В IV – V вв. сложилась иерархическая структура управления церковью: церковные округа (епископии) возглавлялись епископами, во главе приходов были пресвитеры (священники). Первоначально и те и другие выбирались в зависимости от знатности рода, общественного положения; епископы избирались в епископской среде путем «рукоположения». В V – VI вв. они стали назначаться митрополитами. За «рукоположение» (хиротонию) епископ должен был заплатить денежный взнос – «приношение». Советники епископа (синкеллы) зачастую становились его преемниками. В канцелярии епископа (архиепископа) служили нотарии, оформлявшие различные акты, заведующий архивом (хартофилак), эконом, занимавшийся хозяйственными делами, казначеи (скевофилаки), в ведении которых находились также церковные сокровища, и лица, ведавшие благотворительностью (птохотрофы, орфанотрофы, ксенодохи). К X в. высшие чины при епископе образовали «пятерку» (пентаду), управлявшую всеми делами в епископии. Функции контроля за финансами были возложены на сакелария. В конце X в. был введен церковный налог каноникон, взимавшийся как деньгами, так и натурой, а также взносы с мирян за различные действия, которые выполнялись священниками (разрешение на брак, поминальная плата и др.).
С IV в. самого уважаемого епископа стали называть патриархом, затем этим титулом обозначали архиепископов Александрии, Антиохии, Иерусалима и Константинополя (до 449 г. константинопольский престол находился под началом александрийского). На IV-м вселенском соборе в Халкидоне (451 г.) константинопольский архиепископ был признан вторым после римского и получил право назначать митрополитов во Фракию, Азию, Понт. После арабского завоевания Иерусалима (638 г.) и Александрии (640 г.) в состав Византии входило лишь два патриаршества – Константинопольское и Антиохийское. С XII в. церковная власть стала принадлежать единственному патриарху – константинопольскому, носившему титул Вселенского. Он фактически назначался василевсом, который мог арестовать патриарха и силой принудить его к отречению. Иногда устраивались выборы «божьим соизволением»: на алтарь св. Софии клали записки с именами нескольких претендентов (чаще всего 3), которые вскрывались и прочитывались на следующее утро. Патриарх крестил порфирородного ребенка, венчал его при заключении брака и при восшествии на престол, совершал по умершему василевсу заупокойную службу.
Важнейшие вопросы церковной жизни рассматривались на собраниях высшего христианского духовенства – соборах: вселенских, созываемых императором, и поместных, в рамках митрополии или патриархии, где разбирались жалобы (тяжбы) и контролировались перемещения духовных лиц. Византийская церковь признавала вселенскими семь соборов: I-й вселенский собор в Никее (325 г.), принявший символ веры и осудивший арианство; II-й вселенский собор в Константинополе (381 г.), утвердивший дополнения к никейскому символу веры; III-й вселенский собор в Эфесе (431 г.), отлучивший несториан; IV-й вселенский собор в Халкидоне (451 г.), окончательно утвердивший символ веры и осудивший монофиситство; V-й вселенский собор в Константинополе (553 г.), рассмотревший ряд догматических вопросов; VI-й вселенский собор в Константинополе (681 г.), осудивший монофелитство; VII-й вселенский собор в Никее (787 г.), выступивший против иконоборчества и установивший контроль церкви в области искусства. Постановления вселенских и поместных соборов легли в основу канонического права. Статус церкви был окончательно определен в «Номоканонах» (VI в.).
С IV в. усилились расхождения в решении различных христологических проблем, положившие начало расколу церкви (арианство, несторианство, павликианство, монофиситство). В 1054 г. единая христианская церковь распалась на западную (римско-католическую) и восточную (православную). Причиной раскола явились споры по вопросу о происхождении Святого Духа (Троицы), учения о благодати и отпущении грехов, о причащении хлебом и вином, о языке, на котором проводилось богослужение, о цели брака, о брадобритии и др. (см. православие).