Как уже говорилось, для постройки первых Ла-5 использовались планеры ЛаГГ-3, преимущественно 35 серии. Поэтому новые самолеты сохранили используемый 21-м заводом камуфляж своих предшественников, хорошо стандартизированный в то время. Фюзеляж, центроплан и консоли крыла поставлялись на сборку уже окрашенными, и после их соединения оставалось только покрасить металлические зализы между крылом и фюзеляжем и панели капота. Окраска самолетов соответствовала действовавшему тогда приказу НКАП № 417сс от 6 мая 1941 года, в свою очередь базировавшегося на директиве ГКО № 5Зсс от 29 апреля 1941 года, требовавшей, начиная с 1 октября 1941 года, покрывать верхние поверхности пятнами зеленого АМТ-4 (АМТ — аэролак матовый тальковый) и черного АМТ-6 цветов. Нижние поверхности полагалось окрашивать голубым АМТ-7. Лаки серии АМТ представляли собой блестящую нитрокраску A II с добавлением талька и стеарата цинка. Краски наносились на зачищенную поверхность, не имевшую никакой грунтовки (от использования алюминиевой грунтовки отказались еще в ходе выпуска ЛаГГ-3 в августе 1941 года). На заводе № 21 камуфляж наносился следующим образом: сначала верхние поверхности с помощью пульверизаторов полностью покрывались одним слоем зеленого АМТ-4, после чего с помощью трафаретов на него наносился один слой черного АМТ-6. Естественно, толщина слоя влияла на окончательный оттенок камуфляжа. Если черный цвет наносился тонким слоем, то он приобретал зеленовато-черный или даже темно-зеленый оттенок. Некоторые источники утверждают, что черный цвет заранее смешивался с зеленым АМТ-4, чтобы уменьшить контраст между ними. Нижние поверхности самолета покрывались двумя слоями голубого АМТ-7. Внутренние поверхности сначала красились в цвет алюминия, а позднее серым цветом А-14.
На заводе-изготовителе также наносились знаки национальной принадлежности — пятиконечные звезды (сначала с черной окантовкой, а затем без нее), располагавшиеся в шести позициях: на нижней поверхности крыла, по бортам фюзеляжа и на вертикальном оперении. Позади звезд на фюзеляже наносились номера, как правило, представлявшие собой две последние цифры серийного номера (как редкое исключение иногда использовали последние три или даже одну цифру). Номера наносились красивым «рукописным» шрифтом через трафареты. Самолеты, на которых можно наблюдать нестандартное изображение номера, в большинстве случаев были перекрашены в действующих частях. Стандартным было нанесение серийного номера машины над горизонтальной стороной лучей звезды на вертикальном оперении. Технические надписи наносились на самолет белым или желтым цветом: на крышке аккумуляторного отсека — «зарядка аккумулятора 24 вольта», у штуцера зарядки сжатым воздухом — «зарядка воздухом — 150», а на триммерах — «не трогать». На створках основных стоек шасси была надпись «не становиться» (или «не вставать») красного цвета. Зимой 1942–43 годов верхние поверхности некоторых Ла-5 были в заводских условиях и покрыты белым камуфляжем, наносившимся весьма качественно и не стиравшимся так же легко, как применявшаяся в действующих частях краска МК-7 на основе казеина. Последняя имела плохую адгезию (очевидно, из-за ее нанесения при низких температурах) и очень быстро изнашивалась, о чем свидетельствуют фотографии того времени. Однако, подавляющее большинство Ла-5 во время зимы летало в стандартном камуфляже, несмотря на то, что он был хорошо заметен на фоне белого снега.
Уже зимой 1942–43 годов черно-зеленый камуфляж подвергся критике представителями ВВС как обладающий недостаточным маскирующим эффектом. Еще до этого под руководством ВИАМ (Всесоюзный Институт Авиационных Материалов) были начаты крупномасштабные исследования по разработке новых схем камуфляжа, обладающих высоким маскирующим эффектом как в воздухе, так и на земле. Опыты показали, что наиболее эффективен трехцветный камуфляж верхних поверхностей, состоящий из пятен зеленого, черного и светло-коричневого (АМТ-1) цветов. Преимущества этой схемы, к сожалению, сводились на нет практическими проблемами, особенно нехваткой пигментов для зеленой краски. Кроме того, еще одной причиной отказа от трехцветной схемы камуфляжа стала повышенная трудоемкость ее нанесения.