Теперь Боэмунд и Жослен обратились против мусульман. Их задача облегчалась тем, что в течение всего 1103 г. на мусульманском Востоке кипела гражданская война между старшим и вторым сыновьями Сельджукида Малик Шаха, султаном Баркияроком и Мухаммедом. В начале 1104 г. между ними был заключен мир. Баркиярок сохранил за собой нижнюю Месопотамию с Багдадом и западный Иран, Мухаммед получил среднюю и северную (Джазира) Месопотамию, северный Ирак и права на область Диярбакыра и Сирию, младший брат Санджар взял себе восточный и северный (Хорасан) Иран. Братья ненавидели друг друга и с нетерпением ждали, когда кто-нибудь из них хоть немного оступится.
Не успела закончиться большая гражданская война, как вспыхнула малая в Джазире. В 1103 г. умер мосульский атабек Кербога, разбитый крестоносцами перед Антиохией, и началась война за Мосул между Артукидом Сокманом, эмиром Мардина и новым мосульским атабеком Джекермишем, назначенным султаном Сельджукидом Баркияроком.
Воспользовавшись раздорами мусульман в Джазире, в марте 1104 г. Боэмунд и Жослен вторглись с разных сторон в земли Алеппо, первый ударил с запада, захватив Базарфут, а второй — с востока, отрезав город от Евфрата. Тем временем войска Бодуэна Эдесского опустошали окрестности Харрана, крепости на севере Джазиры на восточном берегу реки Балык. Захват Харрана открыл бы большие возможности для удара на Мосул или на юг по долине реки Балык, окончательно отрезая Алеппо. В Харране в последнее время сменилось несколько правителей, свергавшихся горожанами или убивавших один другого.
Франкская угроза объединила врагов, Артукид Сокман, эмир Мардина и атабек Джекермиш Мосульский в начале мая 1104 г. собрали войска, чтобы двинуться на Эдессу, эмир привел значительную силу туркменской конницы, а атабек — турок, курдов и арабов. Общая численность мусульман составляла примерно 10 000 конницы и 2000 пехоты из гарнизона Харрана. Узнав об этом, Бодуэн, оставив в Эдессе небольшой гарнизон, вместе с архиепископом Эдесским Бенедиктом, с армией из франкской конницы и армянской пехоты, призвав на помощь Боэмунда и Жослена, двинулся на Харран. Первым к городу прибыл Жослен, за ним — Бодуэн с Танкредом, патриархом Бернаром и бывшим патриархом Иерусалимским Даимбертом, и последним — Боэмунд. Собравшись, франки, перешли через реку Балык на восточную сторону и подошли к Харрану. Всего у города собрались 3000 конных и 9000 пехоты. Не считая ослабленных гарнизонов городов, это были все силы, которыми франки располагали в северной Сирии.
Харран можно было легко взять, но Боэмунд и Бодуэн Эдесский начали спор о том, кому будет принадлежать город. Не взяв город, франки приготовились встретить вражеские войска. Мусульмане обошли христианскую армию с юга и переправились через реку на западную сторону, чтобы перерезать линии связи франков. Армия франков на восточном берегу реки Балык севернее города разделилась на две части: ближе к Харрану — эдессцы, далее на север, на расстоянии полутора километров, — антиохийцы, готовые атаковать из засады в нужный момент. Мусульмане через реку атаковали войска Бодуэна и отступили, выманив франков в погоню за собой. Эдессцы, рассчитывая на легкую победу, переправились вслед за мусульманами, оторвавшись от Боэмунда, и попали в засаду, устроенную главными силами. Часть франков была уничтожена на месте, другие бросились назад, преследуемые врагом. Боэмунд, отбив незначительную атаку мусульман, двинулся к месту боя, но увидел вдалеке преследуемых эдессцев, бегущих через реку. Поняв, что дело проиграно, и успев спасти только небольшую часть эдессцев, Боэмунд отдал приказ отступать. Гарнизон Харрана, увидев, что сражение обернулось в пользу мусульман, вышел из городских стен и перебил эдессцев, отступавших к городу. Антиохийская армия ушла почти без потерь, эдесская же была почти полностью перебита или пленена. Арабский источник, сильно преувеличивая, говорит даже о 40-тысячных потерях христиан. Попавший в плен архиепископ Бенедикт был отпущен своим стражем, христианским ренегатом. Бодуэн и Жослен были взяты в плен вместе во время бегства на середине реки и отведены в шатер Сокмана.
Характерная деталь: за сражением при Харране со стороны следил сохранявший нейтралитет пришедший с конницей эмир Алеппо Ридван. (К слову, Харран — это Карры, где в 53 г. до н.э. парфянами были разгромлены римские легионы Красса, а сам он убит.)
Боэмунд и Танкред поспешили в Эдессу, понимая, что враги первым делом нападут на нее. Оставшиеся в городе рыцари попросили Танкреда принять регенство. Так же, как когда-то Бодуэн в Иерусалиме, Боэмунд с удовольствием согласился, вместе в Антиохии дяде и племяннику было тесно. Оставив Танкреду сколько мог солдат, Боэмунд возвратился в Антиохию — отбиваться от Ридвана Алеппского и от византийцев, ободренных поражением франков.