Катастрофа этого судна, принадлежавшего Дальстрою НКВД СССР, не выделялась бы среди других, происходящих практически ежегодно по всей акватории Мирового океана, если бы не одно обстоятельство, по причине которого в советское время об этой трагедии не принято было вспоминать. Дело в том, что вместо обычного груза трюмы «Индигирки» были под завязку заполнены людьми. Причем, в подавляющем большинстве людьми не простыми, а представителями так называемого «спецконтингента» — заключенными Севвостлага. Разбушевавшаяся морская стихия унесла в эту ночь свыше 700 человеческих жизней, а судно «Индигирка» пополнило список самых страшных морских катастроф уходящего века, став в один ряд с «Титаником», «Адмиралом Нахимовым» и паромом «Эстония».
Тот злополучный рейс был самым обычным каботажным рейсом из порта Нагаево (сейчас — город Магадан) во Владивосток. Однако он был одним из последних в навигации 1939 года, в связи с чем, начальник Мортрансфлота Дальстроя НКВД Г. А. Корсаков отдал распоряжение разместить в трюмах судна пассажиров, которых требовалось доставить на Большую землю.
Посадка людей на борт парохода происходила в ночь с 7 на 8 декабря и отличалась крайней неорганизованностью. Пассажиры спускались в трюмы по наспех сбитым из горбылей шатким трапам, которые не были приспособлены для срочной эвакуации при возникновении аварийной ситуации. Пятью днями позже это обстоятельство сыграло не последнюю роль в массовой гибели людей.
Всего на борт «Индигирки» ориентировочно было принято 1134 человека, большинство которых (около 900 человек) составляли отбывшие свой срок заключенные Севвостлага, главным образом уголовники. Помимо них в четырех трюмах корабля разместились 182 работника Дальрыбопродукта, 11 работников Дальстроя, 2 сотрудника Главсевморпути, 49 подследственных заключенных, сопровождаемых вооруженным конвоем, состоящим из 11 охранников. Из общего числа оказавшихся на борту людей, было 56 женщин и 26 детей. Команда судна состояла из 41 моряка. Точного количества взятых на борт бывших заключенных не знал никто, поскольку билетов им не выдавалось и каких-либо списков не составлялось.
Капитан «Индигирки», уроженец Москвы, пятидесятичетырехлетний Николай Лаврентьевич Лапшин считался достаточно опытным и способным моряком. Благодаря собственному таланту и трудолюбию он, будучи выходцем из бедной рабочей семьи, еще до революции смог закончить училище дальнего плавания, а чуть позже, уже в годы мировой войны, школу прапорщиков Флота, после чего служил на Балтике на миноносце «Бесшумный» в должности штурмана. В 1919–1921 годах Лапшин находился на административной работе в Петрограде. Вскоре он возвратился к практике судовождения, став капитаном парохода «Карл Либкнехт». Совершая частые рейсы на судах загранплавания в конце 20-х — начале 30-х годов с ним случилось несколько скандальных историй, связанных с попытками провоза некоторыми членами команды судна контрабанды. А в 1933 году против Лапшина было возбуждено уголовное дело по подозрению в участии в контрреволюционной офицерской организации. Однако в итоге дело прекратили за недоказанностью. Все эти обстоятельства, видимо, и послужили причиной его отвода от загранплавания и перевода из престижного Ленинграда в далекий порт Нагаево на обычные каботажные рейсы.
Доставшийся Лапшину грузовой пароход «Индигирка» был судном, можно сказать, среднего возраста. Его построили в 1920 году на верфях США. Он имел стальной корпус, две палубы и две мачты, паровую машину модностью в 1500 лошадиных сил. Длина корабля составляла 77, а ширина 13 метров. Для размещения груза имелись четыре трюма глубиной 6 метров. Общее водоизмещение составляло 2690 тонн.
В августе 1938 года «Индигирку» осматривала Дальневосточная инспекция Регистра СССР, которая признала судно годным для океанского плавания до 1 января 1940 года, с запрещением плавания во льдах.
Из спасательных средств на почти 1200 пассажиров и команду имелось лишь две шлюпки вместимостью по 40 человек каждая, 12 спасательных кругов и 41 спасательный жилет по числу членов команды.
Все пассажиры были размещены в неприспособленных для перевозки людей трюмах, без нар, на голом полу, в совершенно антисанитарном состоянии, среди грязи, сырости, при зловонном, спертом воздухе. Врач и даже элементарные аптечки отсутствовали. В таком жутком состоянии людям предстояло провести целую неделю пути до Владивостока. Исключение составляли лишь те немногие, кто, заплатив требуемые 300 рублей, разместились в каютах некоторых матросов.