Графство Эдесса постоянно находилось под угрозой нападения и не имело естественных границ в виде гор и рек. Поэтому оборона графства, с трех сторон окруженного врагами, строилась при помощи опорных пунктов — укрепленных городов и замков. Жизнь, постоянно проходившая в боевой тревоге, требовала, чтобы начальники гарнизонов были людьми, которым Бодуэн Эдесский мог полностью доверять, и, кроме того, их солдаты должны были быть людьми полуразбойничьего склада, кому требовалось короткое время на сборы и которых к тому же не слишком обременяла семья. Одновременно Бодуэну нужно было жить в мире с местными христианами, так как латинцев ему недоставало. Первым делом Бодуэн дю Бург, став графом Эдесским, женился на Морфии, младшей дочери армянского князя Гавриила, правителя Мелитены. Он покровительствовал армянской апостольской церкви, и армяне составляли значительную часть его армии. Он дружелюбно относился к сирийцам-яковитам, и с его помощью был даже преодолен раскол яковитской церкви.
Единственный порок, в котором упрекали его хронисты, была жадность, поскольку ему постоянно нужны были деньги. Его рыцари весело рассказывали анекдот о том, как Бодуэн обманул своего тестя Гавриила. Он заявил тестю, что должен своим людям 30 тысяч безантов, и поклялся сбрить бороду, если не достанет денег. Армяне, как и греки, считали бороду обязательной принадлежностью настоящего мужчины, и, представив зятя безбородым, Гавриил пришел в ужас, он дал Бодуэну искомую сумму, предварительно взяв с него клятву, что тот никогда не будет закладывать бороду.
Вскоре Бодуэн II Эдесский получил надежного помощника. Им был прибывший в Эдессу вместе с крестоносцами 1101 г. его двоюродный брат (по матерям-сестрам), Жослен де Куртне, младший сын, лишенный наследства. Он получил в лен от Бодуэна II земли на запад от Евфрата с Турбесселем и другими замками. Необыкновенно сильный физически, храбрый и жестокий, он был к тому же еще умным и верным человеком. Он навел ужас на турок к северу от графства, Бодуэн II же совершал набеги на земли к востоку и югу от Эдессы.
В начале 1103 г. эмир Данишмендид Малик Гази напал на Мелитену. Бодуэн не смог или не захотел помочь своему тестю. Гавриил был нелюбим своими подданными за то, что перешел в православную веру. Мелитена была взята турками, а сам Гавриил попал в плен. Один из его замков в горах продолжал оказывать туркам сопротивление. Турки привезли Гавриила к замку, чтобы он приказал замку сдаться. Когда гарнизон отказался, турки зарубили его перед замком.
С самого начала правления Бодуэн Эдесский подвергся нападению Арту-кида Сокмана, эмира Мардина. Сокман напал на Сарудж, город, захваченный у мусульман еще Бодуэном I. В сражении был убит Фульк Шартрский, которому принадлежал город. Мусульмане овладели городом, но в цитадели франки удержались под командой Бенедикта, латинского архиепископа Эдессы, случайно оказавшегося в городе. Бодуэн Эдесский, набрав дополнительные войска в Антиохии, разбил Сокмана и прогнал его из города, захватив много пленных.
В мае 1103 г. в Мелитене Боэмунд был передан франкам. Прибыв в Антиохию, он взял власть в свои руки. И хотя он официально поблагодарил племянника за то, что тот управлял княжеством в его отсутствие, между ними с этих пор пробежала черная кошка. Князь не мог простить племяннику, что тот не принял никакого участия в его выкупе, а Танкред обиделся на Боэмунда за то, что тот отказался отдать ему во владение завоеванные в его отсутствие земли. Танкред мог вернуться в Галилею в качестве князя, но, видимо, не захотел менять дядю на короля Бодуэна в качестве сеньора.
Сразу после возвращения летом 1103 г. Боэмунд вместе с Жосленом де Куртне напал на Алеппо. Он захватил область севернее Алеппо и получил большую дань с ее обитателей. Деньги были возвращены королю Бодуэну и патриарху Бернару, принявшим участие в выкупе Боэмунда. Вместе с требованием к Боэмунду возвратить Византии киликийские города император послал туда летом 1103 г. войска во главе с Мануилом Вутумитом. Однако силу него оказалось недостаточно, и он смог отстоять от франков только город Мараш, которым правил наместник императора армянин Татул (возможно, одно лицо с Тафнузом, отцом жены короля Бодуэна I Арды). После этого Вутумит был отозван в Константинополь, и весной 1104 г. Боэмунд и Жослен без боя захватили Мараш. Татула отпустили в Константинополь, город передали Жослену, а Боэмунд получил город Альбистан к северу от Марата.