Суворов же делал свое дело: улучшал организацию проведения мероприятия и принимал меры к обеспечению безопасности переселенцев. К осени 1778 г., согласно его отчету, было переселено «свыше 31 тысяч душ». Большинство греков, став российскими подданными, обосновались на берегу Азовского моря, в Мариуполе. Армяне стали первыми жителями нового города – Нор-Нахичевана, впоследствии Нахичевани-на-Дону (теперь это Пролетарский район Ростова-на-Дону).
Суворов более полугода провел в Гезлеве (Евпатории), перенеся туда свою ставку из Бахчисарая. Взяв на себя немалую часть забот по управлению городом, он провел успешные мероприятия, не позволившие проникнуть в город эпидемии чумы, распространявшейся тогда в регионе. Был введен карантин – для людей и товаров, приведены в полный порядок водоснабжение и отхожие места, сделан бесплатным доступ в бани, были выбелены все строения. В целях гигиены традиционное мусульманское пятиразовое омовение было сделано обязательным для всех. По этому поводу на командующего пошли доносы от христиан – что он обусурманился. Мусульмане в долгу не остались: им не нравился звон колоколов православных церквей, который очень любил Александр Васильевич, и то, что он слишком часто поет в церковном хоре.
Турецкого миролюбия хватило до конца 1781 г., когда снова началась подрывная деятельность против России в Крыму. Да и Шагин Гирей сумел настроить против себя слишком многих. Старший брат хана Батыр Гирей стал призывать к его свержению кубанских ногайцев, ратуя за старинные обычаи. В Крыму Батыра поддержали муфтий и многие представители знати. Тогда Шагин Гирей приказал повесить муфтия и двух мурз. Вспыхнуло восстание, был захвачен Бахчисарай, разграблен ханский дворец. Шагин Гирей укрылся в русском гарнизоне, а его брат Бату Гирей прибыл в Кефе и был провозглашен там ханом.
В скором времени на полуостров вступило русское подкрепление. Восставшие были наголову разбиты, Батыр Гирей пленен. Суворова тогда в Крыму уже не было, в 1780 г. он был переведен в Поволжье, потом был послан на борьбу с ногайцами.
Шагин Гирей вернулся к власти. Правление его стало откровенно террористическим. Слухи о его жестокости дошли до Петербурга, и императрица сделала Потемкину внушение, что хана необходимо утихомирить. Тот в своем послании сообщил Шагину о недовольстве государыни, а от себя добавил, что лучше всего было бы отречься от престола и передать Крым России.
Идею о необходимости для России обладания Крымом он вынашивал не один год. В начале 1780-х он писал в поданной Екатерине записке, что Крым положением своим разрывает наши границы, обладая им, мы лишаем турок возможности «входить к нам, так сказать, в сердце… Доверенность жителей в Новороссийской губернии будет тогда несумнительна, мореплавание по Черному морю свободное».
Шагин Гирей, человек по сути своей противоречивый и в то же время глубокий, думается, сам чувствовал в эти годы, что с ним творится что-то неладное. Но, напитавшись смолоду постулатами европейской эпохи Просвещения, он в то же время не мог в душе не оставаться крымским татарином из ведущего свое происхождение от Чингисхана рода Гиреев – оттого и внутренние конфликты, раздражительность, неспособность совладать с собой, прикрываемая высокомерием неуверенность в себе.
Шахин Гирей решил пойти навстречу пожеланиям Петербурга и, отрекаясь от власти, заявил, что «не желает быть ханом такого коварного народа, каковы крымцы».
8 апреля 1783 г. за подписью императрицы Екатерины II был обнародован манифест «О принятии полуострова Крымского, острова Тамана и всей Кубанской стороны под Российскую державу».
В манифесте довольно подробно излагалась история вопроса. Давние обиды не затрагивались, но то, что Турция не собиралась и не собирается ни отказываться от использования Крыма в качестве орудия против России, ни уважать «вольность и независимость татарских народов», было обосновано доказательно. А посему, используя «все те права, кои победами нашими в последнюю войну приобретены были» и не желая, чтобы Крым и другие татарские области и впредь служили раздору между империями Российской и Оттоманской, «решились мы взять под державу нашу полуостров Крымский, остров Таман и всю Кубанскую сторону».