Подчиненные Кутузову войска не участвовали непосредственно в боевых действиях. Им предписывалось расположиться на зимних квартирах и, отдохнув, «всевозможно стараться исправить недостатки… и притом недремлющим оком смотреть на спокойствие на границе, не упуская из виду и польских обстоятельств». Штаб кутузовской группировки войск расположился в Елисаветграде.
Вскоре в Елисаветград приехала Екатерина Ильинична с дочерьми, стремившаяся по возможности быть рядом с мужем или хотя бы неподалеку от него. Их совместное пребывание продолжалось совсем недолго, до мая.
Отдохнувшие после очаковских невзгод войска выступают к Ольвиополю для охраны границы между Днестром и Бугом. Помимо этого, в их обязанности входит совершение глубоких рейдов на неприятельскую территорию, конвоирование «транспортов пленных турок, из-за Днестра ведущихся». Казачьи полки постоянно «чинили поиск» в направлении крепости Бендеры.
Все же в военной кампании 1789 года кутузовским войскам пришлось не раз участвовать в боевых действиях. 19 июня отправленные к Вендорам партии от казачьих полков — донцов Исаева, бугцев Скаржинского и черноморцев Чепеги — были атакованы в 15 верстах от крепости крупным отрядом сипа-хов — тяжеловооруженных конных турок численностью до 3000 человек. Передовые отряды казаков пришлось подкрепить остальными силами полков. Завязался ожесточенный конный бой.
В рапорте М.И. Голенищева-Кутузова на имя главнокомандующего говорилось: «Сражение было упорное и продолжалось до пяти часов. Неприятель был совершенно разбит и прогнан до самой крепости с великим уроном. Победителям достались два знамени и до пятидесяти пленных».
Более серьезной оказалась операция по разгрому в Каушанах 13 сентября войска трехбунчужного Сингли-паши. Для рейда через Днестр был сформирован «летучий корпус» под командованием П.С. Потемкина, родственника главнокомандующего. Бугский егерский корпус ввели в состав войск, участвовавших в походе на Каушаны. В этом деле генерал-майор М.И. Голенищев-Кутузов командовал передовой конницей «летучего корпуса».
Операция прошла успешно. «Летучий корпус» П.С. Потемкина разгромил стоявшие в Каушанах турецкие войска, а передовая конница под командованием М.И. Кутузова в решающий момент боя поддержала казаков и совместно с ними опрокинула и истребила атаковавших османов. Султанский паша попал в плен.
Несколько позднее войска под командованием генерал-майора М.И. Голенищева-Кутузова участвовали во взятии турецких крепостей Бендеры и Аккерман. Овладение последней произошло «без пролития крови». Кутузовские войска содействовали взятию штурмом также замка Хаджибей, располагавшегося на месте современной Одессы.
1789 год завершился блестящими победами, одержанными над турецкой армией русско-австрийскими войсками под командованием генерал-аншефа A.B. Суворова под Фокшанами и на реке Рымник. Казалось, мир близок и Стамбул пойдет на него, признав свое очередное поражение в войне против Российской империи. Начались переговоры, начатые с верховным визирем в начале 1790 года.
Они закончились безрезультатно: турки надеялись на мощь своих придунайских крепостей и прежде всего на «орду-колеси» (армейскую крепость) Измаил. Мобилизационные возможности Оттоманской Порты были еще велики, к тому же она по-прежнему обладала многочисленным военным флотом. В сентябре 1790 года боевые действия возобновились.
Еще задолго до их начала генерал-майор М.И. Голенищев-Кутузов получил приказание, оставив Бугский егерский корпус в готовности к выступлению, прибыть в крепость Аккерман и «принять там команду». Главнокомандующий поручает ему организацию активной разведки в области, прилегающей к Дунайскому устью.
Кутузов берется за привычное для него дело энергично, поставив армейскую разведку «на широкую ногу». «Разведывательные партии» направляются к Килии, Татар-Бурану, Соленым озерам и Измаилу. Казачьи разъезды ведут наблюдение от устья Днестровского лимана вдоль всего морского побережья. Анализируются сведения, поступившие от «разведывательных партий», постов пограничной стражи, от местных жителей и пленных.
Полнота и достоверность информации о противнике, передаваемой генерал-майором М.И. Голенищевым-Кутузовым, удивляла командование. Доклады отправлялись летучей почтой в два адреса: главнокомандующему Екатеринославской армией и командующему левым флангом армии генерал-аншефу И.И. Меллер-Закомельскому. Наиболее ценными были сведения о положении дел в крепостях Измаил и Килия, о составе и перемещениях турецкого флота, его готовности действовать в море, вражеской Дунайской речной флотилии.