Наступил 1904 г. 24 января последовал разрыв дипломатических отношений, 25-го об этом было опубликовано в газетах, а на другой день Степан Осипович не выдержал и написал управляющему морским министерством адмиралу Авелану письмо, в котором предсказал катастрофу с эскадрой Тихого океана. Вот что писал Макаров: «Милостивый государь, Федор Карлович! Из разговоров с людьми, вернувшимися недавно с Дальнего Востока, я понял, что флот предполагают держать не во внутреннем бассейне Порт-Артура, а на наружном рейде. Пребывание судов на открытом рейде даст неприятелю возможность производить ночные атаки. Никакая бдительность не может воспрепятствовать энергичному неприятелю и в ночное время обрушиться на флот с большим числом миноносцев и даже паровых катеров. Результат такой атаки будет для нас очень тяжел, ибо сетевое заграждение не прикрывает всего борта, и, кроме того, у многих, наших судов совсем нет сетей… Японцы не пропустят такого бесподобного случая нанести нам вред. Я даже думаю, что надежда ослабить наш флот ночными атаками была одной из причин объявления войны. Будь у нас в Порт-Артуре большой внутренний рейд, из которого эскадра может выходить во всякую минуту, японцы не так легко решились бы на объявление войны… По-видимому, существуют 3 причины, по которым не хотят держать наш флот во внутреннем бассейне: 1) теснота самого бассейна; 2) невозможность выйти целой эскадрой сразу; 3) возможность, потопив судно, преградить выход. Как бы ни было тесно в Порт-Артуре, все же корабли можно швартовить и затем, путем практических упражнений, приучиться к скорому выходу. Полагаю, что при навыке, когда погода благоприятная, большие корабли будут выходить не позже, чем 20 минут один после другого, и не вижу опасности выходить по отдельности. Говорят, что неприятельский флот может подойти к выходу и будет уничтожать корабли по мере выхода их. Этого я себе представить никак не могу, ибо неприятель в это время будет находиться под огнем береговых батарей. Каждый новый корабль, выходя, усилит огонь этих последних. Что касается возможности заградить выход нашему флоту, потопив при выходе какой-нибудь пароход, наподобие тому, как сделали американцы в Сант-Яго, то такая операция не столь легко исполнима, и, кроме того, Порт-Артур богат землечерпательными приспособлениями; следовательно, если не удастся в скором времени поднять или разорвать утопленный корабль, то можно прокопать проход вдоль него. Вполне понимаю, что пребывание флота на внутреннем рейде Порт-Артура есть зло, но еще большее зло – стоянка на большом рейде, с огромным расходом угля, с крайним утомлением команд и возможностью больших потерь от минных атак неприятеля… Из двух зол надо выбирать меньшее, а потому я бы считал, что благоразумие требует держать не занятые операциями суда флота во внутреннем бассейне Порт-Артура, уменьшив расход угля до минимума прекращением электрического освещения и другими мерами… Если мы не поставим теперь же во внутренний бассейн флот, то мы принуждены будем это сделать после первой ночной атаки, заплатив дорого за ошибку». В действительности в Порт-Артуре все сбылось так, как предполагал Макаров, и ему пришлось своей кровью искупить те ошибки, которые он тщетно пытался предотвратить из Кронштадта.
1 февраля Макаров узнал о своем назначении командующим флотом Тихого океана, а через 3 дня он уже покинул Санкт-Петербург; с ним ехал штаб, который и помогал ему в пути в разработке боевых инструкций. В Порт-Артур Макаров прибыл 24 февраля и, ознакомившись с положением эскадры, начал действовать; приказ его (боевое сигналопроизводство, инструкции для боя, перекидной стрельбы, для быстрой разводки пара) читались и перечитывались офицерами; но сильнее всего действовал личный пример адмирала, входившего во все мелочи, но не забывавшего и главного – воспитания в личном составе флота утраченных военных идей и веры в свое оружие. После ознакомления эскадры с требованиями адмирала началось обучение эволюциям и т. п.; наконец, Макаров обратился к личному составу с предложением помочь ему своими мыслями: вероятно, вспоминая свои юные годы, он предлагал всем чинам эскадры проявить личную инициативу. При Макарове командиры судов впервые собираются на совещания, адмирал разбирает с ними выходы эскадры, указывает сделанные ошибки, разъясняет свои требования, посвящает в свои планы, словом, старается передать им часть самого себя, заразить их своей энергией и взглядами. Не останавливается Макаров и перед сменой неподходящих командиров (например, командиров «Севастополя» и нескольких миноносцев).
Но и здесь Макарову приходится бороться с упорным противодействием Санкт-Петербурга. Так, морское министерство не хотело печатать его книги «Рассуждения по вопросам морской тактики», отказало в высылке миноносцев по железной дороге, отозвало отряд адмирала Вирениуса обратно; так же неприязненно относился к Макарову и адмирал Алексеев, видевший в реформах нового командующего критику строя, сложившегося на эскадре при нем.