Первые газетные статьи сравнивали Гейси с персонажем Джекилла и Хайда. Но, как я уже писал ранее, история Джекилла и Хайда совсем не подходит для описания такого типа убийц: темная сторона в них присутствует всегда, но убийцам часто удается до поры до времени успешно скрывать ее от внешнего мира. Проследив обратно по времени за действиями Гейси, можно отметить, что эта сторона убийцы проявлялась в нем на протяжении как минимум пятнадцати лет. Еще в 1960-х годах, в Айове, когда он управлял тремя ресторанами быстрого питания, он пользовался своим положением, чтобы уговаривать молодых подчиненных заниматься с ним сексом. В «официальном заявлении о фактах», опубликованном государственным прокурором округа Кук, упоминалось, что «молодым людям предлагалось заняться сексом с первой женой Гейси в обмен на оральный секс с самим Гейси». Более того, когда «одна из жертв содомии пожаловалась на него полиции, Гейси нанял другого молодого человека, чтобы тот избил доносчика и убедил его не давать показания». И только после того как на него пожаловалась жертва с высокопоставленными связями, его обвинили в содомии, осудили и отправили в тюрьму.
В доме Гейси нашлись перстни, документы на автомобили и другие вещи жертв, останки которых обнаружили там же; в одном случае Гейси продал машину жертвы одному из своих работников. По факту он сохранял трофеи от каждого убитого. В начале 1978 года Гейси решил, что его тайник в подвале и другие места в доме переполнены, и начал выбрасывать тела в реку Дес-Плейнс.
Когда 12 декабря 1978 года Козенчак с помощниками допрашивали Гейси в его доме, тело Роберта Писта еще лежало на чердаке. Каким-то образом до начала пристального наблюдения со стороны полиции Гейси удалось вытащить тело из дома и выбросить в реку; обнаружили его только после судебного процесса. К тому времени была опознана только половина всех жертв.
На процессе адвокаты Гейси утверждали, что он страдает от расстройства множественной личности, а убийства совершала личность по имени «Джек Хэндли». (Гейси заявил, что его личности «Джек» и «Джон» являются антагонистами. На самом деле так звали полицейского из Чикаго, личность которого Гейси присвоил.) Еще позже Гейси утверждал, что в силу характера его бизнеса ключи от дома имелись по меньшей мере у шести человек, что там иногда проживали его помощники, и некоторые из них также могли быть причастны к убийствам. Он изменил первоначальные показания и утверждал, что убил лишь несколько человек, а не тридцать три, и что он уж точно не убивал каждого молодого человека, с которым занимался сексом. Некоторые из этих теорий были записаны на магнитофоны длительностью в шестьдесят часов, и адвокаты на процессе пользовались немногими из них; но в других записях Гейси признавался в многочисленных убийствах.
Прокуратура возбудила уголовное дело только против одного Гейси, проигнорировав доказательства, что к убийствам могли быть причастны другие люди, например два его помощника, которые действительно иногда ночевали у него дома. Такое часто бывает в громких случаях: окружной прокурор решает преследовать только одного, самого явного подозреваемого, не обращая внимания на остальных, потому что иначе есть риск, что относительно простое дело запутается и затянется. Похоже, главной целью считается как можно быстрее вынести вердикт очевидно виновному человеку.
На суде Гейси и его адвокаты строили защиту на том основании, что он невиновен по причине невменяемости. Обвинение возражало им, доказывая, что если Гейси планировал встречи с жертвами, намеренно обездвиживал их, а после гибели сознательно прятал их тела, то это признаки предумышленного убийства, и на момент совершения преступления он отличал хорошее от плохого. Почти через шесть недель судебного разбирательства присяжные объявили Гейси виновным в убийстве тридцати трех человек и приговорили к казни на электрическом стуле.