Лейтенант 13-го флотского экипажа Опацкий, тоже бывший на борту линкора накануне выхода в море, подтвердил, что все орудия на корабле были закреплены по-походному и не могли сорваться на качке и повредить борт. О том же заявили и гребцы катера контр-адмирала Нордмана, которые, сдавая катер для перевозки на «Лефорт», также видели все орудия хорошо закрепленными. Совпадали показания и других свидетелей, включая и вице-адмирала Митькова, который утверждал, что «капитан 1-го ранга Кишкин относительно неисправностей и недостатков по парусному вооружению, снабжению и состоянию корабля ему не объявил».
Однако командиры «Владимира» и «Императрицы Александры» капитаны 1-го ранга Перелешин и Изыльметьев заявили, что вся эскадра была весьма плохо снабжена материалами по части парусного вооружения: такелаж, пришедший почти в полную негодность, не был заменен новым.
Капитан корпуса флотских штурманов Кузнецов доложил, что корабль «Лефорт» по загрузке был идентичен кораблю «Императрица Александра», а потому он предполагает, что «Лефорт» опрокинуло не напором ветра, а вследствие того, что внутрь его корпуса при каких-то особых обстоятельствах влилась вода.
Особенно много внимания уделила комиссия вопросу загрузки «Лефорта». Однако кроме общих цифр о наличии 22 тысяч пудов балласта и заполненных 50 из 189 водяных цистерн, ничего установить в точности не удалось. Ведь свидетелей не осталось!
Небезынтересно, что командиры как «Владимира», так и «Императрицы Александры» показали, что во время шквала их кораблям тоже пришлось нелегко. У «Императрицы Александры» крен достигал двадцати градусов, через порты в палубы начала поступать вода, помпы не справлялись, и в трюме прибыль воды достигала 12 дюймов в час. Только после того, как корабль повернул на фордевинд, поступление ее стало уменьшаться. При этом капитан 1-го ранга Изыльметьев отметил, что раньше на корабле такого поступления воды никогда не было.
Отыскали следователи строительный и походный формуляры погибшего «Лефорта». Оба эти документа были изучены с большим вниманием. Согласно им, «Лефорт» был построен в Новом Адмиралтействе в Санкт-Петербурге из лиственницы и спущен на воду 25 июня 1835 года Успешно проплавал на Балтике не одну кампанию. В 1852 году был капитально перетимберован (то есть отремонтирован с заменой всей деревянной обшивки) сосною с частью дуба и лиственницы и выведен из дока 6 октября того же года Подводная часть линейного корабля имела усиленное медное скрепление, а надводная часть — железное. В том же 1852 году вся подводная часть корабля была дополнительно обшита медью. В походном формуляре отмечено, что линкор слушается руля хорошо, рыскливости имеет очень мало, весьма остойчив. При свежем риф-марсельном (верхнем) ветре под парусами крен достигает десяти градусов. В кампанию 1856 года «Лефорт» занимался вполне мирным делом; перевозил лес из Свеаборга в Ревель. Однако, как удалось установить, груз располагался в трюме нерационально, и грузилось его слишком много. Была в формуляре и весьма многозначительная запись о том, что после окончания кампании 1856 года командир «Лефорта» находил необходимым выконопатить весь корабль, так как всюду протекает вода. Это было вполне объяснимо, так как груз леса своей тяжестью (вдвое превышающей вес корабельной артиллерии) вполне мог сильно подействовать на связи корабля, в особенности в его подводной части, и стать причиной возникновения течи при первом же свежем ветре. Ветер 10 сентября 1857 года оказался первым свежем ветром, встреченным «Лефортом» со времени перевозки леса.
На этом основании следователи обратились за разъяснениями к главному командиру Ревельского порта, и тот с бумагами в руках доложил, что все требования командира «Лефорта» перед началом кампании 1857 года были выполнены, и у капитана 1-го ранга Кишкина никаких претензий к порту не имелось.
Далее было определено, что все действия командира во время выхода из гавани и во время плавания (заблаговременное уменьшение парусов, репетование сигналов, своевременные ответы на них, точное удержание своего места в строю и так далее) свидетельствуют, что на «Лефорте» поддерживался должный порядок. Кроме этого все сходились на том, что, учитывая осадку «Лефорта» перед его последним выходом в море, количество находившегося на корабле балласта, груза и налитых водой цистерн однозначно говорит, что он имел достаточную остойчивость и никоим образом не мог быть опрокинут одной лишь силой ветра.
При этом так и не удалось до конца выяснить, как, собственно, тонул «Лефорт»: опрокинулся ли он до конца или все же ушел в воду не днищем, а бортом кверху. Свидетельства очевидцев были достаточно разноречивы, так как корабли в это время выполняли поворот, и заключительная картина трагедии для большинства из них была закрыта парусами. Все сходились только в одном — «Лефорт» погружался с большим креном на нос.