1941 – освобожден из лагеря, возвращается в Ленинград. Эвакуация в Омск вместе с супругой.
1941–1942 – работает учителем в селе Ольгино Полтавского района Омской области.
1942–1945 – назначен заведующим кафедрой истории в Красноярском педагогическом институте.
1945–1946 – преподает в Калининском педагогическом институте.
1946 – переезжает в Москву, начало работы в московском Музее истории религии АН СССР (директор В. Д. Бонч-Бруевич).
1948 – зачисление в сектор истории религии и атеизма Института истории АН СССР на должность старшего научного сотрудника. Повторный арест и приговор – десять лет лагерей по тому же делу.
1954 – освобожден, реабилитирован, продолжает работу в Институте истории АН СССР (сектор истории религии и атеизма).
1959 – руководит экспедицией в Тамбовскую область.
1960 – руководит экспедицией в Липецкую и Воронежскую область, издает монографию «Реформационные движения в России в XIV–XVI вв.».
1961 – переходит на работу в сектор феодализма. Защищает монографию «Реформационные движения в России в XIV–XVI вв.» в качестве докторской диссертации.
1962 – получает степень доктора исторических наук. Присвоено звание старшего научного сотрудника.
1965 – выход монографии «История религиозного сектантства в России. 60‐е гг. XIX в. – 1917 г.»
1977 – выход монографии «Народная социальная утопия в России. Период феодализма».
1978 – выход монографии «Народная социальная утопия в России. XIX век».
1980 – награжден академической премией им. Б. Д. Грекова за двухтомную монографию «Народная социальная утопия в России».
1983 – награжден Государственной премией СССР за цикл исследований 1960–1978 гг.
С 1985 – ведущий научный сотрудник-консультант.
1989 – смерть супруги, Н. В. Ельциной.
1994 – умер 23 мая в Москве, похоронен на Востряковском кладбище. Посмертно опубликована монография «Духовная культура средневековой Руси».
Список иллюстраций
. Илья Моисеевич Клибанов (1868 – ок. 1938), отец А. И. Клибанова (фотомастерская А. М. Иваницкого, около 1900–1910 гг.). АРАН. Ф. 1908. Оп. 1. Д. 210. Л. 1.. Родители – Илья Моисеевич и Мария Михайловна Клибановы (Минск, фотограф М. С. Наппельбаум, не позднее 1910 г.). АРАН. Ф. 1908. Оп. 1. Д. 210. Л. 4.. Александр Ильич Клибанов с бабушкой (фотограф М. З. Розенблюм, около 1912 г.) АРАН. Ф. 1908. Оп. 1. Д. 191. Л. 3.. Портрет Н. В. Ельциной (23 февраля 1933 г.). АРАН. Ф. 1908. Оп. 1. Д. 202. Л. 2.. А. И. Клибанов и Н. В. Ельцина (между 1933 и 1935 г.). АРАН. Ф. 1908. Оп. 1. Д. 191. Л. 4.. А. И. Клибанов с Н. В. Ельциной (Таллин, 27 июля 1946 г.). АРАН. Ф. 1908. Оп. 1. Д. 191. Л. 5.. Оригинал письма №233 А. И. Клибанова к жене от 25 мая 1945 г. АРАН. Ф. 1908. Оп. 1. Д. 283. Л. 7.. Н. В. Ельцина, А. И. Клибанов и М. Н. Горлина (Ленинград, ок. 1960‐х гг.). АРАН. Ф. 1908. Оп. 1. Д. 202. Л. 29. А. И. Клибанов с Н. В. Ельциной (Новый Иерусалим, апрель 1969 г.). АРАН. Ф. 1908. Оп. 1. Д. 191. Л. 9. А. И. Клибанов (лето 1980 г., фотограф Koozma J. Tarasoff). АРАН. Ф. 1908. Оп. 1. Д. 190. Л. 16.. Н. В. Ельцина (лето 1980 г., фотограф Koozma J. Tarasoff). АРАН. Ф. 1908. Оп. 1. Д. 202. Л. 35