Полиция не стала задерживать Бейлиса в отсутствие Чаплинского и начала действовать лишь после его возвращения в город. Двадцать второго июля пятнадцать жандармов – бессмысленная демонстрация могущества полиции, – действуя по указаниям Чаплинского, ворвались в три часа утра в квартиру Бейлиса, провели обыск и увели его вместе с девятилетним сыном: оба оказались в охранном отделении. Мальчика отпустили через два дня, но Бейлис оставался за решеткой двадцать восемь месяцев, вплоть до своего оправдания. Трудно понять смысл такой демонстрации силы. Разве у жандармов были причины бояться Бейлиса, приказчика, никогда не имевшего проблем с законом? Киевские власти утверждали, что Бейлис был задержан в интересах безопасности государства: возможно, они беспокоились, что задержание еврея по делу об убийстве Ющинского приведет к погрому, как только распространится новость об аресте. В этом случае демонстрация силы могла бы послужить сдерживающим фактором. Но трудно сказать, почему страх перед беспорядками потребовал задержать сына Бейлиса.
Теперь, когда Бейлис был заключен под стражу (а не арестован – следует различать эти понятия), начался второй этап следствия: полицейское расследование уступило место судебному. Полиция собирала улики и допрашивала свидетелей, а также имела право задерживать лиц, подозреваемых в причастности к преступлению. Однако постановление об аресте подозреваемого мог отдать только местный или окружной прокурор. После ареста окружная прокуратура начинала судебное расследование и могла отдавать приказы полицейским, занимающимся делом. Затем обвинение собирало доказательства для вынесения заключения, которое утверждалось коллегией присяжных: последние решали, достаточны ли основания для судебного разбирательства.
Окружной прокурор выдал ордер на арест Бейлиса в августе, а значит, по мнению властей, против последнего имелись веские улики. Российское законодательство не позволяло арестованным контактировать с кем-либо или консультироваться с адвокатом до предъявления обвинения. В декабре Арон Бейлис попросил разрешения встретиться с братом. Он хотел также убедиться, что Мендель получил два письма, посланные ему в ноябре, где говорилось о возможных стратегиях защиты (см. Документ 22). Окружной суд отклонил его прошение и, таким образом, с момента задержания в июле 1911 года до предъявления обвинения в январе 1912-го Мендель Бейлис находился в своей камере, лишенный общения с родными и друзьями, неспособный предпринять что-либо с целью доказать свою невиновность. В своих воспоминаниях он рассказывает о суровых условиях заключения (см. Документ 23).
В ноябре положение Бейлиса еще больше осложнилось: осужденный за воровство Иван Козаченко, которого подсадили к Бейлису в качестве информатора, донес, что сокамерник попросил его отравить Шаховского после выхода Козаченко из тюрьмы. По словам Козаченко, Бейлис заверил его, что управляющий кирпичным заводом готов заплатить, если главный свидетель, найденный властями, скончается. Чаплинский доложил Щегловитову, что у следствия появилась новая, крайне веская улика. Очень кстати для себя Чаплинский не сообщил министру о том, что Козаченко уже взял обратно свои показания, полностью вымышленные. Более того, он предъявил это подпорченное свидетельство двумя годами позднее, на процессе, позаботившись о том, чтобы очная ставка Козаченко с представителями защиты не состоялась. А вот, пожалуй, самое поразительное во всей этой истории обстоятельство: ни один из имевших отношение к делу не упомянул о том, что Бейлис не мог знать о показаниях Шаховского, которые стали известными в ноябре 1911 года, хотя именно из-за них он будто бы собирался устранить фонарщика. Зато об этих показаниях знал Чаплинский, участвовавший в их фабрикации.
Более серьезные улики против Бейлиса появились в декабре 1911 года, когда В. П. Чеберяк, отец Жени, сообщил следующее: перед смертью сын рассказал ему, как Бейлис прогнал его и Андрея с кирпичного завода – за два дня до исчезновения Ющинского. На суде представители защиты отметили недостоверность показаний Чеберяка, заявив, что он дал их по настоянию жены.