В огромной организационной работе по демобилизации и эвакуации армии в европейскую Россию малоподготовленный к ней прежней службой Линевич не нашел достойных советников и помощников.
Ко времени ратификации мирного договора с Японией плана демобилизации и расформирования войск составлено не было и таковые производились крайне медленно и бессистемно. После продолжительной переписки с Военным министерством определилась следующая очередность отправления воинских формирований из Маньчжурии: отбытие должно производиться целыми частями и соединениями армии, в первую очередь – конница и казаки, как самые дорогие по содержанию, затем – сибирские корпуса, после чего – следующие корпуса в обратном порядке их прибытия на фронт из России.
Однако внутренние события заставили разрушить этот разумно выработанный план.
Перевозка войск началась 13 октября 1905 года, а с 15 октября началась грандиозная забастовка на Сибирской и Забайкальской железных дорогах.
Через несколько дней порядок восстановили, но налаженное в военный период железнодорожное хозяйство оказалось сильно расстроено, вследствие чего Сибирская железная дорога не могла пропускать более трех пар поездов в сутки. Эвакуация затягивалась, и в войсках стали возникать волнения. Все это побудило Линевича изменить план эвакуации и в первую очередь отправлять только так называемых запасных. На это он получил согласие военного министра при условии возвращения во главе запасных 9-го армейского и 4-го Сибирского корпусов.
На практике работа по эвакуации оказалась необычайно сложной, и по причине неточного учета запасных и из-за многочисленных побегов солдат из армии выполнение намеченного плана в организованном порядке оказалось невозможным.
Во второй половине ноября 1905 года на Сибирской, Забайкальской и Китайско-Восточной железных дорогах началась новая «почтово-телеграфная» забастовка, из-за которой штаб главнокомандующего Линевича оказался отрезанным от связи с Санкт-Петербургом и Иркутском. Не зная, продвигаются ли по Сибирской железной дороге отправленные поезда с запасными, Линевич торопил отправку эшелонов из Харбина, откуда в ноябре-декабре 1905 года выходило по 7–8 воинских поездов, в то время как Сибирская дорога пропускала не более 4 поездов в сутки. Это спровоцировало эффект закупорки железных дорог на узловых станциях в Чите и Иркутске и неминуемо привело к полному беспорядку в движении и буйстве демобилизованных военнослужащих, поддержанному распропагандированными железнодорожниками.
Командарм Куропаткин все это время не бездействует.
Организует разведку в районах Маньчжурии, занятых японцами. Контролирует отправку воинских эшелонов, до мелочей вникает в существо проблем перевозок, дает указания службе военных сообщений тыла. Объезжает расположения соединений и частей своей армии, преодолевая иной раз до 50 километров в сутки. Проверяет бараки для нижних чинов, офицерские квартиры, полевые и этапные госпитали. Живо интересуется состоянием мундирной одежды и качеством пищи. Проводит беседы с личным составом, стремясь понять настроение военнослужащих, благодарит за службу, кого-то награждает и всем желает счастливой дороги домой.
С горечью констатирует изменение морального духа солдат:
«Нижние чины, почти два года расшатываемые прокламациями, газетами, письмами из дому, уже не те, что были два года назад… Дисциплина пошатнулась…»
Жестко карает малейшие проявления смуты в войсках, наиболее виновных приказывает арестовать и передать следователю, а затем полковому суду.
Пристально следит за развитием внутриполитической ситуации в стране. Находит время для переписки с псковским губернатором, направляет тому 10 тысяч рублей из личного жалованья на обустройство Натовской школы.
Ежедневно при помощи специально подобранных офицеров штаба армии Гаврилицы, Болховитинова и Илинского занимается подготовкой подробнейшего отчета о своих действиях на посту командарма и главнокомандующего, самым подробным образом разбирает и описывает Ляоянское и особенно провальное Мукденское сражение.
28 октября 1905 года в своем имении в Конотопе умирает давний недоброжелатель Куропаткина, приложивший руку к его смещению с должности главнокомандующего, генерал от инфантерии, генерал-адъютант Михаил Иванович Драгомиров.
Незадолго до ухода из жизни, в беседе с военным атташе Франции в России полковником Луи Муленом, Драгомиров, известный своими обросшими анекдотами умопомрачительными алкогольными изысканиями, презрительно назовет Куропаткина «ташкентцем», пояснив смысл непонятного для иноземного восприятия прозвища следующим образом: «Ташкентец – это офицер, который с точки зрения техники был испорчен опытом маленьких экспедиций в Центральной Азии, где противная сторона не была представлена серьезными воинами, где тактика уступала по важности проблемам снабжения, санитарной службы и гигиены войск, которые были очень важны и трудны…».