После перехода Черноморского войска из-за Буга на Кубань Ф. Я. Бурсак был избран в 1794 году казаками в должность войскового казначея и нес эти обязанности до 1799 года. В том же 1794 году Федор Яковлевич произведен был в майоры; в 1796 году командирован по делам войска в Петербург; в 1797 году, вместе с Котляревским в качестве войскового депутата присутствовал на коронации Императора Павла, а с 16 декабря того же года, по определению войскового правительства, состоял асессором в комиссии военного суда. Наконец, Высочайшим рескриптом от 22 декабря 1799 года и согласно желанию своего предшественника, Ф. Я. Бурсак был назначен войсковым атаманом Черноморского казачьего войска.
Этот краткий перечень выдающихся черт из предшествующей жизни Бурсака дает уже некоторое представление о том, чего вправе было ожидать войско от нового атамана. Бурсак был одним из видных представителей последней Запорожской Сечи и попал в атаманы как раз в ту пору, когда войско нуждалось в энергичном и умелом военном начальнике. Черкесы в это время сильно беспокоили казаков и безнаказанно производили набеги на Черноморию, так как черноморцы с своей стороны не могли платить тем же своим беспокойным соседям и должны были испрашивать Высочайшее разрешение на каждую экспедицию против горцев. К тому же в интересах добрых отношений с Турцией, под покровительством которой состояли черкесы, русское правительство с крайней неохотой давало такие разрешения. Бурсак с первых же шагов своей атаманской службы стал энергично хлопотать у правительства о разрешении чинить военные реквизиции на собственных землях вероломных соседей и, добившись этого разрешения, навел впоследствии такую панику на горцев, что они тщательно старались избегать военных столкновений с казаками. Когда в 1800 году черкесы сделали нападение на так называемый Копыльский кордон, Бурсак, испросивши предварительно Высочайшее разрешение, в свою очередь перешел с казаками на земли черкесов, разбил последних и истребил несколько аулов. Это заставило на время присмиреть горцев. В 1802 году черкесы, пользуясь удобствами местности и малочисленностью казаков, захватили плывший из Бугаза в Екатеринодар по р. Кубани байдак с пушкой и 400 пуд. пороху, убивши при этом 2 офицеров и 14 казаков. Тогда Бурсак снова перешел с 6000 казаков на черкесские земли. Произошло несколько кровавых стычек; черкесы были разбиты, часть аулов их была разрушена, причем взято в плен 532 души, реквизирован весь скот и имущество. Черкесы волей-неволей должны были смириться. За эти дела с горцами Бурсак был произведен в чин полковника, обеспечивши вместе с тем черноморское население от дерзких набегов черкесов. Но когда в 1807 году. Турция объявила войну России, горцы, естественно, примкнули к войскам своей покровительницы. Вскоре несколько тысяч черкесов, перейдя кордонную линию, произвели нападение на Черноморию. Бурсак с своей стороны собрал под ружье все наличные силы войска и вызвал на границу льготные строевые части казаков. Перейдя через Кубань, казаки под предводительством своего атамана разбили сборища горцев и разорили их аулы. Это новое возмездие страшного для горцев атамана заставило их на время покинуть мысль о набегах на Черноморию, а сам победитель был произведен в чин генерал-майора Высочайшим приказом от 17 февраля 1808 года. Продолжая чинить военные реквизиции, Ф. Я. Бурсак в 1809 году с отрядом казаков разбил шапсугские полчища на собственных их землях и опустошил шапсугские аулы, в 1810. году поступил точно также с абадзехами, зимой того же 1810 года наказал натухайцев, а в январе 1811 года снова шапсугов. За все эти походы Бурсак получил в награду орден Св. Анны I степ. Несколько других походов в горы, совершенных затем Бурсаком с казаками, заставили горцев совершенно смириться пред казачьим оружием и силой.
При Бурсаке Черноморское войско, окрепшее и упрочившееся на пожалованных землях, благодаря целесообразным мерам своего энергичного атамана, получило новое подтверждение их казачьих прав в грамоте от 16 февраля 1801 года, пожалованной Императором Павлом вместе с большим знаменем и 14 прапорами, т. е. малыми знаменами. Такая же грамота с 6 знаменами для черноморских полков была пожалована потом войску Александром Благословенным 31 мая 1803 года. В 1805 году, по представлению генерала от инфантерии и кавалерии Розенберга, инспектировавшего Черноморское войско, уже лично Бурсак был награжден алмазным крестом Св. Анны II ст. за образцовый порядок и благоустройство в войске и за успешные отражения горцев, а в мае месяце следующего года, по докладу генерал-лейтенанта Дюк-де-Ришелье, осматривавшего войско, атаману было выражено Монаршее благоволение в особом рескрипте.