В начале существования Консулата Бонапарт назначил Лапласа министром внутренних дел. На этой должности он ведал транспортом, торговлей, промышленностью, здравоохранением и народным образованием. Под одним из писем, которые дошли до нас, Лаплас подписался: «министр наук и искусств» — как если бы его новая должность была исполнительной ветвью Института Франции. Среди мер, осуществленных им на посту министра, особого упоминания заслуживает предоставление щедрой пенсии вдове Байи. Лаплас на этой должности начал реорганизацию Нормальной школы и с удвоенной страстью приступил к внедрению метрической системы. Он издал декрет от 17 фримера VIII года (10 декабря 1799 года), в котором официально утверждал эталоны длины и веса из платины и призывал к использованию новых единиц. Однако Лаплас вынужден будет отступить и смириться с переименованием единиц измерения, чтобы народ не пугался незнакомых названий: так, дециметр стал ладонью, сантиметр — шириной пальца, а миллиметр — толщиной линии.
Лаплас успокоил своих коллег-академиков, сказав им, что этот возврат к прошлому формален, но, как мы уже увидели, это было не единственное отступление. Новая система будет введена еще очень нескоро.
На своем посту Лаплас оставался всего лишь шесть недель и был смещен 25 декабря 1799 года. Бонапарт решил заменить ученого своим братом Люсьеном. Он изначально хотел назначить его на эту должность, но побоялся обвинений в семейственности и кумовстве. Годы спустя, уже на острове Святой Елены, бывший император так опишет работу Лапласа в своих воспоминаниях:
Чтобы лучше понять моральное состояние Наполеона, писавшего эти строки, вспомним, что ученый поддержал реставрацию монархии после падения Империи. Но даже если отбросить все обиды, администраторская деятельность Лапласа действительно вызывала много вопросов, при этом его увольнение больше было похоже на повышение: он сразу же получил другую должность, которая ему больше соответствовала. Наполеон назначил его сенатором, как Лагранжа, Монжа и Бертолле. Впоследствии Лаплас стал президентом и канцлером Сената. Ученый шел во главе коронационной процессии в 1804 году, а затем обратился к Наполеону со словами, полными восхищения:
В 1805 году Лаплас получил самый высокий знак отличия — орден Почетного Легиона. «Я вам клянусь, вы, ученые, должны быть счастливы стать знаменитыми, не проливая кровь!» — воскликнул Наполеон. Немного позже математик стал членом императорской аристократии: в 1806 году император пожаловал ему титул графа империи, как Лагранжу, Монжу и Карно. Почести получили и другие математики, такие как Фурье и Лежандр, ставшие соответственно бароном и кавалером. Уважение Наполеона к математикам было очень велико: шестеро самых выдающихся ученых эпохи входили в состав дворянства империи.