Собор признал Иоанна виновным, он был низложен и предан анафеме. Постановление собора об отлучении и в заточении Иоанна было тотчас передано для исполнения императору. Единомышленники и толпы народа окружили храм, в котором спрятался Иоанн. Только вечером, после разгона войсками этих толп, Иоанна вытащили из церкви и ночью перевезли на азиатский берег Босфора. Там его посадили на корабль и повезли в заточение в Пренет около Никомидии. Но путешествие продолжалось только одни день. В следующую же ночь, в первых числах мая 403 г., в Константинополе произошло небольшое землетрясение, от которого несколько зданий дали трещины. Это событие (не редкое в Константинополе) сразу повернуло дело совершенно в другую сторону. Ведь в Апокалипсисе много раз говорится о землетрясении, от которого великий город, твердыня, должен распасться на три части, и земля должна содрогнуться, и вестники небесные возопят. Народ уже успел привыкнуть к мысли, что только пребывание Иоанна в городе и спасало столицу от кары. И вот теперь, когда Иоанна обидели и удалили, его пророчество и начинает исполняться. Толпы народа бросились на улицы и площади, испуганная императорская чета позабыла все свои обиды, императрица написала письмо Иоанну: «Умоляю твою светлость не верить, что я участвовала в том, что произошло с тобою. Я не виновна в твоей крови. Это злые и безнравственные люди устроили заговор против тебя! Бог свидетель в истине слов моих, как в слезах, которые я приношу ему в жертву». По приказу императора Иоанн был немедленно возвращен. Возбужденная толпа со свечами, пением гимнов повела его в город в водворила в храме, на его кафедре и не расходилась до тех пор, пока он не произнес речь, обещая остаться в столице. Почти все епископы, обвинявшие Иоанна, бежали из Константинополя, а запоздавшие с отъездом, были растерзаны разъяренной толпой. Теофил успел бежать.
Падение Иоанна
Однако дальнейшие события показали всю неустойчивость положения Иоанна. Хотя в первые месяцы его возвращения авторитет пророка поднялся до прежнего уровня, и его натянутые отношения с императором временно отошли на второй план, уже в июле того же 403 года, когда на одной из площадей Константинополя была воздвигнута статуя императрицы Евдоксии, Иоанн резко воспротивился этому шагу (вспомним его роль в низвержении статуй в 387 г.) и публично протестовал против воздвижения монумента, произнеся с церковной кафедры обвинительную речь, страстность которой, по сообщению Сократа Схоластика, воспламенила весь город. Когда после этого Иоанн явился к императрице, та приказала выгнать его вон, на что тот в ответ запретил впускать ее в свой храм. В «Житиях» подробно рассказано, как император с императрицей явились на праздник в церковь и по приказу Иоанна перед ними были закрыты двери.
Взбешенная императрица вернулась во дворец, и всем епископам Империи был разослан приказ о созыве нового собора, чтобы судить Иоанна. Собор состоялся в 404 г. Иоанн объявил собор некомпетентным и отказался явиться для объяснений. После нескольких бурных заседаний была вынесена резолюция, в которой подтверждались еще раз все обвинения предыдущего собора и снова была провозглашена анафема. Иоанн отказался подчиниться и продолжал проповеди, ответив императору: «Не уйду, пока не буду выгнан силой. Пошли своих, чтобы вышвырнули меня, и тогда я буду иметь извинением то, что ушел из церкви не своей волей, а изгнан царской властью». Но перспектива второго землетрясения, по–видимому, не привлекала императора. Тогда был придуман остроумный способ. Для того, чтобы бог не разрушил города, решили не выпускать Иоанна, а держать его под домашним арестом. Бог, очевидно, пожалеет своего пророка и не будет разрушать столицу. Так и сделали. Более того, источники утверждают, что к Иоанну два раза подсылали наемных убийц, но покушения не удались.
Почему же религиозные массы не возмутились заключением Иоанна? Ответ ясен: зачем помогать человеку, которого защищает сам бог. Не исключено, что населению было любопытно, какая кара постигнет императора и императрицу за этот шаг.
Однако ничего не произошло, и враги Иоанна увидели в этом новое доказательство невмешательства бога и начали уговаривать императора отправить Иоанна в Никею, близ восточного берега Мраморного моря, недалеко от Константинополя, но по другую сторону пролива. Через пять дней император согласился и к Иоанну явился военачальник Лукий со стражей. Испуганные возможностью нового землетрясения, у дома Иоанна собрались для его защиты огромные толпы, однако его вывели через задний двор и в лодке перевезли в Вифанию на другой стороне Босфора. Обманутая толпа слишком поздно сообразила, в чем дело и когда дом был штурмом взят, в нем пророка уже не было.