Севастопольская эскадра насчитывала всего 3 линейных корабля и 14 фрегатов. В Херсонской парусной эскадре было 2 линейных корабля и 6 фрегатов. Однако главнокомандующий русской армией генерал-фельдмаршал Г.А. Потемкин-Таврический сумел подготовить сюрприз султанскому флоту: в лимане укрывалось 65 судов Днепровской гребной флотилии, которой командовал немецкий принц К.Г. Нассау-Зиген, состоявший на русской службе.
Получив сообщение о прибытии турецкого флота под Очаков, Г.А. Потемкин приказал Бугскому егерскому корпусу «следовать вниз по Бугу… и соображаться в своих действиях с войсками в Херсоне и на Глубокой находящимися». Егерские батальоны, полностью снаряженные, прибыли к пристани Глубокой и расположились там. Корпусу придали два донских казачьих полка — Василия Орлова и Гавриила Бокова.
7 июня, в семь часов утра, турецкая гребная флотилия, поддержанная несколькими мелкосидящими в воде парусными кораблями, пошла в атаку на русские суда, стоявшие в лимане. Вся тяжесть сражения легла на гребную флотилию принца Нассау-Зигена, поскольку встречный ветер не позволил русским парусникам вступить в бой. Артиллерийская перестрелка шла «наижестокая».
Исход сражения в лимане решила более искусная русская артиллерия. Не выдержав меткого пушечного огня, турецкие суда в беспорядке бежали к Очакову, под защиту его крепостных батарей. В воздух взлетели корабль и шебека (небольшое трехмачтовое парусно-гребное судно, имевшее на вооружении от 12 до 40 орудий).
Султанское командование не отказалось от мысли уничтожить новопостроенный флот России, стоявший в лимане.
17 июня сражение в его водах повторилось. На сей раз в лиман вошли многопушечные турецкие линейные корабли, но, оказавшись на мелководье, они с трудом маневрировали, часть из них села на мель, сделавшись в конце концов добычей маневренных гребных судов русских.
На следующий день в четыре часа утра в лимане разгорелось новое морское сражение. Г.А. Потемкин успевает прислать подкрепление — 22 новые канонерские лодки. Турецкий флот в жестоком бою теряет два линейных корабля, одну шебеку и позорно отступает. Когда турецкие корабли стали выходить из лимана, на Кинбурнской косе заговорили суворовские батареи, потопив семь судов.
Разгром султанского флота, нашедшего было спасение под защитой орудий Очаковской крепости, довершила русская гребная флотилия. В новой схватке на водах лимана было взорвано пять линейных кораблей и захвачен невредимым вражеский фрегат. A.B. Суворов доносил главнокомандующему привычно кратко: «Прежде Очаков не наш, разбит флот».
Разгромленный в ходе нескольких боев в Днепровско-Бугском лимане турецкий флот уже не мог угрожать Херсону с его кораблестроительными верфями. Генерал-фельдмаршал Г.А. Потемкин решил усилить осаду крепости Очаков, самой мощной из всех, что имелись у Блистательной Порты в Северном Причерноморье.
Под вражескую крепость начинают сходиться главные силы русской армии. В соответствии с приказом главнокомандующего в поход выступают и два батальона бугских егерей. В биографии генерал-майора М.И. Голенищева-Кутузова открывается новая страница.
Осаждение Очакова основными силами Екатеринославской армии началось в первых числах июля 1788 года. К тому времени крепость держалась в осаде уже пять месяцев. Турки уверенно защищались, изредка делая дерзкие вылазки из-за крепостных стен. 1 июля положение Очаковского гарнизона впервые осложнилось: русская гребная флотилия Нассау-Зигена уничтожила турецкие суда, стоявшие под крепостными стенами.
Осаду Очакова потемкинская армия повела по классической схеме: осаждавшие приступили к рытью траншей и возведению батарейных позиций, постепенно приближая их к крепости. Русские батареи бомбардировали Очаков, стремясь подавить его многочисленную артиллерию и пробить бреши в крепостных стенах. Осадные работы ведись медленно, с большими трудами, каменистая почва поддавалась плохо. В земляных работах участвовали все войска, днем и ночью сменяя друг друга.
Генерал-фельдмаршал Г.А. Потемкин прибыл в осадный лагерь 16 июля. Познакомившись с ходом осады крепости Очаков, он поручил ее генерал-аншефу A.B. Суворову. Работы пошли быстрее. Обеспокоенные турки через десять дней днем предприняли сильную вылазку, напав на сторожевые пикеты бугских казаков на левом фланге.
Бой принял встречный характер и шел с переменным успехом. Сперва из крепости выехало 50 конных турок, за ними скрытно по лощине следовало до 500 пеших. Бугские казаки — 60 конных и до 100 пеших — под начальством полковника П.М. Скаржинского приняли рукопашный бой. Подоспевшие к месту схватки 93 стрелка Фанагорийского полка ружейным огнем помогли бугским казакам отбить нападение. Тогда из Очакова к месту схватки поспешили новые отряды осажденных, общим числом до 3000. Руководивший отражением вылазки Суворов ввел в бой новые батальоны. В конце концов туркам пришлось отступить в крепость.