Главный хирург Екатеринославской армии Массот (Массо), оказавший медицинскую помощь раненому генералу и, несомненно, лечивший его в полевом госпитале под Очаковом, так прокомментировал повторное, тяжелое ранение Михаила Илларионовича: «Должно полагать, что судьба назначает Кутузова к чему-нибудь великому, ибо он остался жив после двух ран, смертельных по всем правилам науки медицинской».
Узнав из потемкинского донесения о ранении давно примеченного ею военачальника, императрица Екатерина II уже 31 августа в письме Г.А. Потемкину запрашивала о его здоровье: «Отпиши, каков Кутузов и как он ранен, и от меня прикажи наведываться».
18 сентября государыня снова передает наказ генерал-фельдмаршалу Потемкину: «Пошли, пожалуй, от меня наведываться, какой генерал-майор Кутузов, я весьма жалею о его ранах».
Позднее, 7 ноября, императрица вновь справляется о нем у Потемкина: «…отпиши ко мне… каков генерал Кутузов».
Осада Очаковской крепости затягивалась. В ноябре «верные казаки» — запорожцы — взяли приступом с моря остров Березань, охранявший подступы к Очакову, пленив его гарнизон вместе с пашой. На артиллерийские обстрелы турецкие пушки отвечали огнем. С началом зимы сильные снегопады остановили активные боевые действия.
Русские солдаты и офицеры жили в землянках, шалашах и палатках. Начались массовые болезни, унесшие немало человеческих жизней. Лазареты были переполнены не столько ранеными, сколько больными. Недоставало хорошей питьевой воды. Еще хуже дело обстояло с топливом в безлесистой степи.
Генерал-фельдмаршал Потемкин не мог не видеть бедственное положение войск Екатеринославской армии, участвовавших в осаде Очакова. 1 декабря главнокомандующий подписал диспозицию штурма крепости. Она была составлена в соответствии с планом, разработанным генералом Иваном Ивановичем Меллером, находившимся «при Екатеринославской армии во управлении артиллериею и инженерною частию».
Согласно диспозиции штурм крепости должен вестись шестью колоннами, нападавшими с разных направлений. Для развития успеха выделялся сильный резерв. На военном совете 5 декабря были окончательно уточнены задачи штурмовых колонн.
Штурм Очаковской крепости начался на следующий день, 6 декабря, в семь часов утра. Турецкий гарнизон сопротивлялся отчаянно, но выдержать яростного натиска русских не смог. Крепость пала всего лишь через час с четвертью.
«Поздравляю Вас с крепостию, которую турки паче всего берегли, — писал Г.А. Потемкин-Таврический из поверженного Очакова императрице Екатерине II. — Дело столь славно и порядочно произошло, что едва на экзерциции бывает лучше. Гарнизон до двенадцати тысяч отборных людей — не меньше положено семи тысяч. Но в погребах и землянках побито много. Урон наш умеренный, только много перебито офицеров, которые шли с жадным усердием и мужеством…»
Считавшаяся неприступной Очаковская крепость далась победителям дорогой ценой. Потери русской армии составили более 2,5 тысячи убитыми и ранеными. Но еще большими оказались потери от болезней. Значительными были потери среди офицерских чинов — один генерал-майор, один бригадир и 147 офицеров.
Потери побежденных составили 9,5 тысячи убитыми и 4000 пленными. В Очаковской крепости русская армия взяла огромные трофеи — 310 пушек, 180 знамен и личное оружие многотысячного гарнизона.
В приступе отличились егеря Бугского корпуса. Его батальоны совместно с батальоном Астраханского гренадерского полка и 300 рабочими того же полка составили при атаке Очакова 4-ю штурмовую колонну и с честью выполнили поставленную перед ними задачу. Генерал-майор и кавалер М.И. Голенищев-Кутузов был награжден за взятие Очакова орденом Святой Анны сразу высшей, 1-й степени.
Тяжелое ранение не оказалось, как ожидали врачи и сослуживцы, смертельным. Более того, его излечение наступило значительно раньше, чем при Шумне в 1774 году. Прошло менее полугода, как М.И. Голенищев-Кутузов вновь вернулся в армейский строй.
От генерал-фельдмаршала Г.А. Потемкина в январе 1789 года следует предложение вступить в командование войсками «по Бугу и польской границе расположенными». Генерал, уже трижды орденоносец, получил в подчинение немалые силы: свой Бугский егерский корпус, Екатеринославский егерский корпус, Екатеринославский гренадерский полк, Александрийский и Херсонский легкоконные полки, Ольвиопольский и Воронежский гусарские полки.
Новое назначение утвердило положение Михаила Иллариновича как военачальника русской армии. Теперь в его командовании состояли два егерских корпуса из шести, входивших в состав Екатеринославской армии (Бугского, Таврического, Кубанского, Кавказского, Екатеринославского и Лифляндского). Помимо того, с 1788 года генерал-майор М.И. Голенищев-Кутузов являлся шефом корпуса бугских егерей.