Другим фактором, закреплявшим эти провалы во взаимопонимании, являлась все углублявшаяся и расширявшаяся трещина в культуре между латино- и грекоговорящими гражданами Империи. Двуязычие становилось все более редким в обоих частях Империи: после 230 г. н. э. в римских церквях некому было излагать точку зрения греков, и очень немногие восточные священнослужители владели латинским языком. Да им и не было нужды использовать его, поскольку языком Нового Завета был греческий. Более того, продолжительное отсутствие императоров из Рима в третьем веке давало восточным священникам, особенно в периоды преследований, еще большие возможности для принятия независимых решений и, тем самым, повышения собственного статуса.
Но после того, как Константин основал свою новую столицу в Константинополе, возникла совершенно новая ситуация. Если ранее римские епископы, или папы, чувствовали себя более независимо в отсутствие императора, то теперь стало ясно, что его решение постоянно находиться в Константинополе вело к повышению статуса епископа этого города (известного как патриарх — как и везде на Востоке) до весьма высокого уровня, позволявшего на равных конкурировать с Римом. Константин, жаждавший, чтобы христианство универсальными связями сцементировало всю империю, надеялся, что основание им Константинополя сыграет особую роль в этом процессе. По словам св. Григория Назианского из Каппадокии (восточная часть Малой Азии) новая столица была «связующей нитью союза между Востоком и Западом, в которой должны были соединиться самые удаленные друг от друга крайности и в которой они должны были видеть свой общий центр и оплот веры».
Однако случилось полностью противоположное. Не сделав никакого существенного вклада в союз между двумя частями империи, новая столица привела к росту религиозной поляризации. Это стало очевидным на совете в Сердике (София, 343 г.), когда яростный диспут по теологическим вопросам быстро перешел в раскол между правительствами Востока и Запада. Затем, после оформления политического раздела между двумя территориями в 364 г., трения в их отношениях распространились на духовную сферу. Одно из яблок раздора — растущая власть римских пап, спровоцировала церковных сановников Востока на выступление с далеко идущими призывами организовать свою независимую религиозную власть. Естественно, эти призывы не очень понравились императору Запада, что вызвало серьезное напряжение в отношениях с Восточными патриархами.
Тем временем латинское религиозное образование процветало. До сих пор латинская христианская литература была на более низком уровне, чем греческая, но значительным шагом в направлении ликвидации этого разрыва был перевод Библии, с греческого на латинский, названный Вульгатой и осуществленный Иеронимом по поручению папы Дамаса с целью пересмотра старых латинских евангелических текстов. Исследование Августина «О Троице» также показало, что, наконец, искусство латинской теологии вышло на уровень, не имеющий себе равных в любых современных греческих образцах. Эти достижения повысили духовный престиж Запада.
В течение длительного времени отношения между церквями Рима и Константинополя продолжали ухудшаться, что болезненно отзывалось на общих политических взаимоотношениях между Западом и Востоком. В 404 г. совет восточной церкви, ревниво относившийся к популярному и прогрессивному Иоанну Златоусту, патриарху Константинополя, низложил его и отправил в ссылку. Это вывело из себя правителей Запада во главе с императором Гонорием, который считал предосудительным принятие такого жестокого приговора, не ожидая какого-либо решения главы римской церкви, папы Иннокентия I, с которым, по мнению Гонория, следовало проконсультироваться. Дальнейшие трения возникли по поводу религиозного контроля над балканскими провинциями после того, как большинство из них было передано из Западной империи в Восточную. Папа Сириций, несмотря на эти территориальные изменения, заявил, что епископ Фессалоники (Салоники), столицы этого края, должен оставаться под его началом. Тогда император Востока Феодосии II издал в противовес указ о том, что все духовные диспуты на переданной территории должны проходить под эгидой епископа Константинополя, «который унаследовал прерогативы старого Рима». Но после протеста Гонория Феодосии был вынужден уступить.