Но борьба с Германией не на жизнь, а на смерть требовала концентрации всех карательных и контрразведывательных органов в одних руках. И уже 20 июля 1941 года НКГБ и Особые отделы вернулись в состав НКВД. Вот когда весной 1943 года, после Сталинграда, исход войны уже определился, Иосиф Виссарионович вернулся к схеме первой половины 1941 года и вернул особые отделы, переименованные в военную контрразведку «Смерш» («Смерть шпионам»), в состав Наркомата обороны, который сам же и возглавлял. Во главе Управления особых отделов, а потом «Смерша» стоял вполне бесцветный и не отмеченный никакими заметными талантами В. С. Абакумов, что Сталина до поры до времени вполне устраивало. Виктор Семенович выдвинулся при Берии благодаря элементарному подхалимажу. Когда Лаврентий Павлович вскоре после своего назначения на пост наркома выступал на собрании сотрудников центрального аппарата, Абакумов подсуетился и установил на сцене портрет нового шефа. Берия заметил расторопного чекиста и назначил его главой УНКВД Ростовской области. Позднее Абакумов стал заместителем наркома внутренних дел, а в июле 41-го возглавил Управление особых отделов. В дальнейшем он был приближен Сталиным и после войны стал уже соперником Берии в борьбе за контроль над органами госбезопасности.
Великая Отечественная: на фронте, на Лубянке и на Урале
С началом Великой Отечественной войны Берия был назначен членом Государственного Комитета Обороны, а с 16 мая 1944 года стал заместителем председателя ГКО. Лаврентий Павлович курировал оборонную промышленность. 30 сентября 1943 года за успехи в области производства вооружения и боеприпасов ему было присвоено звание Героя Социалистического Труда. Энергия Берии немало способствовала тому, что Красная армия имела в избытке танки и самолёты, мины и снаряды.
В первые месяцы войны Лаврентию Павловичу пришлось также заниматься дипломатией, что 22 года спустя на следствии ему поставили в вину, инкриминировав попытку сговора с Гитлером. 7 августа 1953 года бывший руководитель операции по убийству Троцкого П. А. Судоплатов писал из тюрьмы в Совет Министров СССР: «…Примерно числа 25–27 июня 1941 года, я был вызван в служебный кабинет бывшего тогда Народного Комиссара Внутренних Дел СССР Берия.
Берия сказал мне, что есть решение Советского правительства, согласно которому необходимо неофициальным путём выяснить, на каких условиях Германия согласится прекратить войну против СССР и приостановить наступление немецко-фашистских войск. Берия объяснил мне, что это решение Советского правительства имеет целью создать условия, позволяющие Советскому правительству сманеврировать и выиграть время для собирания сил. В этой связи Берия приказал мне встретиться с болгарским послом в СССР Стаменовым, который, по сведениям НКВД СССР, имел связи с немцами и был им хорошо известен.
Берия приказал мне поставить в беседе со Стаменовым четыре вопроса. Вопросы эти Берия перечислял, глядя в свою записную книжку, и они сводились к следующему:
Почему Германия, нарушив пакт о ненападении, начала войну против СССР;
Что Германию устроило бы, на каких условиях Германия согласна прекратить войну, что нужно для прекращения войны;
Устроит ли немцев передача Германии таких советских земель, как Прибалтика, Украина, Бессарабия, Буковина, Карельский перешеек;
Если нет, то на какие территории Германия дополнительно претендует.
Берия приказал мне, чтобы разговор со Стаменовым я вёл не от имени Советского правительства, а поставил эти вопросы в процессе беседы на тему о создавшейся военной и политической обстановке и выяснил также мнение Стаменова по существу этих четырёх вопросов…
Берия… строжайше предупредил меня, что об этом поручении Советского правительства я нигде, никому и никогда не должен говорить, иначе я и моя семья будут уничтожены. Берия дал указание проследить по линии дешифровальной службы, в каком виде Стаменов пошлёт сообщение по этим вопросам за границу.
Со Стаменовым у меня была договорённость, позволявшая вызвать его на встречу. На другой день, в соответствии с полученными от Берия указаниями, я позвонил в болгарское посольство, попросил к аппарату Стаменова и условился с ним о встрече у зала Чайковского на площади Маяковского. Встретив Стаменова, я пригласил его в машину и увёз в ресторан «Арагви».
В «Арагви», как это было предусмотрено инструкциями Берия, состоялся мой разговор со Стаменовым. Разговор начался по существу создавшейся к тому времени военной и политической обстановки. Я расспрашивал Стаменова об отношении болгар к вторжению немцев в СССР, о возможной позиции в этой связи Франции, Англии и США и в процессе беседы, когда мы коснулись темы вероломного нарушения немцами пакта о ненападении… я поставил перед Стаменовым указанные выше четыре вопроса.