Дальнейшая его деятельность (Макаров вернулся в Россию в начале 1896 г.) сосредоточилась всецело на подготовке к этому столкновению. Летом 1896 г. он производится в вице-адмиралы; командуя практической эскадрой Балтийского моря, Макаров деятельно берется за осуществление тех вопросов, насущность которых для флота наглядно выяснилась для него в 1895 г. Результатом сознания, что у нас нет морской тактики, была разработка тактических приемов, напечатанная в 1897 г. в «Морском сборнике» под названием «Рассуждения по вопросам морской тактики», – труд, переведенный на несколько иностранных языков, оцененный по справедливости только теперь, когда минувшая война убедила нас в невозможности пренебрегать военным делом. Труд этот вышел с эпиграфом, который стал для Макарова девизом жизни: «помни войну». Он представляет и по сейчас чрезвычайную ценность. Вслед за ним появилась работа: «Об однообразии в судовом составе флота», с тем же девизом. Идеал, к которому следует стремиться на флоте, есть полная взаимозаменяемость всего. «Такой взаимозаменяемости, по моему мнению, – говорит Макаров, – можно достигнуть, если не вполне, то в значительной степени». Виновниками разнообразия в типах адмирал признает самих моряков: они «выпустили из рук общие идеи и сами ушли, вместе с техниками, исключительно в область деталей». Проповедуя свои мысли и взгляды о грядущем столкновении в печати, Макаров высказывал их и в административных учреждениях, в которых ему приходилось работать как члену комиссии по обсуждению судостроительной программы и вооружению крепостей. В первой из комиссий он, наперекор всем членам (7 адмиралам), высказал, что, по его мнению, «чтобы решить, какого типа и сколько судов необходимо нам иметь на Дальнем Востоке, надо составить и разобрать план действий или даже несколько планов. Без разбора таких планов наши суждения лишены достаточно веского фундамента». Предложение Макарова не было поддержано, может быть, потому, что, как теперь известно, в министерстве не было никакого плана войны с Японией; по-видимому, один только Макаров сознавал ненормальность такого положения. В комиссии по вооружению крепостей Макаров особенно настаивал на должном вооружении Порт-Артура. Доказывая важное значение этой крепости для нашего флота, Макаров писал в поданной им докладной записке: «Падение Порт-Артура будет страшным ударом для нашего положения на Дальнем Востоке. Флот, лишившись своего главного опорного пункта, должен будет стянуться весь к Владивостоку и почти отказаться от активной роли. Чтобы этого не случилось, Порт-Артур должен быть сделан неприступным и снабжен провизией, порохом и углем в таком количестве, чтобы выдержать продолжительную осаду, пока не прибудет подкрепление».
В конце 90-х годов Макаров поднимает новое дело, мечтает открыть Северный полюс, и результатом его энергии является ледокол «Ермак», на котором Макаров 2 раза ходил в Северный Ледовитый океан.
В декабре 1899 г. Макаров занимает свой последний пост перед войной – главного командирa Кронштадского порта, и на этом месте проявляет ту же «осмысленность», которой проникнута вся его служба; все силы его направлены на улучшение положения, как материального, так и духовного, вверенных его управлению людей: для матросов устраиваются казармы, бани, прачечные, открываются школы; улучшается положение рабочих, им устраиваются отпуски, возбуждается вопрос о пенсиях; для офицеров организуются в Собрании сообщения, после которых устраиваются прения под председательством самого Макарова.
Не забывает в то же время Макаров и литературной работы: отстаивая свою мысль о безбронных судах, он предлагает прежде всего «всякое военное судно строить для войны и боя». В начатой работе «Без парусов», с тем же эпиграфом «помни войну», изложены последние заветы адмирала. «Нужно больше держать корабли в море, – пишет он, – на судне все чины – строевые, нестроевых нет; надо приохотить к морю, поощрив ученые работы, съемки, промеры и морской спорт; нужно беречь уголь, в военное время уголь – это жизнь; в море – значит дома».
Посреди своих обширных трудов Макаров все время помнил о надвигавшейся грозе и всеми силами стремился на Дальний Восток. «Меня не пошлют, – писал он осенью 1903 г. своему другу, барону Ф. Ф. Врангелю, – пока не случится там несчастья; а наше положение там крайне невыгодно». И на этот раз Макаров оказался прав: его не послали.