден был пойти на компромисс: регент может управлять городом до прибытия короля Фридриха Германского.
Взятие Дамьетты вызвало взрыв энтузиазма на Западе. Все ожидали теперь окончательного уничтожения ислама в Египте и в Палестине. Папа поздравил Пелагия с победой, назвав его вторым Иисусом Навином (помощник и преемник пророка Моисея), обязал магистров орденов подчиняться праву вето легата и снова обещал скорейшее прибытие короля Фридриха. Напротив, в исламском мире падение города подействовало ошеломляюще. Аль-Камил вынужден был согласиться на отъезд аль-Муаззама в Сирию из-за угроз его государству на севере и для того, чтобы тот мог осуществить нападение на Акру. Армия аль-Камила пала духом, а подданные страдали от голода. Он перенес лагерь на юг, вверх по рукаву Нила, чтобы прикрыть дорогу на Каир, и основал прославившийся в истории крестовых походов военный лагерь-город аль-Мансура (Победоносный).
Тем временем отряд крестоносцев в тысячу человек был послан на легких лодках, перетащенных из Нила, по озеру Манзала к крепости Таннис, на юг от Дамьетты. Ее гарнизон бежал, не оказав сопротивления, и франки вернулись с богатой добычей.
В начале лета 1219 г. умер король Лев II Армянский, оставив двух дочерей. Одна, Стефания, была женой Иоанна де Бриенна, другой — Изабелле, дочери принцессы Сибиллы Иерусалимской, — было семь лет. Лев назначил ее своей наследницей, хотя и обещал ранее свой трон Раймунду-Рубену Антиохийскому. Иоанн де Бриенн немедленно выставил претензию на трон Армении от имени жены и их маленького сына. Папа в феврале 1220 г. поддержал его претензию, разрешил ему покинуть Дамьетту и передал верховную власть в Дамьетте Пелагию. В начале весны 1220 г. Иоанн отплыл в Акру. Как только Иоанн собрался отправиться из Акры в Киликию, умерла его жена Стефания, а через несколько недель их 4-летний сын, и регент королевства Иерусалим потерял надежду на трон Армении. Возвращаться в Дамьетту Иоанн не хотел, да к тому же у него для этого не было возможности. В марте 1220 г. аль-Муаззам с большой армией вторгся в королевство, разрушил недавно отстроенную Цезарею и осадил замок Шато-Пелерен (Атлит), но не смог его взять. Иоанн, собрав армию, держался поблизости, в тылу осаждавших. В ноябре аль-Муаззам снял осаду и ушел в Дамаск.