Руководитель: Геннадий Григорьевич Онищенко (с 12.3.2004)
Заместители руководителя: Николай Владимирович Шестопалов (с 6.4.2004), Людмила Павловна Гульченко (с 22.4.2004), Борис Петрович Кузькин
Управление санитарного надзора (Саннадзор): Ольга Ивановна Аксенова
Управление эпидемиологического надзора: Елена Борисовна Ежлова
Управление защиты прав потребителей: Олег Владимирович Прусаков
Управление научного обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения и международной деятельности: Ирина Викторовна Брагина
Управление организации службы, государственной регистрации и лицензирования (Госрегистрация): Людмила Михайловна Симкалова
Правовое управление: Ольга Александровна Кулагина
Финансово-экономическое управление: Валентина Николаевна Гришина
Управление делами: Светлана Вячеславовна Белых
Управление программ и имущественного комплекса Федеральной службы: Лилия Валентиновна Сафонкина
Управление кадров, последипломного образования и гигиенического воспитания населения: Анна Юрьевна ПоповаРуководитель:
Заместители руководителя: Ирина Федоровна Серёгина (с июня 2004), Елена Алексеевна Тельнова (с февр. 2005)
Управление делами: Эдуард Михайлович Овчинников
Управление организации государственного контроля качества медико-социальной помощи населению:
Управление лицензирования и правового обеспечения: Сергей Васильевич Максимов
Управление государственного контроля обращения медицинской продукции: В.В. Косенко
Управление регистрации лекарственных средств: А.А. Астахова
Управление регистрации изделий медицинского назначения и медицинских технологий: В.А. Ковалев
Управление мониторинга реализации государственных программ: В.Н. Пудовиков
Управление финансов, учета и контроля: Э.М. Овчинников