К числу ближнего круга министра Ванновского также можно отнести генерал-адъютанта М.И. Драгомирова, занимавшего должности начальника Академии генерального штаба, а затем командующего войсками Киевского военного округа, Главного военного прокурора и начальника Главного военно-судного управления генерал-адъютанта, светлейшего князя А.К. Имеретинского, Главного начальника учебных заведений генерала Н.А. Махотина, командующего войсками Варшавского военного округа генерал-адъютанта И.В. Гурко.
Являясь совершенным антиподом по политическим и военным взглядам своему предшественнику графу Милютину – «либералу в смысле убежденного прогрессиста и противника николаевского режима», Ванновский сохранил систему организации управления вооруженными силами, созданную Милютиным после того, как особая комиссия графа П.Е. Коцебу, образованная для пересмотра всей милютинской системы военного управления, не усмотрела в ней никаких существенных дефектов и высказалась против ее ломки, но, как убежденный сторонник милитаризации образования и воспитания, внес в нее другой дух, показательно выразившийся в немедленном преобразовании военных гимназий в кадетские корпуса в 1882 году.
Властный по натуре, Ванновский скорее командовал, чем управлял Военным министерством, наименее касаясь непосредственно технических отраслей военного дела, в которых считал себя некомпетентным, что в последующем отразилось на состоянии западных крепостей, где продолжали существовать негодные и бесполезные Бендеры, Двинск, Бобруйск за счет нужных, но недостаточно благоустроенных, а также на артиллерии, недостатки которой рельефно проявились во время Русско-японской войны. Исключение составило лишь дело перевооружения армии магазинными винтовками образца 1891 года, проведенное при самом деятельном участии министра.
Главнейшие задачи, решаемые Ванновским при управлении Военным министерством, заключались в увеличении численности запаса нижних чинов, создании запаса офицеров, ускорении и упрощении процесса мобилизации, улучшении качественного состава унтер-офицеров, усилении регулярной кавалерии, улучшении продовольственного обеспечения войск, преобразовании обозной части, создании боевых и провиантских запасов на случай войны в вероятных районах сосредоточения армий, постройке крепостей и казарм на западной границе России. В артиллерии введен бездымный порох, сформированы мортирные батареи, намечено перевооружение всей артиллерии. Усиленное внимание обращалось на развитие резервных и крепостных войск, коими предполагалось с наименьшей затратой сил и средств в мирное время развернуть армию в военное время до более значительного количественного состава.
В реформе постановки военно-учебного дела проводились идеи, чуждые ранее насаждавшейся системе Милютина: военные гимназии переименованы в кадетские корпуса, им вернули знамена и сократили курсы общеобразовательных наук, учредили полевые лагеря для кадет, обязали замещать должности воспитателей исключительно офицерами; в военных и юнкерских училищах обращено особое внимание на развитие специального военного образования; для поднятия уровня боевой подготовки устраивались маневры в местностях предполагаемых театров военных действий.
В отношении военных округов изменения коснулись главным образом их границ ввиду вновь определившихся задач внешней политики России. В 1881 году упразднен Оренбургский военный округ, утративший свое значение в связи с образованием Туркестанского военного округа. В 1882 году из Западно-Сибирского округа и Семиреченской области образован Омский военный округ, чем было достигнуто объединение командования по всей государственной границе с западной частью Китая. Образовано особое управление Закаспийской областью, до 1890 года состоявшей в подчинении Кавказскому окружному начальству. В 1884 году протяженный Восточно-Сибирский округ разделен на два – Иркутский и Приамурский, чем на перспективу обозначено значение Приамурья как возможного театра военных действий. В 1888 году упразднен Харьковский военный округ.
В организации военно-окружных структур осуществлены изменения, приблизившие управления к той форме, которая позволяла обеспечить быструю и удобную мобилизацию: в Виленском, Киевском и Приамурском округах учреждены должности помощников командующих войсками, предназначаемых при мобилизации занять место командующего войсками; в Варшавском округе назначены два помощника для заведования соответственно крепостями плацдарма и кавалерией округа; штабы Виленского, Варшавского и Киевского военных округов развернуты по штатам, приближенным к военному времени.
В 1887 году издано Положение об управлении крепостями, объединившее деятельность крепостного управления в руках коменданта.
Местные войска получили новую организацию, значительно сократившую их личный состав.
Сформирование четырех новых армейских корпусов показало, что русское правительство, проводя мирную политику, тем не менее осознает необходимость быть не слабее противника.