Почти четверо суток судьба испытывала на прочность заложников, оказавшихся в железной западне. Выдержать такое довелось лишь немногим. По свидетельствам очевидцев, некоторые падали в воду во время сна, некоторые от бессилия. Нередкими были случаи самоубийств, когда отчаявшиеся дождаться спасения люди сами прыгали в воду и тонули, вскрывали себе вены или разбивали головы о борт.
Два неприятных инцидента произошли с находящимися на борту заключенными. Когда пароход начал крениться и из трюма № 1 ринулись на палубу подследственные заключенные, обескураженный и растерявшийся конвоир, не проинструктированный о том, как следует вести себя в случае аварии корабля, открыл по ним огонь, усилив и без того уже начавшуюся панику. Находясь в состоянии аффекта он застрелил троих человек, а затем застрелился сам.
Чуть позже, когда судно перестало погружаться в воду, находившиеся среди бывших заключенных уголовники, устроили на корабле грабеж, отбирая у остальных пассажиров вещи, деньги, облигации и другие ценности.
Оставшиеся в живых люди встретили рассвет 12 декабря, сгрудившись на борту лежащего на боку судна. В незатопленных каютах разместили детей, здесь же по очереди обогревались взрослые.
Лишь спустя полутора суток, на сигнал «SOS», к месту гибели «Индигирки» подошел японский пароход «Карафуто-мару» и подобрал терпящих бедствие советских людей. Оставшимся в двух (1 и 4) полузатопленных трюмах примерно 50–60 несчастным пришлось ждать своего спасения еще двое суток до 16 декабря, когда с помощью автогенов японцам удалось прорезать в борту отверстия. Однако, к тому времени живых людей удалось вытащить лишь 26 человек, причем один из них вскоре умер на берегу. Трюм № 4 вскрывать так и не стали. При проведении спасательных работ 16 декабря ни представители советского полпредства, ни члены командования «Индигирки», на судно допущены не были.
Столь позднее спасение японцы впоследствии объясняли тем, что им якобы не было известно о людях, оставшихся в трюмах, а также штормовой погодой. При этом капитан Лапшин, зная, что в трюмах еще остались живые, все же покинул «Индигирку» еще 13 декабря вместе с остальными спасенными. Данное обстоятельство впоследствии будет фигурировать в его уголовном деле как одно из главных обвинений.
Один из чудом оставшихся в живых, Дмитрий Билык, вспоминал: «До момента спасения нас японцами, вместе со мной в трюме было 7 человек, но японцы вытащили нас только четверых, а трое остались внутри, хотя я говорил им об оставшихся. Почему их не вытащили, я не знаю. Извлекали нас из трюмов следующим образом: в борту прорезали автогеном отверстие и подавали веревку с петлей, в которую мы садились и нас тянули наверх. Сами японцы в трюмы не спускались». От длительного пребывания в холодном трюме, заполненном ледяной декабрьской водой, у Билыка оказались обморожены ступни, которые позже пришлось ампутировать. Инвалидами стали и другие.
Спасенных доставили в японский порт Отару и разместили под охраной в здании городской управы. На чужой земле им предстояло провести 10 дней.
Потерпевших кораблекрушение советских людей японцы приняли в целом достаточно радушно. Промокшим и оборванным была предложена чистая и сухая одежда, организована доставка сигарет и продуктов питания. Поступали и различные подарки. Однако, по приказу капитана Лапшина, от подношений «японских фашистов» пассажиры «Индигирки» отказывались. Но бывшие уголовники не поддавались какому-либо управлению и вели себя вызывающе. Бывшие карманники начали заниматься своим ремеслом еще на лежащей на боку «Индигирке» и продолжали своей промысел и на японской земле. Когда же японцы приносили коробки с папиросами, толпа уголовников, устроив давку, с жадностью набрасывалась на них. Такие моменты с удовольствием фотографировали местные корреспонденты.
С первой минуты появления 428 русских в Отару они оказались под постоянным надзором японской полиции и спецслужб. Каждый из спасенных был сфотографирован и обыскан, после чего более 150 человек подверглись тщательному опросу. Японцы интересовались количеством расквартированных в районе Нагаево воинских частей, аэродромов и находящихся на них самолетов, количеством причалов нагаевской бухты, промышленным строительством на Колыме.
Особый интерес со стороны японских спецслужб был проявлен к инженеру-механику «Дальстроя» Николаю Дорошенко, командированному с Колымы на оборонные предприятия Москвы, Ленинграда, Горького и Хабаровска для заключения договоров. Их интересовала вся инфраструктура нагаевской бухты, план которой они просили нарисовать. Был задан ряд других вопросов, в т. ч. о численности местных аппаратов НКВД и милиции.
О том, как проходила процедура допроса позже рассказал матрос «Индигирки» Александр Роскин: «Полиция сначала угощала чаем с шоколадом, а потом спрашивала численность армии, сколько самолетов, подводных лодок, торпедных катеров и, одновременно, предлагала остаться в Японии. Нам говорили, что здесь мы будем большими начальниками…»