Бауэр прославился тем, что известно в Германии как «аушвицские процессы»: допрашивали обыкновенных немцев, так или иначе причастных к работе Освенцима (Аушвица), крупнейшего из нацистских лагерей смерти. Персонал Освенцима состоял из множества работников, будь то, например, кладовщики, фармацевты или врачи. Затем Бауэр переключился на полицейских, на судей, которые осуждали евреев и лидеров сопротивления и выносили им смертные приговоры, на тех, кто преследовал еврейских бизнесменов, на практиков нацистской эвтаназии, включая врачей, судей и медицинский персонал, на чиновников министерства иностранных дел, а также – это обеспокоило немецкую общественность сильнее всего – на солдат, виновных в зверствах против мирного населения, особенно на Восточном фронте. Причина беспокойства состояла в том, что эти расследования опровергали широко распространенную убежденность, будто зверства творили фанатики вроде эсэсовцев, а никак не обычные солдаты.
Помимо этих расследований, Бауэр попытался отыскать следы значимых и печально известных нацистов, которым удалось исчезнуть в конце войны. Речь о заместителе Гитлера по партии Мартине Бормане, главном враче Освенцима Йозефе Менгеле, который проводил медицинские эксперименты на заключенных, и об Адольфе Эйхмане, который стоял за расправами над евреями. Бауэр не сумел найти ни Менгеле (тот скончался в Бразилии в 1979 году), ни Бормана – тот, как выяснилось позже, совершил самоубийство в 1945 году, примерно одновременно с Гитлером.
Зато Бауэр добыл информацию о местонахождении Эйхмана, бежавшего в Аргентину. Бауэр счел, что ему не стоит передавать эти сведения в немецкую секретную службу и поручать ей поймать Эйхмана: он опасался, что сотрудники службы попросту предупредят Эйхмана и позволят тому сбежать. Вместо этого он передал информацию о местонахождении Эйхмана израильской секретной службе, которая в итоге сумела похитить Эйхмана и тайно переправить его из Аргентины в Израиль на самолете авиакомпании «Эль Аль». Состоялся публичный процесс, Эйхмана повесили по решению суда, который привлек внимание всего мира не только к фигуре Эйхмана, но и к факту индивидуальной ответственности немцев за нацистские преступления.
Расследования Бауэра сделались широко известными в Германии. Они наглядно показали немцам 1960-х годов, что поколение 1930-х и 1940-х годов причастно к ужасам нацистской эпохи. Обвиняемые, которых преследовал Бауэр, обычно выдвигали одно и то же оправдание: мол, мы просто следовали приказам, мы подчинялись законам общества того времени, мы не виноваты в гибели людей, мы лишь обеспечивали перевозку по железной дороге евреев, которых отправляли в лагеря смерти, мы были простыми фармацевтами или охранниками и лично никого не убивали, нас ослепили вера в вождей и идеология нацистского правительства, а потому мы не понимали, что поступаем неправильно и скверно.
Ответ Бауэра, который он повторял снова и снова на слушаниях и в прессе, сводился к следующему. Те немцы, против которых велись расследования, совершали преступления против человечности. Законы нацистского режима были нелегитимными. Нельзя оправдывать свои действия, ссылаясь на необходимость подчиняться этим законам. Нет закона, который способен оправдать преступления против человечности. У каждого должно быть собственное ощущение добра и зла, каждый должен следовать этому различению, невзирая на распоряжения правительства. Любой участник, по выражению Бауэра, машины убийств наподобие персонала Освенцима становится, таким образом, виновным в преступлениях. Кроме того, выяснилось, что многие из подсудимых, уверявших, что они делали то, что делали, потому что были вынуждены это делать, действовали не по принуждению, а по собственному желанию или по убеждениям.
На самом деле многие, возможно, даже большинство расследований Бауэра закончилось ничем: даже в 1960-х годах немецкие суды часто оправдывали обвиняемых. Сам Бауэр нередко получал словесные угрозы, его стращали неминуемой гибелью. Но значение деятельности Бауэра заключается в том, что он, немец в немецком суде, демонстрировал немецкой общественности снова и снова, в болезненных подробностях, правду о делах граждан Германии при нацистах. Нацистские преступления – увы, далеко не только произвол нескольких злодеев у власти. Обычные солдаты и чиновники, в том числе многие из тех, кто после войны занял высокие должности в западногерманском правительстве, выполняли приказы нацистов, а потому были виновны в преступлениях против человечности. Усилия Бауэра обеспечили необходимый идеологический фон для студенческих восстаний 1968 года, которые будут обсуждаться ниже.