В августе 1940 года Берия преподнёс Сталину большой подарок – организовал убийство его злейшего врага Троцкого. А к крупному провалу советской разведки, не сумевшей узнать о плане германского нападения на СССР, Лаврентий Павлович, строго говоря, прямого отношения не имел. С января 1941 года разведка была передана в ведение нового Наркомата государственной безопасности СССР, который возглавил В. Н. Меркулов. Тогда же, 30 января 1941 года, Берии было присвоено звание генерального комиссара госбезопасности, эквивалентное маршальскому званию в армии, а с февраля 41-го он стал заместителем председателя Совнаркома, курирующим органы безопасности и военную промышленность.
5 марта 1940 года Политбюро приняло решение о расстреле пленных польских офицеров и интернированных гражданских лиц польской национальности из числа интеллигенции и имущих классов – почти 22 тысячи человек, в том числе более 14,5 тыс. офицеров. В апреле и первой половине мая его осуществили органы НКВД. По утверждению Серго Берии, его отец на заседании Политбюро выступил против казни поляков: «Свою позицию… он объяснял так: «Война неизбежна. Польский офицерский корпус – потенциальный союзник в борьбе с Гитлером. Так или иначе, мы войдём в Польшу, и конечно же польская армия должна оказаться в будущей войне на нашей стороне». Реакцию партийной верхушки предположить нетрудно – отец за строптивость едва не лишился должности… Но и это не заставило отца подписать смертный приговор польским офицерам».
На решении о расстреле поляков подписи Берии нет – он был лишь кандидатом в члены Политбюро и не имел права решающего голоса. Предложение НКВД о расстреле поляков Лаврентием Павловичем подписано, но это все равно, как заявление о приеме на работу. Вопрос о приеме решают до того, как пишут заявление. Однако такое предложение наверняка оформлялось задним числом, уже после того, как Сталин принял принципиальное решение. Невозможно представить себе, чтобы Берия уговаривал Сталина: «Иосиф, давай расстреляем этих проклятых поляков!» А Сталин бы отнекивался: «Нет, Лаврентий, еще не время». Вопрос решал Сталин, а не Берия.
На постановлении от 5 марта 1940 года стоят подписи членов Политбюро, но есть одно примечательное исправление: в составе тройки, которая должна была проштамповать смертные приговоры полякам, первоначально стоявшая в машинописном тексте фамилия Берии вычеркнута и чернилами вписана фамилия Б. З. Кобулова. Решение о расстреле было сначала принято руководящей четвёркой в составе Сталина, Ворошилова, Молотова и Микояна, чьи подписи стоят на документе. Отсутствующих Калинина и Кагановича опросили потом по телефону, и они тоже высказались «за». Не стал бы сам Лаврентий Павлович предлагать самого себя в состав тройки, чтобы потом самого же себя и вычёркивать. Вероятнее всего, текст предложения о применении к полякам высшей меры печатали не сотрудники Берии, а секретарь Сталина А. Н. Поскребышев. Думаю, что Берия действительно был против казни поляков и мог попросить Сталина, чтобы его имя было вычеркнуто из числа тех, от лица которых формально будут вынесены смертные приговоры. Принимая во внимание относительный либерализм Берии в бытность его во главе Грузинского ГПУ и его послевоенную позицию относительно объединения Германии в единое буржуазно-демократическое государство, рассказ Серго о возражениях отца против расстрела поляков представляется вполне правдоподобным.
Какая причина заставила Сталина внезапно отказаться от плана депортации польских офицеров в Сибирь и на Дальний Восток и отдать предпочтение «жесткому варианту» – их скорейшему уничтожению? Судя по ряду признаков, Иосиф Виссарионович еще летом 1940 года планировал напасть на Германию. Тогда Англия и польское правительство в изгнании, располагавшееся в Лондоне, становились союзниками СССР. Польских офицеров пришлось бы освобождать из лагерей и передавать в распоряжение польского правительства в Лондоне для формирования новой польской армии. Однако подавляющее большинство этих офицеров не питало симпатий ни к Советскому Союзу, ни к коммунизму. Оказавшаяся под их командованием армия была бы лояльна лондонскому правительству, а не Сталину. Сталину же нужна была послушная Польша под контролем полностью зависимого от СССР коммунистического правительства. Поэтому он решил пленных офицеров тайно казнить.