После смерти жены и сына Иоанна папа Гонорий поддержал претензию на армянский трон Раймунда-Рубена Антиохийского. Весной 1220 г. Боэмунд IV Триполийский отвоевал Антиохию, за исключением цитадели, которую Раймунд-Рубен доверил оборонять госпитальерам. Раймунд-Рубен вместе со своей матерью-армянкой Алисой (племянницей Льва) ушел в Киликию и в Тарсе ждал помощи от союзников-госпитальеров. Регентом при маленькой Изабелле, королеве Армении, стал Адам Баграсский, который вскоре был убит ассасинами, возможно по просьбе госпитальеров. На посту регента его сменил Константин, глава знатной армянской фамилии Хетумидов. Хетумиды всегда были сторонниками Византии и даже принимали православие, но теперь, после разгрома империи, они вернулись в ряды армянской церкви и стали противниками ее латинизации династией Рубенидов. В начале 1221 г. Константин завоевал Тарс, Раймунд-Рубен вместе с матерью попал в плен и умер в тюрьме. Его смерть утвердила Боэмунда в Антиохии, а Изабеллу — на престоле Армении. У Раймунда-Рубена на Кипре осталась от брака с Эльви Кипрской, сестрой короля Гуго I, маленькая дочь Мария, которая могла претендовать на антиохийский и армянский троны.
Между тем Пелагий прилагал все силы к тому, чтобы стать военным руководителем похода и подчинить светских баронов своей воле. Никогда до сих пор в крестовых походах священнослужитель не становился военным руководителем. Даже прославленный легат Адемар Монтейский был только духовным вождем Первого крестового похода и, хотя участвовал в боях, никогда не брал на себя военного руководства. Пелагий в общении со светскими баронами постоянно жаловался на измену делу святой церкви, угрожал небесной карой и призывал к покаянию. Забегая немного дальше, укажем, что, потерпев поражение, легат проявил полное отсутствие мужества и беспомощность.
Чтобы подбодрить крестоносцев и заставить их действовать более энергично, Пелагий велел перевести с арабского на французский язык и читать крестоносцам сочинение о христианских пророках и пророчествах, написанное будто бы в IX в. (в создании которого якобы принимал участие легендарный врач-перс, христианин несторианского обряда), а на самом деле — зимой 1219/20 гг. какими-то арабами-несторианами. Из пророчеств важнейшим было «Prophetie de Hannan, fils d'Isaac» («Пророчество Аннана, сына Исаака»). Это сочинение в копиях распространилось даже в Европе. «Пророчество Аннана» предсказывало историю крестовых походов, разумеется, до падения Дамьетты включительно. В великом худощавом предводителе христиан из «Пророчества» узнавался сам Пелагий, а в великом короле, приход которого предвещался, — Фридрих Германский. В общем, по мнению Пелагия, дело мусульман было проиграно. Помимо истечения «числа зверя», возвещавшего конец ислама, Пелагий верил, что христианству на Ближнем Востоке придет на помощь пресвитер (священник) Иоанн, легендарный царь, которого папа призывал на помощь 40 лет назад. Под ним разумели сначала негуса Эфиопии, затем хана одного из народов Восточной Азии, а теперь его место занял Великий хан монголов Чингис. Во всяком случае, как писал Пелагий папе, какой-то, точно не идентифицированный христианский король Давид угрожал Багдаду, находясь от него на расстоянии 10-дневного перехода.
Глубокая вера Пелагия в скорый конец ислама и в свое великое предназначение отчасти объясняет его упорное нежелание заключать выгодный мир с мусульманами.
2 февраля 1220 г., на Сретение Марии, главная городская мечеть в Дамьетте была освящена в качестве кафедрального собора Пресвятой Богоматери. В марте прибыл архиепископ Миланский с группой итальянских прелатов и двумя посланцами короля Фридриха. Они привезли с собой значительные военные силы. Однако Пелагий безрезультатно настаивал на наступлении. Рыцари заявили, что без Иоанна де Бриенна, единственного всеми почитаемого полководца, они никуда не пойдут. Когда в июле граф Матье Апулийский привел 8 галер с солдатами, посланных Фридрихом, Пелагий снова заговорил о наступлении, и опять никто его не поддержал, даже итальянцы. Удалось предпринять только грабительский налет орденских рыцарей на город Бурлос в 30 километрах на запад от Дамьетты. Город был разграблен, но на обратном пути рыцари попали в засаду, и значительное количество госпитальеров во главе с маршалом ордена угодило в плен.
Между тем аль-Камил сумел восстановить флот, укрепить и усилить армию. В конце года папа прислал в Дамьетту радостную весть о том, что Фридрих, который в ноябре 1220 г. был коронован в Риме вместе со своей первой женой Констанцией Арагонской императорской короной, твердо обещал отправиться в Дамьетту следующей весной. Теперь, однако, папа уже не вполне доверял Фридриху и приказал Пелагию не отклонять мирных условий прежде, чем ознакомит с ними Рим. Фридрих призвал своих подданных взять крест и послал в Дамьетту весной 1221 г. 500 рыцарей во главе с герцогом Людвигом Баварским и Ульрихом, епископом Нассау.