Относится к крупным крокодилам, самцы нередко достигают длины 5 м. Раньше добывались и 6-, и даже 7-метровые гиганты, но в последние 100 лет ни одного достоверного случая добычи крокодила такого размера не зафиксировано. От других видов отличается малым количеством костных щитков на спине и боках. Возле глаз у взрослых особей имеются отчетливые бугры. Окраска американского крокодила меняется с возрастом. Новорожденные крокодильчики зеленоватые, по всему телу и хвосту у них идут черные полосы и пятна, маскирующие детенышей среди густой травы. Молодые крокодилы светло-бурые или оливковые, с возрастом заметно темнеют, радужка глаз у них становится серебристой.
Хищники отличаются длительными кочевками, в результате которых происходит освоение новых местообитаний. Именно таким образом американские крокодилы пришли в пруды-охладители и прижились там. Неблагоприятные периоды года они пережидают в огромных норах, вырытых в обрывистых берегах.
Основной пищей служит разнообразная рыба, а также другие водные животные (крабы, моллюски, черепахи). Крупные особи охотятся и на наземных животных, отлавливая водных птиц и мелких млекопитающих. Если на участке обитания крокодила имеется водопой скота, не брезгует он и домашними животными, за что заслужил нелюбовь фермеров. Относится к опасным для человека видам, так как постоянно регистрируются случаи нападения на людей.
Половая зрелость наступает при достижении длины тела 2,5 м. Брачный период продолжительный и может длиться до 2 месяцев. В это время самцы и самки не отличаются преданностью и спариваются с несколькими партнерами. Интересно, что, в отличие от других крокодилов, у американского крокодила самки привлекают внимание самцов, им принадлежит инициатива в период ухаживания. Самцы в это время спокойно реагируют на факт нарушения границ своего участка, тогда как в обычное время они проявляют агрессивность. Готовность к спариванию самка выражает особенной позой: она вытягивает голову, подставляя самцу горло. Сначала ее партнер выражает полное равнодушие к заигрыванию, однако она продолжает свои действия, и шея самки при этом чуть ли не касается головы самца. Но через некоторое время самец проявляет заинтересованность, и пара начинает медленно кружиться по берегу бок о бок. Потом самец наклоняет голову самки, подминает ее под себя и карабкается ей на спину, после чего клоаки самца и самки соприкасаются, и происходит оплодотворение.
Гнезда американского крокодила разнообразны по устройству, обычно они просто роют неглубокую нору, но на топких берегах могут нагребать целые курганы из земли, на вершинах которых и роют конусовидное углубление для яиц. Число яиц различно – от 10 до 60, в среднем 38–40. Порой самки объединяют свои усилия при постройке гнезда и делают общую кладку. Основной причиной гибели кладки может служить затопление во время дождей, так как от всех хищников гнездо надежно охраняют самки. Вылупляются молодые крокодильчики примерно через 3 месяца после начала инкубации. Крокодилы в разных популяциях заботятся о потомстве с разной степенью тщательности. Некоторые особи проявляют минимум заботы о кладке и новорожденных, в других случаях самец и самка очень ревностно выполняют свои обязанности и отгоняют от гнезда с кладкой или от детенышей птиц, диких кошек, енотов и крупную рыбу.
Молодые детеныши намного самостоятельнее, чем их сверстники у других крокодилов. Они молчаливы, очень редко подают сигнал опасности и предпочитают сами разрешать все жизненные проблемы. Они быстро разбредаются по участку, теряя связь как с родителями, так и с братьями и сестрами. Предполагают, что недостаточная родительская опека, ранняя самостоятельность и молчаливость крокодилов стали следствием неблагоприятных условий жизни, при которых они подвергались активному истреблению во второй половине XX в. Достигнув размера 1,5 м (в 7–9 лет), они самостоятельно роют норы, сначала небольшие, 3–5 м, но по мере роста рептилии нора ежегодно удлиняется и может достигать в длину 20 м. Норы крокодилам жизненно необходимы, в них они прячутся в холодные зимние месяцы. Американский крокодил довольно теплолюбив и при температуре воды ниже 18 °C впадает в оцепенение, а при дальнейшем понижении температуры может и погибнуть. Кладки крокодилов гибнут, если температура воздуха опустится ниже 25 °C.
В 1930–1960 гг. крокодилы истреблялись в результате охоты, поскольку кожа была признана пригодной для промышленных целей. По иронии судьбы доход от промышленного использования кожи идет на финансирование программ по восстановлению численности крокодилов в природе. Другая угроза – сокращение площадей привычных местообитаний крокодилов (прибрежные мангровые болота в Эквадоре осушаются и используются в качестве сельскохозяйственных угодий). В Никарагуа до сих пор процветает браконьерство.