Командиром вновь образованного 6-го Сибирского корпуса Соболев был назначен 1 июня 1904 года с согласия Куропаткина, должность сдал по окончании войны в мае 1906 года. Вместе со своими войсками достойно прошел всю Маньчжурскую военную эпопею, участвовал в сражениях на реке Шахэ и Мукденском, награжден орденом Святого Александра Невского с алмазными знаками и саблей «За храбрость».
Мемуарист в генеральских погонах об опальном главнокомандующем выскажется жестко и нелицеприятно, с эмоциональными и бездоказательными обвинениями личного и служебного характера, не выбирая выражений, на грани и за гранью оскорбительного тона:
«Все поражения, понесенные нами на маньчжурском театре войны во время нашей несчастной борьбы с японцами, произошли, как это полагает автор и как это в достаточной степени уже установлено документальными данными, от многих сложных причин, во главе которых надлежит поставить:
1) слабое и неискусное управление Куропаткиным Военным министерством;
2) полное пренебрежение к делу нашей подготовки к войне с Японией;
3) ошибочно направленная воля Куропаткина и его неумение справляться с массами войск, что было им обнаружено еще на больших маневрах под Курском в 1902 г. и
4) излишнее его самомнение и его недоверие к войскам и главным своим сотрудникам, многие из коих несомненно были выше его на целую голову».
Критика Соболева в адрес Куропаткина – это оценка, пусть и субъективная, предвзятая, но являющаяся отражением устойчивых, отложившихся взглядов опытного, давно сформировавшегося пехотного генерала, прошедшего два года войны на высокой должности командира корпуса, наблюдавшего Куропаткина и его штаб на всех управленческих этапах и в разных периодах военных действии: от подготовки своих войск, оценки противника, принятия решения и постановки задач подчиненным командирам до контроля за конечной реализацией оперативно-стратегического замысла. Конечно, в заочной полемике присутствовал элемент личной обиды – Соболев не забыл условного поражения на глазах у императора, его свиты и иностранных наблюдателей на Курских маневрах, где он был начальником штаба «проигравшей» Московской армии.
Замечания Соболева, особенно касающиеся личностных оценочных характеристик, Алексей Николаевич воспринял крайне болезненно; в какой-то момент речь даже шла о выяснении отношений между двумя почтенными генералами гораздо более серьезными способами, чем оппонирование в печатных изданиях. Расстояние помехой не являлось, ибо оба дебатёра проживали неподалеку друг от друга в своих имениях соседних Холмского и Торопецкого уездов Псковской губернии: Куропаткин – в Шешурино, Соболев – в селе Знаменском.
Требование Куропаткина о сатисфакции удовлетворено не было, выяснять отношения, используя диспозиции дуэльного кодекса двум заслуженным командирам, полным генералам и георгиевским кавалерам, запретили СВЕРХУ: стреляющие друг в друга корнеты или поручики еще как-то могут выглядеть романтично; напротив, – седовласые и седобородые, не первой молодости генералы от инфантерии, георгиевские кавалеры, бывшие министры – просто смешно.
Бей своих, чтоб чужие боялись
Тем временем в расшпоренной, выпущенной из-под уздцы стране, при полном попустительстве бесхребетного монарха, продуманно, по-иезуитски избегающего индивидуальной ответственности за немыслимые при его отце – императоре Александре III роковые, гибельные провалы во внешней и внутренней политике государства, за начавшееся необратимое РАЗЛОЖЕНИЕ империи, вовсю идет раздача «терновых венков» НАЗНАЧЕННЫМ сверху виновным в поражении в войне.
В Санкт-Петербурге за сознательную сдачу японцам Порт-Артура вопреки мнению военного совета, «не исчерпав всех доступных средств к обороне», отданы под военный трибунал однокашник, друг и протеже Куропаткина генерал А.И. Стессель и начальник сухопутной обороны крепости, командир 4-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии генерал А.В. Фок.
Настоял на привлечении себя к суду за Цусимскую катастрофу адмирал З.П. Рожественский.
Под следствием по нелепому обвинению в «бездействии власти» находится генерал Н.П.Линевич.