Тем не менее, цвета камуфляжа соответствовали приказу от 3 июля 1943 года: верхние поверхности были окрашены АМТ-11 и АМТ-12, а нижние — АМТ-7. С течением времени некоторые Ла-5 получили индивидуальные черты окраски: передние части коков винтов отделялись темной, вероятно, красной полосой и окрашивались в голубой (или темно-серый АМТ-12) цвет или оставались цвета полированного металла. Основание кока винта у Ла-5ФН б/н 12, 23, 37, 39 и 58 было окрашено в светло-серый цвет (АМТ-11), а у машин с б/н 19, 65, а затем и 12, 23 было покрашено в белый. Ла-5ФН б/н 24 (а позднее и б/н 02) получил кок винта красного цвета.
В начале ноября 1944 года к семи уцелевшим после боев в Словакии истребителям полка добавилась еще 31 машина. Последние были переданы 41 ГИАП, проходившим в то время перевооружение на Ла-7. В дальнейшем полк получал еще истребители, в том числе 28 апреля 1945 года восемь Ла-7. Несколько Ла-5ФН были переданы 2 истребительному полку во время его формирования в рамках 1-й смешанной авиадивизии. В общем в двух чехословацких истребительных полках несли службу Ла-5ФН с 18 по 36 серии, выпускавшиеся на протяжении года (считая с последних месяцев 1943 года). Хорошо была заметна разница в размерах знаков национальной принадлежности — звезды на Ла-5ФН позднего выпуска были меньше, чем у ранее построенных машин.
Изображения звезд на коках винтов можно увидеть на фотографиях как минимум трех истребителей, принимавших участие в параде в Поремба 26 апреля 1945 года, есть также снимки машин с изображениями различных спиралей. Если звезды, во всей видимости, достались от бывших советских «владельцев» самолетов, то спирали были скорее всего собственной «модой» полка (по крайней мере на Ла-5ФН с/н 39213453).
В июне 1945 года, когда 1-й чехословацкий отдельный истребительный полк еще входил в состав советских ВВС, для маркировки самолетов его эскадрилий использовалась окраска коков воздушных винтов. У машин 1-ой эскадрильи основание кока было цвета полированного металла, а остальная часть красилась в красный цвет, а у 2-ой эскадрильи коки винтов были светлые (очевидно, белые). Коки винтов самолетов 2-го чехословацкого истребительного полка в то время несли цвета национального флага, а с обоих бортов на панелях капота изображались молнии различного цвета. После официальной передачи дивизии и ее матчасти чехословацкой стороне, состоявшейся 7 августа 1945 года, советские звезды на Ла-5ФН и Ла-5УТИ были закрашены (обычно краской АМТ-11, в изобилии имевшейся в подразделениях). Вместо них нанесли чехословацкие знаки национальной принадлежности в шести позициях: на верхней и нижней поверхностях крыла и с обеих сторон вертикального оперения. Обычно чехословацкие кокарды имели белую окантовку.
Окраска была выполнена не очень качественно и из-под нее довольно быстро начали проступать советские звезды. Тем не менее самолеты лишь слегка подкрашивали вплоть до 1 января 1946 года, когда вышел приказ 157 Taj.let.1946 «Маркировка самолетов», действовавший до 1951 года, т. е. на всем протяжении службы Ла-5 в Чехословакии.