Феноллоза погрузился в историю Японии, превратив свой дом в частный музей, в котором были представлены ксилографии. До переезда в Японию он учился в школе, связанной с престижным Музеем изящных искусств в Бостоне. В Японии он столкнулся с глубокой и сложной традицией искусства, о которой мало что знал; он решил узнать о ней как можно больше. Сначала он изучал с разными учителями историю японского искусства, но понял, что для того, чтобы понять его, ему также необходимо понять его китайский источник. Не довольствуясь академическим изучением обеих традиций, он брал уроки рисования тушью, приобретая значительные навыки живописца. Позже он применил тот же подход, сочетающий изучение истории с практическим обучением, к высоко стилизованному театру Но (более элегантный, придворный двоюродный брат Кабуки) , достигнув почти профессионального уровня. Его прославили как иностранца, который освоил это сложное искусство лучше, чем кто-либо до него.
Интерес Феноллозы к истории Японии принес ему славу эксцентричного человека - антиквара. Канонерская дипломатия Перри привела к тому, что Япония обесценила свои традиционные искусства, которые стали считаться такими же устаревшими, как военное правительство и самоизоляция предыдущей эпохи. Сам будучи продуктом этого стремления к модернизации в западном стиле, Феноллоза, тем не менее, начал искать заброшенные или запертые предметы далекого прошлого в надежде вернуть их к жизни.
Летом 1884 года Феноллоза отправился в великий храм Хорю-дзи с разрешением от центрального правительства, чтобы потребовать от монахов открыть свои святилища и позволить ему осмотреть статуи. Монахи не были рады этому, считая это чем-то близким к святотатству, но Феноллоза, вооруженный своими письмами, настоял на своем.
Чувство открытия Феноллозы, когда он продолжает восхвалять статую, ее линии и пропорции, позу и улыбку головы, завораживает. На тех же страницах он сравнивает ее с лучшими образцами греческого искусства, а также с "Моной Лизой" Леонардо да Винчи, готическими статуями Амьена и архаичным египетским искусством. Феноллоза стал первооткрывателем, наслаждаясь поиском таких объектов, как эта статуя, и неудивительно, что его мысли устремились к Шлиману, смелому раскопщику Трои.