Ответственным за Керченское направление Левченко назначил Батова, а командование Севастопольским возложил на себя. Таким образом, командующий войсками Крыма фактически попробовал разделить ответственность за оборону всего полуострова и в первую очередь Керчи, положение под которой становилось все более тяжелым. Одновременно Левченко брал на себя полную ответственность за оборону главной базы, несколько ущемляя полномочия флота.
Такое предложение вызвало категорическое возражение Кузнецова, считавшего, что «только командующий флотом может по-настоящему руководить обороной Севастополя
». Однако прежде чем обращаться к Сталину по этому вопросу, нарком решил заручиться поддержкой начальника Генерального штаба. Вместе с ним Кузнецов составил совместную директиву, которой предусматривалось, что за оборону главной базы флота должен отвечать Военный совет ЧФ. Завизировав проект директивы своими подписями, Кузнецов и Шапошников отправили ее в секретариат Сталина.Реакция Верховного Главнокомандующего была очень быстрой. Уже на следующий день вышла директива Ставки, определяющая новый порядок управления войсками Крыма:
«С целью сковывания сил противника в Крыму и недопущения его на Кавказ через Таманский полуостров, Ставка Верховного Главнокомандующего приказывает:
1) Главной задачей ЧФ поставить активную оборону Севастополя и Керченского полуострова всеми силами.
2) Севастополь не сдавать ни в коем случае и оборонять его всеми силами.
3) Все три старых крейсера и старые эскадренные миноносцы держать в Севастополе. Из этого состава сформировать маневренный отряд для действий в Феодосийском заливе по поддержке войск, занимающих Ак-Монайские позиции.
4) Отряду Азовской флотилии поддерживать войска на Ак-Монайских позициях с севера.
5) Линкор и новые крейсера базировать в Новороссийске, используя их для операций против берега, занятого противником, и для усиления отряда старых кораблей. Базирование эскадренных миноносцев установить по вашему усмотрению.
6) Часть зенитной артиллерии из оставленных районов использовать для усиления ПВО Новороссийска.
7) Организовать и обеспечить перевозку в Севастополь и Керчь войск, отходящих в Ялту, Алушту и Судак.
8) Истребители, штурмовики и часть самолетов МБР оставить в Севастополе и Керчи; остальную часть использовать с аэродромов Северо-Кавказского военного округа для ночных ударов по аэродромам, базам и войскам противника в Крыму.
9) Эвакуировать из Севастополя и Керчи на Кавказ все ценное, но не нужное для обороны.
10) Руководство в Севастополе возложить на командующего ЧФ с подчинением его вам. Заместителем командующего ЧФ иметь в Туапсе начальника штаба флота.
11) Вам находиться в Керчи.
12) Для непосредственного руководства обороной Керченского полуострова назначить генерал-лейтенанта Батова
».Директива была подписана Сталиным, Шапошниковым и Кузнецовым. Судя по глубине проработки поднятых вопросов и оптимальности предлагаемых решений, она подготавливалась Сталиным заранее, с момента возникновения конфликта.
По существу она представляла компромиссное решение, но направленное не на удовлетворение потребностей заинтересованных сторон, а на повышение эффективности обороны полуострова.