Стремясь успокоить народные массы, Иоанн с навязчивой настойчивостью начинает обсуждать тему о «не свершившихся пророчествах», подчеркивая, что это всегда является знаком того, что Бог смилостивился и простил грешников. Большой список соответствующих выдержек из проповедей Иоанна приведен в ([57], стр. 230—240). Мы ограничимся только одним примером: «Чего же ради, Боже, предвозвещаешь бедствия? Для того чтобы не сделать мне того, что предсказываю. Для этого он и геенною грозил нам, чтобы не отослать нас в нее, пусть устрашат нас слова, а не опечалят вещи» (см.[57], стр. 235).
Исключительно интересен с этой точки зрения таинственный съезд малоазиатских и некоторых других епископов в Константинополе в 400 г. н.э., т.е. непосредственно вслед за ставшим очевидным фиаско апокалиптического пророчества Иоанна. Зачем они съезжались? Древние историки ничего не сохранили нам по этому поводу (или все было намеренно уничтожено). Естественно предположить, что друзья Иоанна съезжались для обсуждения, как им теперь быть, когда Иисус не явился в назначенный ему срок.
Тем же самым объясняется и его трехмесячная поездка по Малой Азии в этом же 400 году. По–видимому, жители и власти Константинополя не сразу поверив в то, что грозящая им гибель отменена, держали Иоанна как заложника, обеспечивающего безопасность вплоть до 400 года, когда действительно стало ясно, что исполнение пророчества откладывается на неопределенный срок. Только после этого Иоанн получил отпуск для того, чтобы лично съездить в Малую Азию и объяснить положение дел в тех семи городах, которым он непосредственно адресовал свое пророчество.
Он спешно отправился в Эфес, «несмотря на зимнее время и плохое состояние здоровья», а затем и в другие города. К чему такая спешка? Палладий пытается объяснить это какими–то мелкими склоками в Эфесской общине, однако все рассуждения Палладия очень путаны и натянуты. На самом же деле, если сам Бог, по словам Иоанна «извиняется» перед своими пророками за отмену их предсказаний, то тем более пророку следует извиниться перед Теми, кого он неумышленно обманул.
Однако, судя по дальнейшим событиям, Иоанну не удалось объяснить своим разочарованным и отныне прозаически настроенным слушателям свою «теорию святого вдохновения»; слишком велики были ужас и паника, которые долгое время держали их в объятиях. На Иоанна, и на оригенитов вообще, поднялась буря. Все ранее раскаявшиеся представители его «Вавилонской блудницы», все его противники, поднялись теперь на него и его сторонников с тем большей злобой, чем сильнее были в эти три года их страх и унижение. А ему, все еще убежденному, что сам Бог дал ему пророчество и затем отменил его в виду всеобщего покаяния, ничего не оставалось, как ответить ударом на удар, что он и пытался сделать при объезде Малой Азии. Но это лишь подлило масла в огонь. Не успел он возвратиться в Константинополь, как там, пользуясь его трехмесячным отсутствием, заменявший его Севериан, епископ Гавальский, тайно восстановил против него молодую императрицу Евдоксию, управлявшую своим мужем Аркадием. Он воспользовался тем, что в «Откровении» неоднократно говорится «о женщине, одетой в порфиру и багряницу и царствующей над земными царями» (как Евдоксия над мужем), а также об Иезавели, «проституирующейся и вкушающей принесенное в жертву изображениям». Более того, он инсинуировал, что в своих речах Иоанн прямо называл Евдоксию Иезавелью. Но этот первый удар Иоанну удалось отразить. По доносу архидиакона Серапиона тайные действия Севериана были разоблачены, и он был удален из столицы.
Однако вскоре настоящий удар нанес старинный враг, Теофил, епископ Александрийский. Для начала он обрушился на сторонников Иоанна, египетских оригенитов, обитавших в окрестности Нитрийской горы. Специальная военная экспедиция в ночь на 10 июля 402 г. перебила большинство из них. Иоанн написал Теофилу резкое письмо, на что получил послание, угрожающее уже ему самому. Оригениты подали в 402 г. жалобу императору на Теофила и потребовали суда. Тогда Теофил, в союзе с Епифанием и блаженным Иеронимом (старым соперником Иоанна) под предлогом разбирательства дела Теофила и, пользуясь поддержкой императорской четы, которая, освободившись от страха катастрофы, желала теперь удаления Иоанна из столицы так же страстно, как раньше стремилась к его воцарению, организовали в Константинополе новый собор для неожиданного суда над Иоанном и оригенитами. Иоанн отказался присутствовать на заседании собора, начавшемся в марте 403 года, и произнес против него в своем храме резкую речь.
Собор обвинил Иоанна по шести основным пунктам:
1. Он проповедовал, что церковный алтарь полон мерзостей.
2. Он называл императрицу Евдоксию Иезавелью.
3. Он воскликнул раз во время церковной службы, «я схожу с ума от любви»
4. Он оригенитов считал за своих, а тех, которые сообщались с государственною церковью, не лечил в темнице.
5. Он принимал язычников, которые дурно обращались с христианами, давал им защиту в церкви и молился за них.