В этом новом периоде Константинопольской Церкви пришлось выполнить новые огромные задачи. После смерти Феофила правительство поспешило восстановить иконопочитание. Последний патриарх-иконоборец был низложен, и патриархом стал исповедник православия св. Мефодий. В марте 843 г. было совершено торжественное празднование восстановления иконопочитания, которое превратилось в праздник в честь православной веры во всем ее объеме — Торжество Православия. Был составлен синодик в Неделю Православия, который до сих пор печатается в каждом греческом издании постной Триоди. Этот синодик впоследствии неоднократно дополнялся, и в целом, в том виде, в каком он сложился на протяжении веков от 9 века, с Торжества Православия до 14 века, когда в синодик были внесены главы, отразившие учение исихастов, является очень важным вероучительным документом Православной Церкви. Он содержит изложение православного учения и осуждение различных ересей и еретиков.
Как и первое восстановление иконопочитания, окончательное восстановление иконопочитания произошло в царствование женщины. После смерти Феофила власть взяла его вдова Феодора. Сын и наследник Феофила в это время был еще совсем маленьким: ему было не больше 6 лет. Это был Михаил III. Среди советников царицы главную роль играл министр путей сообщения Феоктист. Это был фактически министр внутренних дел Византийской империи. Феоктист был человеком благочестивым, и после того, как он в результате государственного переворота был убит, греческая Церковь причислила его к лику святых, хотя в наших святцах он не значится.
В отличие от времени св. царицы Ирины, восстановление иконопочитание совершилось легко и спокойно, потому что иконоборческое движение уже отжило, и сильной оппозиции иконопочитанию больше не было. Однако, несмотря на это, императрица Феодора, ее главный помощник Феоктист и патриарх Мефодий проводили иконопочитание с чрезвычайной осторожностью. Они оказывали снисхождение тем иконоборцам, которые желали принять почитание святых икон.
Как и прежде, этот умеренный образ действий встретил сопротивление со стороны зилотов — ревнителей. Во время иконоборчества православные были едины, но как только иконопочитание стало единым, сразу же возобновилось старое разделение на политиков и зилотов. Как и прежде, против умеренной икономической политики патриархов свв. Тарасия и Никифора тоже выступали монахи знаменитого константинопольского Студийского монастыря. Спор принял такую остроту, что опять студийские монахи были отлучены от церковного общения. Однако уже в 847 году патриарх св. Мефодий умер, и это дало шанс для примирения противоборствующих церковных группировок. На патриарший престол был назначен Игнатий. Он должен был вызвать симпатии зилотов, поскольку он был монахом строгой жизни и безупречной репутации. В то же время он был сыном свернутого с престола императора Михаила I Рангави, поэтому был тесно связан с самыми высокими придворными сферами. Как надеялись в правительстве, он должен был найти общий язык и с царицей. Действительно, борьба на время утихла, хотя впоследствии св. Игнатий невольно стал причиной еще гораздо более серьезного церковного раздора. После ликвидации иконоборчества правительство должно было выдержать тяжелую борьбу с сектой павликиан. Эта секта получила большое распространение на восточной границе империи и пользовалась в свое время покровительством императоров-иконоборцев, но также и православного императора Никифора I. Секта эта превратилась в настоящее государство со своей армией, своими крепостями, и императоры рассматривали ее с чисто военной точки зрения как препятствие для тех восточных врагов империи, которые захотели бы преодолеть границу в том месте, где секта была распространена. Некоторые сектанты стали переселяться к арабам и сражались против христианской империи.
Императрица Феодора развернула довольно жестокие преследования этих сектантов, и многие из них были переселены с восточной границы в Европу, во Фракию. Это была довольно обычная внутриполитическая мера римских императоров. В данном случае это было не очень удачно, т. к. ересь начала распространяться и в новом районе расселения сектантов. В 856 году произошел государственный переворот: Михаил III взял власть в свои руки. Поскольку он был очень молод и проявлял способности в основном в военном деле, фактическим правителем стал его дядя Варда, брат св. Феодоры, который и подвигнул своего племянника на государственный переворот. Во время переворота министр Феоктист был убит, а императрица Феодора была вынуждена отречься от власти. Двумя годами позже, когда состоялось неудачное покушение на ее брата Варду, она была сослана в монастырь.