Руководитель: Юрий Викторович Герций (с 31.7.2008)
Заместители руководителя: Андрей Владимирович Селиванов (с апр. 2004), Алексей Витальевич Вовченко (с дек. 2007); Иван Иванович Шкловец (с 28.8.2008)
Управление надзора и контроля за соблюдением законодательства о труде: Игорь Анатольевич Воробьев
Управление надзора и контроля за предоставлением государственных услуг в сфере занятости населения: Елена Алексеевна Сулягина
Управление планирования, взаимодействия с регионами и контроля: Игорь Владимирович Куколев (с 2009)
Правовое управление: Алексей Васильевич Анохин (с 2009)
Финансово-экономическое управление: Нина Ивановна Иванова
Управление делами: Юрий Николаевич Лугинов (с 2009)
Управление информации и информационных технологий: Жанна Леонидовна Воробьева
Управление социальных гарантий: Людмила Леонидовна РодионоваРуководитель: Валентин Викторович Уйба (с 6.11.2004)
Заместители руководителя: Людмила Николаевна Бежина (с 2005), Михаил Филиппович Киселев (с 2005), Владимир Васильевич Романов (с 19.4.2005), Вячеслав Александрович Рогожников (с 2004), Дмитрий Станиславович Зверев (с 1.6.2008)
Административное управление
Управление организации медицинской помощи: Елена Юрьевна Хавкина
Управление организации службы крови: Вера Васильевна Богданова (с 2009)
Управление организации медико-социальной экспертизы и социальной поддержки населения: Сергей Иванович Козлов (с 2009)
Управление надзора и контроля в сфере обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия: Леженин Александр Владимирович (с 2009)
Управление организации научных исследований: Валерий Иванович Вареник (с 2009)
Планово-финансовое управление: Наталья Николаевна Михайлова (с 2009)
Управление правового обеспечения и государственной службы:
Управление материально-технического обеспечения: Елена Александровна Садырина (с 2009)