Но главная заслуга Головатого пред казачеством состояла в постоянных заботах об упрочении войска. Головатый был одним из деятельных виновников возникновения этого войска; Головатому же более, чем кому-либо из казачьих старшин, войско обязано своим гражданским устроением, приобретением жалованных земель и организацией самоуправления. В этом отношении Головатый почти не имел себе соперников и, будучи войсковым судьей, т. е. первым помощником кошевого атамана, фактически был главным руководителем казачества на первых шагах его самостоятельной жизни в Кубанском крае. Вообще, ряд административных мероприятий и в особенности разных ходатайств Головатого по нуждам войска пред правительством характеризует этого судью-казака как очень умелого и довольно видного деятеля. Можно без преувеличения сказать, что ни одно начинание казаков в этом отношении не обошлось без деятельного и вместе руководящего влияния Головатого. Когда умер Потемкин-Таврический и войско, желая сохранить свою самостоятельность, задумало переселиться на Кубань, Головатый был поставлен во главе депутации, посланной с этой целью в Петербург. И войско не могло дать лучшего представителя по столь важному делу. Головатый успел выполнить свои поручения с такой точностью, что его инструкции почти дословно вошли в жалованные грамоты. Ему много помогло в этом отношении знакомство с людьми сильными, хорошее знание вообще людей и такт, свойственный видным практическим деятелям, к числу которых он несомненно принадлежал. Разыгрывая роль простоватого необразованного казака в кругу екатерининских вельмож, приглашавших запорожца на свои вечера в качестве диковинки, Головатый одних дивил своим чудачеством, другим рассказывал казачьи анекдоты, третьих пытался растрогать и вызвать сочувствие к положению казачества пением песен и игрой на бандуре, у четвертых просто просил содействия. И вот, когда, благодаря всему этому, Головатому удалось, наконец, получить жалованные грамоты на землю и права Черноморского казачества, и когда по этому поводу Головатый был представлен Императрице, – к удивлению гордых вельмож, неотесанный казак-запорожец вдруг произнес пред Государыней блестящую по тому времени речь. Это, разумеется, только еще больше упрочило за Головатым репутацию замечательного казака в глазах его чиновных петербургских покровителей.
При водворении черноморцев на вновь пожалованных землях, при расселении их в крае куренями, при устроении Екатеринодара, при выработке основных начал и частностей казачьего самоуправления и т. п., Головатому, без всякого сомнения, также принадлежала руководящая роль. По крайней мере в выработке так называемого «Порядка общественной пользы», основного юридического акта, которым санкционировались установившиеся в войске взаимоотношения, Головатый несомненно был главным творцом этого своеобразного документа, как об этом можно судить на основании некоторых обстоятельств и указаний. Во время пребывания кошевого атамана Чепеги в Польше, Головатый остался полным хозяином края в качестве войскового судьи, а это была самая горячая пора устроения Черноморского войска.
По возвращении Чепеги из Польши Головатый был назначен с двумя пешими полками в Персию. Командировка эта была последним актом продолжительной и многосторонней деятельности А. А. Головатого. 29 января 1797 года Антон Андреевич умер на 65 году жизни в чине бригадира и временным командиром Каспийской флотилии, вдали от родины. Пока достигла весть о смерти Головатого до Екатеринодара, казаки успели выбрать кошевым атаманом своего уважаемого судью. 21 марта 1797 года рескриптом Императора Павла А. А. Головатый, более месяца лежавший уже в могиле, был утвержден в этом звании. Таким образом был почтен уже после смерти званием кошевого атамана один из тех казачьих старшин, которому по справедливости должно было присвоено это звание и еще более почетное титло «устроителя» Черноморского войска.
А. А. Головатый, как и два первые кошевые, не оставил после себя портрета. По словам П. П. Короленко, он видел у генеральши Зинченковой изображение Головатого, сделанное столь неумелою рукою, что изображение это не давало никакого представления о физиономии судьи. Головатый, как значится в старых архивных бумагах, был высокого роста, тучен, имел большую голову постоянно бритую, с толстым «оселедцем», и красное, рябоватое лицо с огромными усами. Наружность, по-видимому, не вполне гармонировавшая с внутренними качествами ее обладателя. Головатый был не только замечательно умным и по своему времени очень образованным казаком, но весьма религиозным человеком и народным поэтом. Он был самым ревностным устроителем церквей во вновь заселяемом крае и виновником образования своего казачьего духовенства. Он же передал в песнях те чувства, которые волновали черноморцев в несчастьях и при удаче, песни, ставшие с течением времени народными.
Тимофей Терентьевич Котляревский