В январе 1912 года Бейлису предъявили официальное обвинение в убийстве Андрея. Предполагалось, что процесс начнется в мае, но некоторые полицейские и судейские чиновники, ранее возражавшие против разработки версии о ритуальном убийстве, теперь запротестовали из-за отсутствия убедительных доказательств против Бейлиса, засыпая начальство телеграммами и письмами. Они утверждали, что обвинения выглядит слабыми и все неизбежно закончится оправданием подсудимого. В феврале 1912 года полковник А. Ф. Шредель, начальник Киевского жандармского управления, писал вице-директору Департамента полиции, что улики против Бейлиса малоубедительны. Он критиковал правительство за выдвижение необъективных и односторонних доводов, предлагая сосредоточиться на Чеберяк и членах ее шайки, истинных виновниках убийства. Шредель также предположил, что участники шайки убили Андрея, поскольку он знал об их незаконной деятельности. В марте он повторил свои февральские заявления, а также оспорил достоверность показаний Шаховских (см. Документы 24 и 25).
Неудивительно, что обвинительный акт и сопровождавшие его доказательства привлекли к себе внимание общественности. Особое возмущение вызвала экспертиза Сикорского с ее обвинениями евреев в ритуальных убийствах, после обнародования которой критика в адрес Николая II и правительства стала еще острее. Медицинские специалисты всей Российской империи тут же обрушились на Сикорского. Харьковское медицинское общество, к примеру, выразило «глубокое негодование по поводу медицинской экспертизы со стороны обвинения в деле Бейлиса», усмотрев в ней «проявление расовой и религиозной нетерпимости и попытку псевдонаучными приемами обосновать возможность существования ритуальных убийств у евреев». Такое поведение общество считало «постыдным, роняющим высокое звание врача» [Тагер 1934: 179]. В. П. Сербский, выдающийся специалист по судебной психиатрии, высмеял Сикорского за нарушение правил научного исследования и, опираясь на свой опыт в новых областях антропологии, психологии, психиатрии, криминологии и судебной медицины, продемонстрировал необходимость учета достижений современной науки для раскрытия убийства Ющинского (см. Документ 26).
Известие об аресте еврея и его обвинении в ритуальном убийстве вызвало самую резкую реакцию в Западной Европе и США. В целом она касалась не столько предполагаемой виновности Бейлиса, сколько самого характера обвинения, рассматривавшегося как следствие невежества, суеверий и предрассудков. В ходе протестов отмечалось также, что кровавый навет в прошлом всегда приводил к антиеврейским выступлениям, сопряженным с насилием. В марте 1912 года выдающиеся немецкие педагоги, политики, теологи и церковные иерархи подписали воззвание против чудовищного кровавого навета, не подкрепленного убедительными доказательствами. Для церковных деятелей и богословов было особенно важно отмежеваться от воззрений и политики царского правительства и показать, что не все христиане принимают на веру обвинение в ритуальном убийстве. Аналогичное воззвание в Великобритании подписали около двухсот священников, богословов, судей, журналистов, преподавателей и парламентариев, ни один из которых не был евреем; это обращение появилось в «Times» 6 мая 1912 года и, как и немецкое, было вновь опубликовано в 1913 году, накануне процесса (см. Документ 27).
Из всех обращений, подписанных видными русскими общественными деятелями, самым известным стало «К русскому обществу» В. Г. Короленко, вышедшее в октябре 1911 года и впоследствии перепечатанное многими газетами и журналами: оно позволило улучшить осведомленность широкой публики о преследовании Бейлиса властями. «К русскому обществу» стало эквивалентом знаменитого письма Золя «Я обвиняю», разоблачавшего пренебрежение законностью во время дела Дрейфуса. Короленко сравнивал преследования евреев в ХХ веке с гонениями на христиан в Римской империи и тем самым вызвал волну сочувствия к Бейлису со стороны русской общественности. Он призывал отвергнуть обвинение в ритуальном убийстве, опираясь на разум и веру. Около двухсот тогдашних знаменитостей – писателей, ученых, интеллектуалов – подписали это обращение, чтобы оказать давление на правительство (см. Документ 28).