Против объединения морской и сухопутной авиации категорически возражал и Революционный военный совет Балтийского флота, который настоятельно просил командующего морскими силами Республики сделать все возможное, чтобы сохранить морскую авиацию в распоряжении Балтфлота. Ходатайство было поддержано Морским генеральным штабом. Морское командование исходило из того, что в условиях превосходящих сил противника на море, широкой постановки им минных заграждений авиация флота является единственным средством наблюдения за противником и силой, способной совершать бомбометание и обстрел вражеских кораблей, береговых батарей и крепостных (портовых) сооружений. Кроме того, морская авиация приобрела чрезвычайно большое значение в обороне Петрограда и Кронштадта с моря. Действуя главным образом над морем, она имела соответствующие типы летательных аппаратов, требовала особой специализации летного состава, знакомого с условиями и спецификой морской войны. Все это приводило к такому выводу, что морская авиация является "типичным морским родом оружия" и объединение ее с сухопутной авиацией, по мнению Реввоенсовета Балтфлота и командующего морскими силами, являлось мерой, находящейся "в разрыве с интересами морской обороны республики" {9}
На основании ходатайства Морского генерального штаба приказом по армии и флоту № 3 от 20 мая 1918 г. Управление морской авиации вновь перешло в полное подчинение Народного комиссариата по морским делам. Для координации деятельности отделов УМА и УВФ была образована постоянная межведомственная комиссия.
Одновременно с организацией управления формировались новые боевые части. Советская морская авиация создавалась на базе авиации дореволюционного флота, хотя наследство это было весьма незначительное.
К октябрю 1917 г. на флоте имелись воздушная дивизия Балтийского моря в составе 2-х воздушных бригад и отряда корабельной авиации и воздушная дивизия Черного моря в составе 2-х воздушных бригад, дивизиона корабельной авиации и отряда дирижаблей. В строю находилось 269 самолетов (аппаратов) разных типов и назначений [10] и 101 летчик {10}. Однако и эти силы использовать в полной мере было невозможно. С вторжением войск кайзеровской Германии в марте - апреле 1918 г. на Украину и в Крым были начаты боевые операции германо-турецкого флота на Черном море. Врагам вскоре удалось захватить значительную часть побережья Черного моря. В этих условиях Советское правительство вынуждено было отдать приказ о затоплении боевых кораблей Черноморского флота в Новороссийске. С гибелью флота перестала существовать и воздушная дивизия Черного моря.
Не лучше сложилась обстановка и на Балтийском театре. Немецкий империализм стремился с суши и моря захватить Петроград. Части молодой Красной Армии и корабли Балтийского флота преградили путь врагу, доказали свою способность защитить социалистическое Отечество и заставили Германию пойти на заключение мира.
По условиям Брестского мирного договора Советская Россия должна была в самый короткий срок увести свои корабли из Ревеля и Гельсингфорса. Моряки Балтийского флота с честью выполнили приказ Советского правительства. 236 кораблей в феврале - мае 1918 г. совершили легендарный "Ледовый поход" из Гельсингфорса в Кронштадт. Одновременно в глубь России была эвакуирована и воздушная дивизия Балтийского моря, дислоцировавшаяся в Ревеле и Гельсингфорсе {11}.
27 апреля 1918 г. приказом по флоту № 355 в связи с прекращением военных действий воздушная дивизия Балтийского моря была расформирована. На ее базе сформировалась воздушная бригада особого назначения в составе трех дивизионов. В бригаду входили два гидродивизиона и один истребительный дивизион {12}. Гидродивизионы дислоцировались: один в Ораниенбауме (три отряда), второй [11] - в Самаре (два отряда) {13}, дивизион истребителей - в Красном Селе (три отряда). Начальником бригады был назначен морской летчик С. А. Лишин, комиссаром - И. Н. Пушков, а с 16 июля 1918 г. - С. М. Кочедыков. В последующем ускоренно формировались отдельные гидроавиационные и морские истребительные отряды на Северной Двине, Волге, Каме, Днепре, Селенге, Онежском озере, Каспийском, Черном и Азовском морях. За 1918 - 1920 гг. было сформировано 19 авиационных отрядов.
В октябре 1918 г. отряды морской авиации были объединены в дивизионы.
С образованием Революционного военного совета Республики его приказом № 394 от 18 декабря 1918 г. структура РККФ подверглась коренной реорганизации. Коллегия Народного комиссариата по морским делам упразднялась. В составе РВСР был образован морской отдел во главе с командующим Морскими силами республики. Управление морской авиации было преобразовано в авиационный отдел при Управлении кораблестроения.
Приказ № 394 был представлен на утверждение Советскому правительству. На подлиннике имеется резолюция: "Утверждается. Пред. СНК В. Ульянов (Ленин) 19.12. 1918г." {14}.