В 1942 году к комплексу было добавлено второе крупное заведение, и Аушвиц стал фабрикой смерти, концлагерем и местом экзекуций. Комендант лагеря, Рудольф Хёсс, был ветераном концлагерей в Дахау и Бухенвальде, а не фабрик смерти по программе «эвтаназии». Под его командованием Аушвиц стал гибридом особого сорта – рабочим лагерем и прикрепленной к нему фабрикой смерти. Нееврейские работники продолжали прибывать и работать в ужасных условиях. Евреев теперь отбирали для работы, когда они прибывали в Аушвиц, а тех, кого нельзя было использовать для работ (ощутимое большинство), немедленно травили газом. В 1942 году приблизительно 140 146 евреев, не отобранных для работ, были отравлены газом в камерах, известных в Аушвице как бункер-1 и бункер-2. После февраля 1943 года большинство евреев стали уничтожать в новых газовых камерах, сооруженных в Биркенау по соседству, а тела сжигали в пристроенном крематории. В газовых камерах Аушвица-Биркенау гранулы «Циклона Б» при контакте с воздухом выделяли газ, убивающий в соотношении один миллиграмм на один килограмм массы тела. Цианид убивает на клеточном уровне, подавляя способность митохондрии в клетках вырабатывать энергию для поддержания жизни[573].
Подобно другим пяти фабрикам смерти, Аушвиц был расположен в оккупированной Польше, но служил как место уничтожения еврейского населения
В 1944 году расстреливать советских евреев уже было невозможно, потому что немцев вытеснили из Советского Союза, а заведения операции «Рейнхард» были закрыты из-за приближения Красной армии; в том году Аушвиц стал центральным местом «окончательного решения». Почти все из приблизительно шестисот тысяч евреев, уничтоженных немцами в 1944 году, погибли в Аушвице. Большинство из них были венгерскими евреями. Венгрия, как и Италия, не посылала своих евреев на фабрики смерти, пока была суверенной страной и союзницей Германии. (Обычно евреям приходилось не так худо в странах, союзничавших с Германией, как в странах, оккупированных Германией). После попытки венгерского руководства переметнуться на другую сторону в марте 1944 года немцы установили свое собственное правительство. Новый венгерский фашистский режим начал в мае депортировать своих евреев. Около четырехсот тридцати семи тысяч венгерских евреев прибыли в Аушвиц через восемь недель. Из них около ста десяти тысяч были отобраны для работ, и многие из них выжили; по самым низким оценкам, триста двадцать семь тысяч были отравлены газом. В течение войны около трехсот тысяч польских евреев были отправлены в Аушвиц, из них примерно двести тысяч были уничтожены. Венгерские и польские евреи вместе взятые составляют большинство еврейских жертв Аушвица[575].