Работа в качестве вице-президента отнимала массу времени и сил. За 1937 год ему удалось опубликовать всего пять статей. Это его не расстраивало. Его личные статьи были малой частью того, что он делал в академии. Последняя взяла на себя выполнение десяти важнейших народнохозяйственных тем. Работал Совет по изучению производительных сил — СОПС. Казалось уже немыслимым решать без академии стратегические вопросы развития страны. Это была и его заслуга. Он развернул работы и в Энергетическом институте. Сначала, до переезда в Москву, институт помещался в здании Биржи на стрелке Васильевского острова, в Москве было лишь его небольшое отделение. После перевода центральных учреждений академии в Москву институт обосновался прямо против особняка Президиума в Нескучном саду — на Большой Калужской улице. Два кабинета Кржижановского, таким образом, сильно приблизились друг к другу.
Институт создавал фундаментальный труд «Основы электроэнергетики СССР». Решались проблемы энергетики в третьей пятилетке, вопросы газификации и теплофикации, изучения энергетических ресурсов.
Идеи ЭНИНа о развитии энергетики в третьей пятилетке не получали, однако, поддержки высокого руководства. С декабря 1930 года Председателем Совнаркома стал Молотов. Он же был назначен Председателем Совета Труда и Обороны.
В третьем пятилетием плане, составленном под руководством Молотова, была фраза, которую все энергетики восприняли с болью и тревогой:
«…В строительстве тепловых электростанций перейти к небольшим и средним электростанциям в 25 тыс. квт и ниже».
Это решение, направленное на деконцентрацию, объективно отбрасывало советскую энергетику на несколько лет назад. Энергетики единодушно называли такую установку «гнилой».
Кржижановский был категорически против такого резкого поворота в политике строительства электростанций, отбрасывающего страну назад. Как можно перейти к небольшим и средним электростанциям в 25 тыс. квт и ниже в то время, когда электросиловцы уже «закрутили» крупнейший в мире турбогенератор в 100 тысяч киловатт? Может быть, это решение продиктовано высшими, неясными даже ему интересами? Он заставлял себя думать, что это решение объясняется капиталистическим окружением, бушующим вокруг острова социализма военным психозом. Но нужно еще доказать, что мелкие станции не так уязвимы, как крупные. Но они дороже, и намного. Они вызывают распыление сил и средств.
Он с душевной болью наблюдал, как начали пересматриваться проекты всех электростанций, уже строящихся и намеченных к строительству в 1939 году и последующих годах, как в них мощные агрегаты в 50 и 100 тысяч заменяются на машины в 12,5 тысячи киловатт.
Вот как описываются последующие события в историческом сборнике «Профсоюз энергетиков», «…тревожные опасения сбылись. При отставании выработки электроэнергии от роста потребностей на нее в 1937–1940 годах в ряде экономических районов страны образовался дефицит энергетических мощностей, энергетика стала сдерживать быстрые темпы промышленного производства. Положение создалось угрожающее, но ответственность за это Сталин взвалил на тех самых людей, которые предупреждали его о возможных последствиях неправильного курса в электрификации страны…»
Начались придирки и к Г. М. Кржижановскому, которые шли в основном по «академической» линии.
Его упрекали в том, что он поддерживал знаменитого математика — академика Лузина, который и вправду был человеком нелегким. Но Кржижановский отвлекался от соображений «уживаемости» академика, видя в нем громадный талант, уважая его как создателя математической школы — «Лузитании», зная его полную лояльность.
Его обвиняли в том, что он разрешил опубликовать за границей книгу своего помощника профессора Вейца.
Намекали на то, что он как-то причастен к истории с «мамонтом», неразложившиеся останки которого были якобы обнаружены где-то на севере, а потом оказались останками выброшенного на берег кита.
Все это было именно придирками, и причина их лежала совсем в другой плоскости. Ю. Н. Флаксерман в своей книге о Г. М. Кржижановском так объясняет сложившуюся обстановку: «В конце 30-х годов обнаружились письма Глеба Максимилиановича, в которых он нелестно отзывался о Сталине. Этого было достаточно для осуществления ряда репрессивных мер. Его буквально терроризировали, вызывали на допросы, предъявляли одно за другим нелепые обвинения… Были приняты все возможные меры, чтобы светлое имя Г. М. Кржижановского было предано забвению. Поселок при Кизеловской ГРЭС, называвшийся Кржижановск, был преобразован в город Кизел, плановый институт имени Г. М. Кржижановского при Госплане СССР переименован в экономический институт. Все это делалось для того, чтобы принизить заслуги Г. М. Кржижановского. В декабре 1940 года исполнилось 20 лет со дня утверждения плана ГОЭЛРО. Готовился сборник «20 лет ГОЭЛРО». К составителям сборника было предъявлено требование изъять из всех статей имя Г. М. Кржижановского.
Но сделать это было просто невозможно… Сборник так и не увидел света».