В указанном выступлении Кокошкин выразил свое отношение к войне России с Германией. Он утверждал, в частности, что данная война ведется Россией "за свободу народов и за основы общечеловеческой культуры, несмотря на все факты вопиющего преследования национальностей. История дала нам сейчас эту миссию". Вместе с тем, Кокошкин подчеркивал, что эта война является войной и за свободу российского народа. "Мы плохо оцениваем ее размеры и значение, — говорил он. — Каковы могут быть последствия поражения? Японец мог нанести нам большой ущерб, но не мог разгромить Россию, а сейчас мы схвачены за горло, и хотят нас задушить. Обратите внимание на то, что настоящая война со стороны Германии превентивная, вызванная опасениями роста и культурного развития России, которые могли бы положить предел гегемонии Германии. Спешат разгромить нас. Пока мы не окрепли. Можно ли при таких условиях говорить о "каком-нибудь" мире? Такой мир повел бы страну к порабощению — и экономическому, и политическому, он привел бы к союзу прусской и русской реакции. И когда боятся русской реакции, забывают, что наша реакция не так страшна: мы с нею сами справимся по мере нашего культурного роста. А германская реакция отличается тем, что она умеет опираться на широкие духовные и материальные средства, она может дать иное направление всей нашей культуре. Все наше внутреннее развитие и будущее будет зависеть уже не от нас, а от германцев, от того, какими глазами взглянут они на нас…".
В оценке перспектив России в первой мировой войне Кокошкин был оптимистичен. Он понимал, что данная война ведется на истощение сил, и был уверен в победоносном ее исходе для России. "Не самообольщение и не ложный патриотизм заставляют надеяться, что мы выдержим, — заявлял он в своей речи на конференции кадетской партии. — Силы Австрии и Германии, конечно, лучше организованы, чем наши, и вся техника у них выше, но все же у всех союзников вместе взятых больше сил. И нам надо направить все усилия к тому, чтобы создать и у себя, наподобие наших союзников, такую же мощную организацию".
С точки зрения такого понимания характера войны всякие усилия тех или иных политических группировок, направленные к обострению политической борьбы в России, любые стремления взорвать русское общество изнутри были чрезвычайно опасными. В полной мере сознавая это, Кокошкин призывал кадетов к умеренности в критике правительства. Он говорил сторонникам "решительных выступлений" против правительства, что видит в их настроениях отголосок настроений 1905 года. "Ведь те, которые кричали министрам: "Пошли вон!", больше всего погубили Государственную Думу, — напоминал он радикалам горький опыт прошлого. — Чего же хотят? Действительно, надо ругнуть министров: "все вы, мол, воры"? Нет, "страшная правда" должна быть сказана фактическими данными, а не резкими словами. Не будем гнаться за дешевыми одобрениями резких возгласов".
На конференции кадетской партии, проходившей 6–8 июня 1915 года, делегатами из Киева было выставлено требование "ответственного министерства", которое нашло поддержку у значительной части собрания. Ф.Ф. Кокошкин, специально занимавшийся проблемой "ответственного министерства", высказался против выдвижения данного требования. "Это хороший лозунг, — говорил он, — но принятие его сейчас вызывает опасения, с нашей партийной точки зрения. Прежде всего ответственность министров понималась бы как право и стремление предавать министров уголовному суду. Фактически самый суд мог бы быть осуществлен лишь впоследствии — может быть, после того, как страна будет погублена уже, — и, следовательно, значения предупредительной меры не мог бы иметь. А между тем, какую страшную внутреннюю борьбу вызвала бы сейчас самая перспектива такого суда. Если же понимать ответственность только как политическую, т. е. как требование, чтобы состав кабинета соответствовал наличному большинству Государственной Думы, то мы могли бы получить министерство, ответственное перед IV Думой, — такое, которое не хуже нынешнего правительства могло бы губить страну, если бы, например, Родзянко, Балашов
и октябристы заключили блок между собою и образовали правооктябристское большинство.