Свою военную строевую организацию черноморцы принесли с собою из-за Буга, где у них боевую часть войска составляли кавалерия, пехота и артиллерия. Но своеобразная борьба с горцами и в этом отношении наложила на казачество резкий отпечаток. Запорожская кавалерия так и осталась на Черноморье кавалерией, хотя и преобразованной при императоре Павле в полки; артиллерия заняла свое место на постах и батареях, но пехота существенно изменила прежнее свое назначение. Как мы знаем уже из предыдущего, черноморская пехота представляла собой не столько сухопутные силы, сколько морские. Взятие казаками Березани, участие казачьей флотилии в истреблении турецкого флота под Измаилом, сражение при Кинбурге и пр. составили черноморцам широкую репутацию опытных и храбрых моряков. Переселяясь на Кубань, черноморцы захватили с собой и свою морскую флотилию, но на новом местожительстве казачьи суда оказались совершенно ненужными: на море было стеречь некого, а Кубань, с ее быстрым течением и изменчивым руслом, делала невозможным сколько-нибудь удовлетворительное пользование на ней казачьими военными судами. Сделанные в этом отношении попытки окончились полнейшей неудачей. Так, когда в марте 1802 года казачья команда из 28 человек и двух офицеров, при одной пушке, препровождала из Бугазского лимана в Екатеринодар по Каракубани, протекавшей по владениям враждебных горцев, «байдак», нагруженный порохом и свинцом, то черкесы, сделавши в наиболее удобном для себя месте засаду, бросились на эту команду, овладели байдаком, часть команды и в том числе обоих офицеров перебили, часть изранили и часть забрали в плен. Это был урок, показавший всю непригодность на Кубани байдаков. «Байдаки, – говорит И. Д. Попко, – гонялись за двумя зайцами и ни одного не ловили. Но, что еще невыгоднее, они оставались в бездействии большую половину года чрез обмелевание и замерзание Кубани. А потому существование этих кордонных амфибий кончилось превращением их в простые паромные переправы через Кубань и Протоку». Но взамен утраты морской военной сноровки, приобретенной казаками при иных условиях, черноморцы выработали своеобразный пехотный строй. Казак-пехотинец был очень зорким, неутомимым, искусным и опасным для горца охранителем границы, залегши ночью в залогах и следя часто по пятам черкеса до самых и от самых аульных его жилищ. Особенно громкую известность приобрели в этом отношении черноморские пластуны.