10-11 декабря 1941 г. “Юбари” принимал участие в неудачной попытке захвата острова Уэйк. 11 декабря в 6 ч 15 мин в 4500 ярдах от берега снаряды батареи 127-мм орудий (командир старший лейтенант Барнингер) накрыли “Юбари”, который после второго залпа отвернул и вскоре скрылся за горизонтом. К 21 декабря крейсер, получивший легкие повреждения, был отремонтирован и принимал участие в атаке, закончившейся взятием острова Уэйк.
В обеих операциях “Юбари” был флагманским кораблем адмирала Кадзиока. 8 марта 1942 г. крейсер со своими эсминцами поддерживал десанты в заливе Хуон на Новой Гвинее. 10 марта на японские корабли совершили налет 104 самолета с американских авианосцев “Иорктауи” и “Лексингтон”, они потопили 4 транспорта и повредили “Юбари”.
При реорганизации японского флота после битвы у аттола Мидуэй “Юбари” с 14 июля 1942 г. со своим дивизионом эсминцев вошел в состав 2-й эскадры сопровождения 4-го флота.
После высадки войск США на острове Гуадалканал 7 августа 1942 г. крейсер вошел в состав соединения адмирала Микавы, которое в ночь на 9 августа неожиданно напало на две группы прикрытия американского десанта и в бою у острова Саво нанесло тяжелое поражение флоту США. “Юбари” сыграл в этом бою ведущую роль. В 1 ч 47 мин корабли Микавы разделились на две группы.
“Юбари” оказался в западной вместе с тяжелыми крейсерами “Фурутака” и легким крейсером “Тенрю”. Корабли этой группы вели бой с тяжелым крейсером “Винсенс”. Японцы включили прожекторы и открыли огонь с дистанции прямого выстрела. Прежде чем команда американского корабля заняла места по боевому расписанию, японцы буквально задавили противника снарядами и торпедами. В 2 ч 3 мин в "Винсенс'’ попала торпеда с "Юбари", угодив в котельное отделение № 1, и полностью уничтожила его. “Винсенс” остановился, яростно обстреливаемый с японских кораблей.
В течение часа в этом бою затонули крейсера США “Винсенс” и “Куинси”. Только до утра продержался крейсер “ Астория”, который все же пришлось потопить торпедами австралийского крейсера “Канберра”. Почти половина личного состава этих четырех крейсеров, (около 3500 человек), была убита или пропала без вести.
Уже выходя из боя, японские крейсера “Фурутака”, “Тенрю” и “Юбари” обнаружили американский эсминец “Ральф Талбот”. “Юбари” включил прожектор, и “Талбот” оказался в его луче. Японский крейсер и американский эсминец одновременно открыли огонь с дистанции 16 каб. (менее 2 миль).
Один снаряд с “Юбари” попал в штурманскую рубку эсминца и повредил систему управления зенитными автоматами, второй разрушил кают-компанию офицерского состава, третий уничтожил торпедный аппарат, убив двух матросов, а четвертый вывел из строя кормовое 127-мм орудие. Эсминец выпустил и 4 торпеды, но ни одна из них в цель не попала. Из выстреленных эсминцем снарядов в крейсер попали два.
“Юбари” прекратил огонь, т.к. командир крейсера был убежден в том, что еще один американский корабль потоплен. “Ральф Талбот” получил тяжелые повреждения, его крен достиг 20°, но он оставался на плаву. Пожар был ликвидирован, пробоины заделали, и эсминец своим ходом добрался до острова Тулаги.
23 августа 1942 г. “Юбари” с 29-й флотилией эсминцев был направлен для обстрела острова Науру и лежащего невдалеке острова Банаба.
В 1943 г. крейсер участвовал в боях за Соломоновы острова. 2 июля “Юбари” с 9 эсминцами вошел в пролив Бланш, и японские корабли обстреляли гавань Ренцова. Все снаряды упали в джунглях, не причинив американцам существенного вреда. Там же флотилия имела столкновение с тремя торпедными катерами США (№№ 156, 1 57 и 161). Катерам удалось уйти из-под артиллерийского огня, поставив дымовую завесу и беспорядочными курсами. Они даже смогли выпустить 6 торпед, которые прошли мимо целей, но тем не менее противника отпугнули.