В соответствии с союзным договором через Босфор и Дарданеллы в Средиземное море проследовала черноморская эскадра под командованием Ф. Ф. Ушакова, очистившая от французов Ионические острова и успешно действовавшая против них у берегов Италии.
Но с 1806 г., несмотря на недавно подписанный договор о «мире, дружбе и добром согласии», отношения между Россией и Турцией стали ухудшаться. В Стамбуле снова активно заработала французская дипломатия, теперь наполеоновская. После разгромного поражения, нанесенного Бонапартом русским и французским войскам под Аустерлицем, Турция решила предпочесть Францию. Позабыв при этом потрясший всю Европу жестокий расстрел в 1799 г. по приказу Наполеона четырех тысяч турецких солдат, сдавшихся во время его Сирийского похода под Яффой – поставив условием сохранение им жизней (правда, сдавались они не лично Бонапарту, а его генералам). России в вину сейчас ставилось то, что она помогала сербам в их восстании против Османской империи. В декабре 1806 г. султанское правительство объявило России войну.
В ней успешно действовал на Средиземном море русский Балтийский флот под командованием Д. Н. Сенявина. Ему удалось блокировать Дарданеллы, заняв остров Тенедос. В морских сражениях близ Афона и у Дарданелл были одержаны победы.
На суше русская армия долгое время не могла достичь существенных успехов, да у нее на это и не было сил, в ней было всего около 40 тысяч человек – турок было вдвое больше. Войска требовались на Западе, где и после заключения императорами Александром I и Наполеоном Тильзитского мира обстановка была сложной. Велись войны с Англией (на море) и Швецией (в Финляндии). Австрия, потерпев в 1809 г. от французов сокрушительное поражение, склонялась к союзу с победителями и вскоре вступила в него. Император Наполеон стал мужем австрийской принцессы Марии-Луизы, дочери императора Франца. Так что русским войскам на юге не приходилось рассчитывать на серьезные подкрепления. Нанеся летом 1807 г. поражение противнику при Обилешти и спасая этим от захвата Бухарест, в дальнейшем они ограничились взятием нескольких придунайских крепостей и борьбой за удержание их.
Положение изменилось, когда во главе Дунайской армии в марте 1811 г. встал Михаил Илларионович Кутузов. К тому времени подошло подкрепление (русское правительство решило побыстрее покончить с этой войной ввиду ставшего очевидной неизбежностью столкновения с Францией), и Кутузов, соединив разбросанные прежде силы, разгромил турок под Рущуком, а через некоторое время блокировал их армию под Слободзеей.
Несмотря на все усилия французских дипломатов и личные послания Наполеона султану Махмуду II, Турция вступила с Россией в переговоры. 28 мая 1812 г., менее чем за месяц до нашествия «двунадесяти языков» на Россию, был заключен Бухарестский мир. В соответствии с его положениями граница двух империй стала проходить по Пруту, а после его впадения в Дунай – по Килийскому рукаву дельты Дуная вплоть до впадения в Черное море. Таким образом в состав России входила южная часть Молдавского княжества – Бессарабия (включавшая большую часть современной Молдавии) с Кишиневом и крепостями Хотином, Измаилом, Бендерами и другими. В качестве ответного жеста Турции была возвращена захваченная по ходу военных действий Анапа на Таманском полуострове. Сербии предоставлялась широкая внутренняя автономия, причем Россия получала право контролировать выполнение этого пункта.
Важным следствием заключения этого договора стала возможность переброски Дунайской армии на театр войны с Наполеоном. Куда она поспела, правда, уже к завершающей стадии изгнания неприятеля из России, а ее командующий адмирал В. Я. Чичагов прославился тем, что якобы поспособствовал спасению французского императора при Березине. Но это вопрос спорный, в любом случае в первую очередь Наполеон сам себе поспособствовал – себе и остаткам своей армии, в очередной раз проявив качества гениального полководца.
Поводом для следующей войны с Турцией послужило российское содействие Греции в обретении ею независимости. В июне 1827 г. Россия, Англия и Франция подписали в Лондоне с Турцией конвенцию, предоставляющую грекам широчайшую внутреннюю автономию. В соответствии с ней в Греции прошли выборы президента. Им был избран граф Иоанн Каподистрия, долгие годы проживавший в России и занимавший там высокие посты (в 1816–1822 гг. был министром иностранных дел).
Стамбулу это очень не понравилось, и он отказался от своей подписи под договором. Чтобы не допустить развязывание Турцией войны, объединенный русско-англо-французский флот нанес турецкому упреждающий удар. Сражение произошло 8 октября 1827 г. в Наваринской бухте у побережья Пелопоннеса. Турецкий флот был разгромлен, большая заслуга в этом принадлежала российским морякам во главе с адмиралом Л. Г. Гейденом.