Сразу же возникли две церковные партии: одна была привержена патриарху Фотию, другая выступало за низложенного патриарха Игнатия. Гораздо более значительную борьбу, чем с партией своих византийских противников, патриарху Фотию нужно было выдержать с Римом. После событий иконоборческий эпохи и политических событий, приведших к созданию Западной империи, сложились новые отношения между Римом и Константинополем. Этого могли не заметить только зилоты, которые в своем ослеплении продолжали апеллировать к Риму во всех случаях, считая его по-прежнему высшей церковной инстанцией и не замечая того, что такое отношение к Риму означает измену существенным интересам своей собственной Церкви. Значение перемен, которые произошли между Западом и Востоком, были ясны св. царице Феодоре и патриарху Мефодию, которые сами по себе не имели никакого расположения к Риму (св. Мефодий даже происходил из Сицилии) и вели церковные дела совершенно независимо от Рима. Если св. Ирина перед тем, как восстановить иконопочитание, считала нужным советоваться с Римом, то св. Феодора и патриарх св. Мефодий действовали совершенно независимо, вовсе не считая Рим главой Вселенской Церкви. Но решающий шаг в этом развитии отношений с Римом в сторону полного освобождения от его влияния, в сторону независимости константинопольской Церкви (речь шла не о разрыве, а об автокефалии, хотя это термин более позднего времени) сделал патриарх Фотий. Поначалу патриарх Фотий не хотел и не ожидал столкновения с Римом. Он был занят борьбой с партией приверженцев патриарха Игнатия.
Став патриархом, Фотий послал папе известительную грамоту, синодик, в надежде на то, что признание со стороны папы поможет ему утвердиться в отношении партии игнасиан. Однако вскоре после избрания Фотия на патриаршество в Константинополе папой римским стал Николай I. Он был проникнут сознанием вселенского значения Рима и стремился утвердить власть Рима над всей Вселенской Церковью. Противники патриарха Фотия апеллировали к Риму, и папа Николай I счел возможным вмешаться в константинопольский спор как верховный судия. Николай I высказался в пользу Игнатия и отказался признать Фотия законным патриархом, признав его возведение на патриаршество совершенно не каноническим — не только потому, что это возведение произошло при жизни патриарха Игнатия, но и по той причине, что Фотий был возведен на патриаршество сразу из мирского звания. С западной точки зрения это было недопустимо, хотя мы знаем, что в константинопольской Церкви в разные времена (и в 4, и в 8 веках) такие назначения происходили. Таковы были назначения патриархами свв. Тарасия и Никифора, которые в течение нескольких дней были возведены в самый высокий церковный сан из мирян.
На самом деле проблемы каноничности не имели для римского папы какого-то самодовлеющего значения. Самым важным для него было утвердить свою власть, заставить всех признать, что Рим конечная инстанция в решении всех вопросов. Папа Николай I в отстаивании принципа римского примата (власти Рима над всей Церковью Христовой) не хотел останавливаться ни перед чем. Папа послал в Константинополь легатов, которые должны были участвовать в соборе, рассматривавшем это спорное дело. Этот собор состоялся в 861 году, и римские легаты на нем были побеждены и убеждены патриархом Фотием, согласившись с тем, что возведение его на патриаршество канонично. Однако когда легаты вернулись в Рим, папа осудил их, собрав в 863 году свой собственный собор в Латеранском дворце. На этом соборе он объявил патриарха Фотия низложенным.
Патриарх Фотий тоже не собирался складывать оружие. Если Рим стремился к универсальной власти, то патриарх Фотий хотел, чтобы константинопольская Церковь была реально автокефальной, чтобы она не зависела от Рима. Когда-то, еще сравнительное недавно (в конце 8 — начале 9 века) прп. Феодор Студит писал о так называемой пентархии — о том, что Вселенская Церковь возглавляется пятью главами, пятью патриархами, которые, подобно пяти чувствам человека, вместе действуют для общего блага. Однако уже тогда, когда эту теорию излагал прп. Феодор Студит, она уже не соответствовала реальной действительности, потому что три восточных патриархата — Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский — уже давно находясь на территориях, захваченных мусульманами, во всяком случае не могли иметь существенного влияния на жизнь Вселенской Церкви в целом. Мы помним, каким слабым и даже проблематическим было представительство восточных патриархатов на VII Вселенском Соборе. То же самое можно сказать и об их участии в других важных событиях в жизни Вселенской Церкви.