Посланные капитаном старпом и матросы установили, что пробоина находится в начале трюма № 2 и решили подвести на нее пластырь. Однако девятибальный ветер продолжал нести судно и через несколько минут оно налетело на гряду камней недалеко от японского берега. Ударившись на этот раз правой стороной, корабль получил дополнительно еще 6 пробоин и две вмятины и, накренившись уже на правый борт, начал дрейфовать к берегу с креном в 30–35 градусов, который все время увеличивался.
После первого удара капитан Лапшин приказал радисту подать сигнал «SOS». Поскольку точные координаты судна были неизвестны, в эфир полетела радиограмма: «Индигирка» села на «Камень опасности». Ответы на сигнал получить не удалось, так как от внезапного удара волны в приемнике вышла из строя лампа.
Капитан в это время сообщил радисту, что «Индигирка», по-видимому, налетела на мыс Сойя Мисаки. Заменив лампу, радист Николай Рысовец вторично передал сигнал бедствия с просьбой отвечать на волне 48 метров. На это последовал ответ парохода «Маныч», о том, что сигнал принят.
По личной инициативе Ресовец в третий раз передал сигнал «SOS» с просьбой отвечать на волне 600 метров. На этот раз последовал ответ с парохода «Ильич», японской береговой станции и неустановленного японского судна. После того, как от ударов волн аварийная динамомашина вышла из строя, связь полностью прекратилась.
Героических усилий стоило старшему механику Гавриилу Овчинникову, чтобы стравить пар из котла и тем самым предотвратить его взрыв.
Крен судна в это время увеличился настолько, что базочная палуба стала заходить в воду. Примерно в 3.15 была спущена на воду шлюпка правого борта. В момент, когда Лапшин отдал команду спускать шлюпку, второй помощник Песковский в сердцах бросил фразу: «Все равно расстреляют!» Однако вскоре шлюпку оторвало волной и понесло к берегу вместе с оказавшимися в ней 10 человеками. Но на половине пути шлюпка перевернулась и до берега живыми добрались лишь пятеро, в том числе и начальник конвоя Иван Копичинский.
Очередной мощной волной сбило трубу, рулевую и радиорубку, унеся их в море. На палубе стало невозможно держаться. Та же волна смыла за борт несколько человек пассажиров и команды.
Тут же очередная девятибальная волна перебросила «Индигирку» через гряду и через 25–30 минут после первого удара, она окончательно легла на грунт правым бортом на расстоянии 500–600 метров от берега острова Хоккайдо, невдалеке от японской деревни.
В момент аварии капитан Лапшин и команда судна, за исключением старпома Крищенко и боцмана Пасечника, практически не приняла никаких мер для спасения людей. «При гибели парохода, — рассказывал один из очевидцев Лев Слободской, — никто из команды корабля не предупредил пассажиров о необходимости выхода из трюмов. Имевшиеся на судне несколько спасательных поясов были разобраны командой».
Пассажиры, охваченные паникой, при отсутствии каких-либо спасательных приспособлений, бросились из трюмов на палубу. Мечась по палубе, при быстром появлении крена, многие из них, вследствие ударов волн, падали в воду и тонули. «Спасали лишь двумя спасательными кругами, — вспоминал еще один уцелевший свидетель Николай Кияткин, — которые до конца веревки бросались плавающим людям, находившимся близко от борта. Однако, большинство из них, побывав продолжительное время в холодной воде, срывались с кругов и гибли на глазах у всех. Многие, плавая на расстоянии 10–20 метров от судна, взывали о помощи, которую они не получали и погибали».
Те же из пассажиров, кто, словно в консервной банке, оказался в полузатопленных трюмах, подверглись жестокому испытанию на выживаемость. О том с каким отчаянием боролись люди за свою жизнь, рассказывал уже после трагедии чудом спасшийся и оставшийся инвалидом Константин Пащенко: «Я находился в носовой части парохода в трюме № 2. После первого удара я хотел подняться наверх, но вошедшие в трюм матросы, начали успокаивать и просили не создавать паники. Я им поверил и не стал стремиться на палубу, считая, что пробоину можно заделать и ничего не случится. Но пароход продолжал крениться. Среди пассажиров началась паника, и все бросились к выходам. От тяжести людей наспех сколоченные лестницы, ведущие из трюмов наверх, обломились и пассажиры остались внизу. Путь на палубу им был отрезан. Когда пароход лег на бок, вода залила как раз полтрюма. Люди не могли долго держаться на воде и тонули, поскольку какой-либо помощи не оказалось. Часть пассажиров, успевших ухватиться за стенки, не могли на них долго держаться и падали в воду. Кого-то с силой било об стену от мощных ударов морских волн по корпусу судна.
Первое время я забрался на стенку между 1 и 2 трюмами. У меня было два ремня, которыми я укрепился на стенке. Один из них я зацепил за крюк, который был приварен к борту судна, второй привязал к первому и одной ногой стоял в петле, а второй упирался о стенку. Таким образом я просидел двое суток. После этого мы подвесили одну половину ворот на ремнях и остальное время сидели на ней до спасения японцами».